这时，小刚等人已经回到了大木博士的研究所。小智在研究所的里里外外都没有找到小茂。然后在大木博士那里才了解到小茂他还在米亚查山哪里训练小精灵。根本没有回来。于是，小智只能把喷火龙的宝贝球交给大木博士。让大木博士转交给小茂。小智做完这些事情之后。就和小刚他们一起回小智的家了。
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接下的一段时间来。小智为了早点让飞天螳螂认可。就一直在真新镇附近的一片草原里训练他所有的小精灵。小刚则也在一旁训练小精灵。小霞他们却在一旁准备午餐。（喵喵也从大木博士那里拿回来了）
这时，突然一只快龙飞了过来，快龙来到小刚身边停了下来，递了一封信给小刚。小智他们看到这一幕后，连忙走到小刚的旁边。
小刚疑惑的接过信封，从里面拿出了一个卡片，顿时就出现了一个影像：“请原谅我突然给您这封信，你们几位是被认为最有前途的小精灵训练家，所以想邀请各位参加我主人举办的最强小精灵训练家y，地点是新岛————神奇宝贝城，”
随后人消失了，出现了一幅去新岛的地图，“如果各位愿意前来，请在明信片上打勾，这是最强小精灵训练家的邀请。请你务必参加。然后影像就消失了。
“小刚，怎么办？要去吗？会不会有危险？”小翠要问小刚的意见。
“当然要去了，我也挺想看看最强小精灵训练家长什么样。对吧！小刚。”一旁的小智说道。
“既然对方都请我了，那怎么有不去的理由”小刚想了想回答道。小刚心中却想着“这是超梦的邀请函吗？那我更得去。如果有可能的话。能收服超梦的话那就更好了。
随后，小刚他就在明信片的yes这里上打勾。看到自己的任务完成后，快龙就飞走了，去寻找下一个收信人。而小智则留下6只小精灵在身上，然后把剩下的小精灵传回大木博士的研究所。接下来小刚他们就往新岛的方向赶去。
在到最靠近新岛的最近的城市的时候，天就突然下起了大雨，小刚一行人只能朝着港口的等候大厅跑了过去。
“这是怎么回事？刚才天气明明很好的。”终于到了港口的等候大厅，小霞一边给波克比擦雨水一边抱怨的说。
“海边的天气就是多变的。”小刚也一边拧着衣服一边说。
“不要说了，我们还是快点把衣服弄干吧，免得感冒。”小雪马上拿出毛巾擦了擦。
“啊？我们的船停航了”，这时就听到一边的一个穿红色衣服的男生对着君莎小姐问到。
“那么我们就去不了新岛了”，这时一边的一位女生也说道。
然后一边的一群人中就传来了“怎么会”，“好不容易接到的邀请”之类的话。
“大家请安静，这位是港口负责人。”这时君莎小姐说话了，指着一旁的蓝头发的女士说道。
“我是波伊佳，想了解海洋的情况，就去听听海浪的声音吧，不过也不需要去听了，你们看这么阴沉的天，这样的飓风还从来没见过，而且飓风就盘旋在新岛的正上方，我是不会让你们冒险的，这是身为港口守护者我的请求。”这时蓝头发的女士说道。
“因此我们要停航”，君莎小姐继续说道。
“不要紧，我的小精灵的话……，我的小精灵不怕水，一定可以穿过这片海洋的”，这是一边的穿蓝色衣服的稍微胖胖的男生说道。
“请等一下，连最了解海洋的我都说不可以。”波依佳听后说道。
“没错，而且如果现在小精灵受伤的话，也无法在小精灵中心接受治疗”，君莎小姐又说道。
“怎么回事？”小刚不解的问道。
“小精灵中心的乔伊小姐失踪了，乔伊小姐不在是无法对小精灵进行治疗的，那边的海报就是寻人启事。”君莎小姐然后就指着一边的海边解释说。
不过这根本无法阻挡训练家的热情。可以还是有人不听劝阻，那个红衣服的男生骑着一只比雕，那个女生乘着一只白海狮，而那个穿蓝衣服的男生则是骑着一只暴鲤龙朝着新岛出发了。
君莎小姐正想阻止，被蓝发女士拦住了。“没用的，没有人能阻止训练家冒险，我们还是做好应急准备吧。”
“好了，我们也走吧。”小刚带着他们走出大厅，到了海边。
“小刚主人，我们这有这么多人。该怎么去新岛啊！”喵喵问道。听到喵喵的话的小刚，想了想就说道“小智，你的喷火龙带在身上了没有。”
“我带了”说完。小智就从身上拿出一个宝贝球，把里面的小精灵给放了出来。一只喷火龙就出现在大家的面前。
小刚看到这一幕后，就对小智说道“小智。你叫喷火龙带你和小霞一起飞到新岛去。剩下的人都交给我吧！”
“没问题”听到小刚的话的小智说道。
小霞听到小刚的话后，想都没想就答应了。随后，小霞、小智还有两只皮卡丘一起坐在了喷火龙的背上。小智就对喷火龙说道“喷火龙，向新岛的方向出发。
随后，小刚立即进入系统。把装有闪电鸟和火焰鸟的宝贝球拿了出来。因为他们还有5个人在那里。而火焰鸟和闪电鸟坐不下小刚他们。于是，小刚再从身上拿出喷火龙的宝贝球。
“小雪、小翠、樱花、娜姿，我准备用火焰鸟、闪电鸟、喷火龙他们带我们一起飞去新