事实上，塞外的蒙古帝国随着北元的覆灭，早已经走到了终点，当初太祖皇帝定鼎中原，将北元一脉驱逐出关外，代表着黄金家族荣耀的孛儿只斤氏便失去了在鞑靼当中至高无上的地位。
而最先起来反对孛儿只斤氏家族统治的是乞儿吉斯部的首领贵力赤，他否定了孛儿只斤氏统治的正统性，并且在建文元年杀死了北元的最后一位皇帝额勒伯克，自号为汗！
但是可惜的是，贵力赤虽然终结了北元，但是他的汗位却没有得到其他部落的认可，反而被群起而攻，在贵力赤杀死额勒伯克的第二年，贵力赤被阿苏特部和卫拉特部两部联军推翻，更重要的是，这两个部落并不像其他的部落一样，一心企图汗位，他们在杀死贵力赤之后，便第一时间向大明表示了臣服。
在大明的支持下，阿苏特部和卫拉特部迅速崛起，成为了蒙古各部当中最强势的两个部落。
与此同时，永乐元年，额勒伯克之子本雅失里重新召集起一支军队，宣称自己才是黄金家族的后裔，蒙古帝国正统的统治者，并且迅速收服了包括阿苏特部在内的所有部落，只剩下卫拉特部仍旧在苦苦坚持。
而这个时候，恰是成祖皇帝靖难成功的第二年，获知此事后，成祖皇帝遣使命本雅失里上表臣服，不料本雅失里自恃势大，悍然拒绝臣服，于是在永乐八年，成祖皇帝亲率大军深入蒙古腹地，帮助卫拉特部击溃了本雅失里的大军。
自此开始，象征着黄金家族的孛儿只斤氏彻底衰落，蒙古的统治权从黄金家族转移到了卫拉特部的绰罗斯家族。
但是实际上，本雅失里虽然被击溃，却并没有死，他和阿苏特部的首领阿鲁台一同逃亡到了科尔沁部，不料却被阿鲁台出卖，科尔沁部首领阿台接收了本雅失里和阿鲁台的残余势力，然后在阿鲁台的帮助下杀死了本雅失里。
科尔沁部是成吉思汗的弟弟哈撒儿的后裔，虽然并非嫡系，但是同样具有黄金家族的血脉，阿台杀死本雅失里后，同样以黄金家族的名义自号为汗，开始和卫拉特部争夺汗位。
出于削弱黄金家族影响力的考虑，当时的成祖皇帝在两方势力当中选择了卫拉特部，于是在经历了数十年的战争之后，卫拉特部的首领马哈木杀死了阿台，真正成为了蒙古的首领，并且将蒙古变成了瓦刺。
卫拉特部取得汗位之后，或许是因为成祖皇帝给他们的印象太过深刻，所以他们并没有急于和大明翻脸，而是选择了向东南的察合台汗国进发，经过数十年的努力，卫拉特部的首领也几代更迭，变成了一个名叫也先的年轻人手中，在也先这一代，卫拉特终于击败了察合台汗国的卫思汗，强娶了卫思汗的妹妹哈尼木公主。
察合台汗国同样是黄金家族的一支，所以也先和哈尼木公主的联姻，让卫拉特部也同样具有了黄金家族的血脉，从此在血统上具备了正统性！
解决了正统性这个对自己最大的威胁，卫拉特部终于腾出手来，将魔爪伸向了大明！
正统十四年，也先向英宗皇帝求娶中国公主被拒，悍然发兵山西，进攻大同军镇，英宗皇帝大怒之下，决定御驾亲征，双方于土木堡发生激战。
大明战败，英宗皇帝被俘北狩！
也先曾经一度兵临京师城下，危急时刻，兵部尚书于谦出面稳定大局，拥立景泰帝继位，拒也先于城门之外。
双方对峙数日之后，大明自各地调拨的援军赶到京师，也先无奈退军，这便是大名鼎鼎的土木堡之变。
也先退兵之后，心怀不甘，决定释放英宗皇帝，造成大明内部的混乱，于是遣使与大明议和，送还英宗皇帝，并宣布自己是大明的属臣。
再往后，英宗皇帝回到京师，被幽禁数十年之后，最后发动夺门之变，重登帝位自是不提，应当说，也先的阴谋的确成功了，大明的确因为他送还英宗皇帝的行为而掀起了一阵腥风血雨。
但是有利必然有弊，也先的这个决定，也同时是他这一生做出的最大的错误决定！
为了顺利的送还英宗皇帝，也先宣布自己为大明的属臣，这个举动引起了蒙古其他各个部落的强烈不满，正因此事，原本因为具有了黄金家族血脉而坐稳了蒙古汗位的卫拉特部再度被质疑起其统治的正统性。
景泰六年，也先在诸部落当中兵败不敌被杀，同年，他的儿子阿马桑赤台吉继承汗位，但是就在这个时候，也先的妻子，也是他当初强娶的察合台汗国的公主哈尼木发动叛乱，虽然没有成功，但是经过这次内乱，卫拉特部的势力大大衰弱。
而卫拉特部衰落下去之后，当初被卫拉特部击败了黄金家族又重新崛起，在成化四年拥立成吉思汗的第二十八代后裔达延汗继位，并且彻底击败了卫拉特部，将其赶出了蒙古中东部，自此之后，卫拉特部的时代彻底过去，蒙古的统治权重新回到了黄金家族的手中。
但是卫拉特部虽然被击败，却并没有消失，而是退出了象征蒙古汗位的都城哈拉和林，带领手下的部落啊迁徙到了西部。
夺回汗位之后，达延汗并没有继续追击卫拉特部，因为他的根基也并不稳固，在他统治的几十年当中，他先是镇压了意图叛乱的土默特部和兀良哈部，又继续将卫拉特部赶的更远，彻底切断了卫拉特和大明的联系，坐稳了自己蒙古大汗的地位。
所以现在大明所称的蒙古，实际