在曾国藩的统一指挥下，湘军进军天京之战很顺利。曾国藩在制定天京会战战略时，经过几个月的深思熟虑，推出“三大战场，四路围攻”的战略。三大战场分别是天京战场、苏南战场和浙江战场：天京战场是主战场，曾国荃、鲍超、多隆阿、彭玉麟等湘军名将都悉数派上，水路并进。他还让他的儿子、江苏巡抚曾纪泽开辟苏南战场，开始战略反攻，让浙江巡抚左宗棠开辟浙江战场：一来是牵制李秀成和李世贤这两支主力部队，二来是要夺回苏浙两省失地，从东线威胁天京，形成合围之势。
三十八岁的曾国荃率军急进，连下无为、巢县、含山、和州、太平府、东梁山、金柱关、芜湖、江宁镇、大胜关等地，直逼天京。
其他各路战略配合支队的进展，也非常顺利，太平（当涂）、芜湖都被湘军攻占，天京上游两岸防线全面崩溃。石埭、青阳、泾县、繁昌、南陵也被鲍超攻占，宁国全面暴露，皖南陷入困境。
湘军从打响天京会战的第一枪到曾国荃兵临雨花台只用了两个月时间，这让曾国藩大感意外。到1862年5月，湘军水师大将彭玉麟已经率领水师八个营的兵力一举攻占了头关、江心洲、蒲包洲，进泊金陵护城河。曾国荃率领湘军陆师九千人也随即开到天京城外，扎营于城南雨花台。
雨花台是天京南面咽喉之地，也是天京城两大主要粮道之一，曾国荃只要掐住了这个地方，可以让天京减少大半的粮食补给，当时天京城的粮食大部分是从苏浙两省通过雨花台运往城内。
洪秀全赶紧给李秀成发去圣旨，一天三道，命令他马上前来救驾。李秀成却认为洪秀全根本用不着这么惊慌，雨花台虽然是天京城外的重要据点，但是就凭曾国荃手下的六七千人马，不可能拿下雨花台，更别说天京了。如果回救天京，必然要与湘军主力决战，这就重走了陈玉成救安庆的老路，李秀成的兵虽说有几十万，但从两广来的老兵并不多，大部分都是湖北、江西和苏南一带招的新兵，多是农民或烧炭工等苦力，成分也很复杂，他们有的是失业人员，有的是投降过来的清军，甚至还有流氓地痞。再加上做礼拜之类的占时间，仓猝之间军事训练一时还没有及时跟进，自己手下这些将士的战斗力，李秀成还是清楚的。比起从广西打到金陵的那段时间，已经差得太远了。李秀成便率部在苏州磨蹭了两个来月不回天京，不与湘军决战。
这下惹火了洪秀全，洪秀全再次写了一道严厉的诏书，派人亲自送给李秀成：“三诏追救京城，何不启队发行？尔意欲何为？尔身受重任，而知朕法否？若不遵诏，国法难容！”
这算是洪秀全跟李秀成摊牌了，李秀成没办法，不敢继续违抗洪秀全的圣旨，召集了部下于8月返回天京，这些部下多已经封王，李秀成等十三个王领兵从苏州出发，浩浩荡荡开往天京前线，揭开了援救天京的序幕，史称十三王雨花台救驾。他们商定了三路进军的援救方案：一路由杨辅清率领，攻击宁国，牵制鲍超；一路由陈坤书率领，攻击太平（当涂），切断曾国荃粮道；主力由李秀成亲自率领，与曾国荃在雨花台进行决战。
而曾纪泽在上海立足之后，就开始整顿江苏的吏治，在人才招募方面也是煞费苦心。江苏和其他各省一样，清廷官场腐败到了极点，其中最突出的则是上海。为了捞取钱财，这些官吏相互勾结、巧取豪夺，根本不将国法放在眼里。曾纪泽采取了“有选择地加以惩治”的办法，打了几只老虎，笼络了一批务实肯干、能力出众的人才，比如郭嵩焘、丁日昌等人。此时，曾纪泽也开始建立自己的幕府，并且很快就召集了一批具有各种各样才能的人。这些人里面有精通数学、天文的科学家，也有懂会计的人才，也有懂得兵法的人才，他们帮助曾纪泽采取了海关厘税分收分用的政策，基本上解决了淮军的军饷问题，并且还以金钱和物资的方式支援了湘军在西线战场上的作战。在半年的时间里，曾纪泽就为曾国藩筹集了20万两饷银，并且还为曾国荃的吉字营采购了大量的洋枪洋炮。
作为江苏巡抚，通过主政一方，曾纪泽意识到，即便是经济发达如上海这种地方，当地主流阶层的思想还是保守的。而农民占大多数人口，也只关心种田地。他没有急于搞洋务和贸易，在幕僚的帮助下，曾纪泽采取了一系列的措施来恢复农业经济，比如减免田税，给农民返还耕牛、种子等，并且利用官绅所缴纳的税收来补贴农业活动的支出。这些举措在一定程度上减轻了当地百姓的负担，从而使人民的生活状况也有所改善。在科举制度上，曾纪泽也在苏州设立新科，并增加上海及其附近地区的乡试名额，除此之外，他还在苏州重建了两个书院。
曾纪泽的一系列符合实际的举措和手段，让他很快成了手握重兵、身兼巡抚的江苏实权人物。然后，曾纪泽根据曾国藩的指示，立即发动苏南反攻，并利用太平军叛徒徐佩瑗，让他在太平军内部制造叛乱。
而李秀成方面，他们率兵杀回天京，就碰上吉字营这种硬骨头，此时，吉字营两万人已经全部到了天京。李秀成等人二十万大军对阵这两万湘军，却屡次受挫。
因为吉字营很有钱，当年打下第一座重镇吉安之后，曾国荃就急急忙忙赶回老家买房置地。打下安庆之后，曾国荃找来湘军