朱由检钦定逆案，将魏忠贤最忠实的爪牙“五虎”、“五彪”全部判处斩刑，并且现场将三法司负责人锁拿问罪，拉开了对阉党分子总清算的序幕。
三天之内，孙承宗、袁可立和王在晋三位老臣也陆续赶到京师。此时全国各地已经掀起了一个弹劾阉党分子的高朝，因为魏忠贤党羽众多，除了五虎五彪之外，尚有“十狗”、“十孩儿”、“四十孙”等，在朝中做官的加起来至少也有二三百人。
首当其冲的是吏部尚书周应秋，此人位居“十狗”之首，居然是凭着一手烤猪蹄的好厨艺讨得魏忠贤的欢心，从微末小官直升为左都御史，又坐到了“吏部天官”的重要位置上，故有“煨蹄总宪”之谑称。
周应秋在天桥亲见朱由检的雷霆手段，这时再害怕、进而提出辞官，已经来不及了。朱由检先顺势将他免职，由孙承宗接任吏部尚书，进而将周应秋下狱，严查其行贿受贿等罪。
而兵部尚书一职自从崔呈秀死后一直空缺，朱由检也顺理成章地把袁可立放到了这个位置上。因为他遍观守边诸臣，将孙承宗、王在晋、袁崇焕等人全算在内，没有一个让他满意的。只有袁可立，能够巧妙地利用皮岛的地理优势牵制后金的后方，还成功策反刘兴祚，可谓有勇有谋，战略和战术上均有独到之处。
至于王在晋，朱由检让他出任户部尚书也是经过认真考虑的。因为王在晋深知边事，曾出任总理户、兵、工三部侍郎，不但对辽东敌我双方的综合实力有着较为清醒的认识，也熟悉各种相关事务。虽然朱由检对他和孙承宗的平辽方略都不大赞成，但自己拟定大计之后，让王在晋去执行，以他的能力，绝对不会出什么岔子。
六部按照重要性排序为吏、户、礼、兵、刑、工，现在六部之中已有四部换了尚书，只有礼部尚书来宗道未换，工部尚书暂时空缺。明眼人都看得出来，崇祯皇帝刷新吏治的意图已经非常明显。
其实按照明代的规矩，某一部要臣、六部尚书、都察院左右都御史及各地督抚提名，然后经商议推出一个人选，这就叫“廷推”。廷推之后，皇帝要做的只是正式任命或是否决而已。
现在情况特殊，朝中重臣很多都是阉党，首辅黄立极又被罢免，其余阁臣泥菩萨过河，自身尚且难保，哪有什么心思推举六部尚书人选。因此孙承宗、袁可立、王在晋、乔允升这四人都相当于是未经廷推，由皇帝直接任命的，这也是朱由检对旧秩序的一次成功挑战。
不过朱由检也知道，这次挑战成功有其特殊性，除了自己以雷霆手段剪除阉党，在朝廷中初步竖立起了权威以外，也和孙承宗等人都是老资格的官员，威望甚高有很大的关系。如果自己任命其他人，比如孙传庭或杨嗣昌，那就会激起很大反对了。饭还是要一口一口吃，所以朱由检也暂时到此为止，剩下的阉党分子去职后留下的空缺，还是由廷推方法产生。
不过对于最受瞩目、掌握票拟大权的内阁，朱由检一直不做任何表态。现在施凤来、张瑞图和李国普这三个阁臣处境极为尴尬，一方面他们过去与阉党过从甚密，现在弹劾他们的奏章已是铺天盖地；另一方面，朱由检却既不说撤换，也不扶任何一人出任首辅，让这三人心中惊疑不定，也只得做一天和尚撞一天钟。
现在丧礼结束，逆案已定，朝廷也算重新回到了正轨。除了每天的早朝以外，还有一件事也要马上恢复，那就是“日讲”。尤其是孙承宗、来宗道、王在晋、袁可立等人，都是当世大儒，更主张崇祯应早开日讲，以正君心、促圣德、明经通史。
朱由检欣然同意，不过也提出了自己的要求。首先，他要求第一次日讲要阁臣、六部尚书侍郎集体参加，国子监也要派出监生陪听。其次，他特别提出，要不久前被阉党罢去官职的徐光启出席。
对于第一条，孙承宗等人当然非常高兴，认为此举正体现了皇帝对日讲的重视。要知道有明一朝，勤政的皇帝少，懒政的皇帝多，好学的皇帝就更是寥若晨星。
这“日讲”又称“经筵”，本应每月三次大讲，每天都要小讲；但自正德、嘉靖时起，皇帝多以天气不好或是龙体欠安为由推脱不出席。到了天启时，这位木匠皇帝更是加起来也没出席过十次，让孙承宗、袁可立等帝师也无可奈何。现在崇祯一改此风，这些饱学儒士自是求之不得。
不过对于徐光启，孙承宗等人却颇不以为然，因为谁都知道徐光启是天主教徒，这在当时可绝对是离经叛道的行为。但皇帝提出来了，大臣们也不愿因为徐光启一个人而影响日讲尽快恢复，便奏称徐光启去职回乡，他是松江人氏，去松江召他来京也需要时日，不如先行开讲，等徐光启来了再让他出席。
朱由检却狡黠地一笑道：“徐光启今日已经抵京。准备一下，明天就开讲吧！”
大臣们都搞不清崇祯是怎么把徐光启找回来的，不过按照规矩，“经筵”应由礼部尚书来宗道主讲、阁臣及其他尚书补充，徐光启来不来也没多大区别。因此众臣还是各自回府精心准备，尤其是来宗道，他过去和魏忠贤关系也不差，现在居然还没丢官，自是不免庆幸，打算明天在日讲上好好表现一番，以获取崇祯的认可。
第二天早朝结束后，朱由检移驾文昭阁，出席登基以后的第一次日讲。
文昭阁位于皇极殿