石达开在安庆自立门户，但他很快发现，离开了天国和天王洪秀全，他的号召力大不如从前了。
天京确是有一些天国的官员、兵将佩服石达开的为人和军事指挥能力，跑到安庆志愿跟他开辟新天地。但这种人在天国高级将领中却不多。有姓有名的高官，仅是夏官丞相蔡次贤一人而已；天京内讧已死了成千上万的将士，谁愿意冒背叛天国的危险投入石达开的怀抱？天王洪秀全连天父东王杨秀清和天兄北王韦昌辉的家人都能屠杀，一个不留，还会对谁心慈手软？所以就连安庆周边许多太平军将士也不敢去投奔石达开。
当时李秀成驻军淮南，联合捻军在六安、舒城一带作战；陈玉成正挺进鄂东黄梅、蕲州对抗湘军东犯，九江守将林启容、湖口守将黄文金都分别与兵临城下的湘军主力鏖战，剑拔弩张，寸步难行。他们当然不可能有暇前往安庆投奔石达开，更不会放弃阵地，脱身随石达开出走。
就连安庆守将张朝爵、陈得才也选择坚守岗位，没有随石达开行动。石达开有点失望，虽然他纠集了四五万人的队伍，但他的主力部队只有两支：一支是原先屯扎在天京上游，由石氏家族控制的部队，如石镇吉、石镇常、石镇仑等带领的太平军。另一支屯扎在江西各府县，也是他的亲友、同乡挂帅的，如他的丈人、名为翼贵丈的黄玉昆、剃头匠傅忠信等。石达开的既定目标，是先攻下江西。
但当时曾国藩趁太平天国的内乱，在曾纪泽的建议下，猛攻太平军，在1856年他们已经率湘军攻下瑞州，包围临江、吉安和九江等地。而且随着时间推移，湖北和江西的战局迅速朝有利于的湘军的方向发展。天京城里忙着屠杀的当年年底，韦昌辉的弟弟韦俊率兵投降清朝，胡林翼率湘军攻下了武昌；就在石达开率军出走的当月月底，杨岳斌与彭玉麟内外夹攻湖口，使得原被隔于鄱阳湖的内湖水师与外江水师汇合，攻陷湖口，又趁胜夺取小孤山、彭泽、望江、铜陵等地。
石达开组织指挥了几次援救战役，都因缺乏统一的战略部署，加上太平军人心散了，挡不住湘军两栖部队的阻击，失败了，连他的丈人黄玉昆在战死，他只得转攻为守，在江西和安徽等地与湘军对峙。
但曾国藩的处境，也不好过。天京城发生内讧，朝廷上下一篇欢欣鼓舞，以为灭了太平天国指日可待。咸丰皇帝多次下旨催曾国藩率湘军配合天京附近的绿营去拿下天京。但是曾国藩知道，一旦湘军解除对林启荣等太平军的包围，去攻打天京，就会腹背受敌。而且从江西到南京，千里迢迢，在没有内湖水师相助的情况下，失败的几率很大。退一步说，即便拿下天京，功劳也是绿营的。曾国藩的战略是稳扎稳打，先拿下九江，再攻安庆，顺江而下取天京。
曾纪泽也不建议曾国藩率军去援攻天京，他知道，石达开、陈玉成、李秀成等人的部众并不是一块好啃的骨头。
曾国藩接到咸丰皇帝的圣旨，用拖的方法解决，按兵不动。咸丰皇帝对曾国藩的猜忌更重了，更加不肯给曾国藩督抚实职，还下旨严厉斥责曾国藩。
接替陈启迈任江西巡抚的文俊见朝廷对曾国藩的态度变了，为了表明自己的政治立场和对朝廷的忠心，虽然不像前任那样明目张胆反对曾国藩，但江西官员在他的率领下，还是不时给湘勇下绊子设障碍。
曾国藩的寒心和委屈可想而知。他无时不想挂冠而去，但时势之危与圣人之教又不容许，只好百计隐忍，甘受煎熬，长年寸心如焚，头发都花白了。
石达开出走天京后，咸丰皇帝再次给曾国藩下旨，催他进攻天京。但曾国藩果断拒绝了，他奏折回复咸丰皇帝说：“石逆逃离天京，比率众谋取江西，江西的战事会比以前更加急迫。如若臣这时离去，江西必乱，落入长毛之手。当今为皇上计，以臣细察今日局势，非位任巡抚有察吏之权者，决不能以治军;纵能治军，决不能兼济筹饷。臣处客寄虚悬之位，又无圆通济变之才，恐终不免于贻误大局。请皇上同意臣在籍终制。”
咸丰皇帝在圆明园看了曾国藩的奏折，十分生气，对身边的慈禧说：“这个曾国藩，真是胆大妄为，厚颜无耻，不仅不听君命，还要督抚实权，朕要将他杀头！”
慈禧劝咸丰皇帝说：“当今天下，唯湘勇能跟长毛一战，皇上还是暂且忍耐。”
逞妇人之智的咸丰皇帝却和曾国藩较上了劲。适值此时天京内讧之后，太平军内部分裂，势力大衰，看起来已经指日可平，有没有曾国藩好像也没有大碍。咸丰帝便顺水推舟，开了他的兵部侍郎缺，批准曾国藩回家继续为母守制三个月。
曾国藩见到这道上谕后，冷得心里直打颤。曾国藩以为他已经把委屈和困难说得够充分了，他万没料到苦战数年竟是这样一个结果。而他的那些宿敌官员们闻听此讯却一个个喜形于色。从传统lún_lǐ上来说，曾国藩要挟皇帝都有违臣道。以前曾国藩以唯我独忠之态，居高临下，睥晲众人。而这次他们可抓住了把柄，四处大骂曾国藩假道学，假忠义。
那天，曾国藩正在书房看书。
“大哥！”曾国华哭着进了门。
“堂堂五尺大汉，什么事居然像个妇人一样哭哭啼啼？”曾国藩恼怒道。
“父亲……”曾国华有点哽咽，回答说，“父亲他老人家去世了！”
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