神经元位于第三新东京市的地下，或者说第三新东京市就包含了地上和地下两个部分。神经元就在溶洞的下方，以第三新东京市的地下城部分为苍穹，城市的灯光将这地下空间照亮，从地面经过反射折射的阳光给了地下温暖。
壮观，乡下少年眼睛都装不下这宏伟的景色，只感觉人类实在太伟大了，竟然能在地下空间修建如此壮丽的建筑群，这绝对是人类奇观。连接地面和地下的运送轨道，如扶梯一样可以运送各种物资，现在美里的车就整体地被运往地下。
上方是地下城的辉煌灯光和收集阳光，溶洞底部是金字塔形状的神经元总部，两侧甚至还有水库和森林，完全不能相信自己现在身在地下空间，可以说是奇的不能再奇了。
“这里就是神经元总部。”作为神经元的一份子，此时见少年惊讶的样子，美里也生出自豪来。
不过少年的惊艳也只持续到了站在巨型机器人之前，父亲冷冷的命令就如一盆冷水泼在少年头顶：“坐上去或者回去。”
碇真嗣万万没想到自己连父亲都没有来的及叫一声，就被父亲冰冷的语气打脸了：“这就是你叫我来的原因么？”碇真嗣已经带上哭腔了，好不容易可以见到父亲，可是突然被要求驾驶机器人这不是开玩笑么？也没有人提前通知一下，简直就是强人所难。
“是的，你要驾驶初号机。”居高临下看着自己的儿子，碇源渡只感觉这儿子太软弱了。男孩怎么可以哭。
“司令，他还没有通过启动试验。”葛城美里也觉得这太过分了，让一个没有经过同步试验的少年驾驶初号机，会出事的。
“丽已经醒了，我们不能一直被动观察，我们需要制定作战计划。如果他不能启动初号机，那么只能让丽上了。”那个怪人不是要丽么？倒要看看如果丽驾驶eva，对方还怎么绑架。
“零号机还在冻结中？”美里脸色一变：“难道想要丽来驾驶初号机？这太乱了了！”对于这位专断独行的司令，美里表示不能理解，碇真嗣不是官二代么？为什么对亲儿子这么严厉？