李自成回到了北京却发现原先热闹的北京城这时却变得萧条，变得死气沉沉，街道上竟然有倒卧的尸体无人收敛。
李自成急召人来询问，却原来在义军进驻北京之后就有人开始染病，早先只是咳嗽，发热畏寒，最后发展到咳血，没几天人就死掉了，人死的时候全身呈黑紫色。而且这病很具传染性，往往一人得病与他有过接触的人相继被感染，死人的时候一死一大片。
城内的居民和李自成的队伍已有许多人患病死亡，郎中们对此束手无策，采用了各种方法都没有办法救治病人，制止疫情的蔓延。
疫情越来越严重，病死的人倒卧在地上都不能及时清理。李自成回到北京城时城内的兵营之中大部分士兵染病，别说组织起来与吴襄的军队作战，自己什么时候死都不知道。
李自成明白这北京已无法呆下去了，他连夜准备，第二天在北京称帝，然后就急匆匆的逃离了北京。
吴襄和祖大寿带兵在一片石击败李自成后，一路追击到了北京，本来以为对北京的攻击要大费周折，没想到贼人却弃城而逃，这么大的便宜当然要占，吴襄带人兴高采烈的进驻了北京城，满城的尸体并未引起他们的注意，他们心中还在咒骂流贼的残暴，竟然在北京城杀了那么多人。
吴襄和祖大寿将太子接入北京重又住进了紫禁城，让太子下令给各地拥有兵将的大明将军攻击李自成的人马。许多明朝的旧臣又看到了希望，纷纷出兵在李自成撤走的沿途进行阻击。
李自成撤离北京后发现疫情并没有减弱，反而是死的人越来越多。下令抛弃了许多的人，仍然有更多的人被感染，更为严重的是不但进入北京的士兵染病，随着李自成的南撤，连原先留守的部队也出现了发病迹象，李自成不得已逃向更南边的地方。
吴襄在北京城内没呆两天他所带的人有许多出现了染病症状，又过了几天就开始大量死人了。
吴襄感觉到事情不妙，他们判断这次疫情可能是流贼在北京城内造的杀孽太重，大量腐烂的尸体没有得到清理所致。当吴襄队伍中死的人越来越多时，他们在北京城呆不下去了。吴襄以为离开北京就能逃离瘟疫，所以他带兵以追击李自成的名义也离开了北京，北京切切实实就成了一座死城。
张楚在辽东也密切关注着京师的战事，事情的结果让他都目瞪口呆。当有情报说北京城内有大量人员病死，并描述了死亡时的症状时，张楚这才相信后世有人推测在明末发生了鼠疫看来是真的。
在明朝末年，山西河南等地就有鼠疫暴发的征兆，李自成的军队经过疫区就有人感染了鼠疫，当几十万人涌入北京城，城内的人口密度大增，李自成的队伍在城内烧杀抢掠，不但制造了大量尸体弃于街市，而且还使京城的卫生状况更加恶劣，鼠疫暴发了，一下子击溃了李自成和吴襄两支军队。
现在这个时期北京是万万不能去的。保安军在这时也要抓紧时间有所作为，张楚这次决定要啃一下硬骨头，他将目标对准了后金。
张楚乘着现在天下大乱，没有势力有精力对保安军的地盘进攻的大好时机，将所有的保安军都动员了起来，发动了对后金人的总攻，攻击来自于多个方向。
李毅和大公主兀良哈带着大量的骑兵由归化城方向发动进攻。何金的队伍则由旅顺开始向北推进。这其中的主战场则是东江地区。
在东江本来张楚正与皇太极相互对峙着，张楚调来了山东的兵马，又将朝鲜的马匹征调一空，在辽东招收了大量新兵。使得保安军的力量大增，有能力反击后金了。
整个战斗进行的异常残酷，皇太极在与保安军的战斗中已经学的很聪明了。面对保安军的挑衅不再盲目的进攻，使得保安军的火枪火炮发挥不了威力。
双方只能用骑兵在草原上往来冲杀，进行着几乎是一命换一命的争斗。
张楚看着报上来的伤亡情况感到触目惊心，保安军自成立以来从未打过如此惨烈的战斗。现在张楚能做的只有为骑兵提供更好的铠甲防护，命令火枪队和炮兵努力跟上骑兵为他们提供火力支持。并且不断的在后方征兵将新生力量投入到战斗中去。
皇太极现在所处的位置很是尴尬，如果在一年前他怎么也不会相信后金会处于这种境地。
山海关的明军大部被调到关内与李自成决战，这时正是后金挺进山海关逐鹿中原的大好机会。可就在不久前张楚偷袭了沈阳城，一战下来将后金留守的四五万人收拾了个干净，而且还将沈阳的所有人口全都掠去了东江，这下子后金能够战斗的力量只剩下下皇太极手中的八九万人马，还有一部分人马要防着蒙古人的进攻。
皇太极以前还想要收服蒙古的察哈尔部，组建蒙八旗来增加人口数量保证兵源，没想到蒙古的兀良哈大公主与保安军的张楚联了姻，张楚支援了蒙古人大量的武器和铠甲，组成了数万的蒙汉混合的保安军。不但顶住了后金人的进攻，而且还开始向后金的地盘反攻，皇太极不得不调集数万人马去应对。
随着保安军与后金战斗时间的增加，后金人口稀少的缺点进一步暴露了出来，连天的征战使得后金部队大量减员，却不能及时的得到补充，反观保安军却是越打越多，张楚不但从山东、天津等地招收了大量新兵运到战场，而且还有许多在东北地区的汉人以及保安军