银河系很大，但实际上智慧文明并不多见，经历了二百多年的飞速发展后，人类终于与银河系最强大的敌人同为ii类文明的“盘古”发生了战争，史称银河百年战争。战争的理由很简单，在两个文明探索半径的极限空间的一颗行星上发现了奥气矿（og）的存在，这几乎是制造超时空引擎最佳的材料。联合舰长司令用这样来形容与盘古人的初会：我以为自己看到了来自平行宇宙的一群地球人。很显然，除了外貌，盘古人骨子里与人类几乎一样的自私与贪婪。战争不可避免的就发生了。
战争期间，由三大公司终于推出了利用虫洞与反物质能够单向超时空传送的星际高速公路“星门”。三大公司预言将来的星际旅行变得跟乘坐单向电梯一样简单。但是实际上，所有人都知道这个牛吹得有点大。超时间传送飞船需要的正反能量是个天文数字。每十万次的传送要耗尽一颗行星内核的全部能量。星门存在的位置是个大问题。但至少星门的出现让人类看到了走出银河系的希望。这是人类在遭遇盘古之后，第一次在科技上与对方齐头并进。
在银河百年战争期间，一种能够改变人类基因的恶性病毒开始在人类社会漫延，直到人类与盘古人的第一次银河战争结束，依然没能找到根治病毒的药物。人类把这个病毒称作基体病毒。
人类终于赢得这场战争，但是却是付出了更为惨重的代价。