内战（civi）但那些光辉的岁月如今已经化作神话，人类的文明再次沉入黑暗之中，一切皆因那场可怕的内战，帝王最器重的儿子，二十基因原体中最先被找到的一位，影月之狼军团的领袖，何露斯（hus），投向了混沌邪神的权下，发动了背叛帝王的战争，一共有十个星际战士军团附从他的野心，叛乱者与他们仍效忠帝王的兄弟们展开了血腥的搏杀，由于一些忠心的军团当时离主要的战场甚远，最终叛军攻至了地球，围攻帝王的宫闱――这场战争最后的结局是，帝王杀死了何露斯，自己也受到致命的创伤，他被装入时间静止的金棺之内，安放在称为的王座上，直到今日――帝王与基因原体的时代就这样结束了，但人类仍然衷心等候着帝王会有复苏的那一天，而也有一些人声称，帝王的精神力仍然透过金棺，在指引着他们行动的方向……
混沌星际战士（ci）内战之后，叛变的星际战士逃入了恐惧之眼中，那里是邪神的领地，他们的躯体和精神都被扭曲，他们的基因原体也大多变成了称为恶魔王子（dpi）的强大怪物，这些军团叛乱时就各出于不同的诱因，在恐惧之眼中他们也并不齐心，相互之间的混战一直都在发生，邪神也任由他们各从其类，其中继承了何露斯遗愿的亚巴顿（abdd）所率领的黑暗军团（blgi，前身就是影月之狼），最为热心于对帝国的进攻，在此后漫长的岁月里，混沌的军团多次发起了对人类世界的进攻，但以无数帝国卫队和星际战士的牺牲为代价，他们终被阻挡在卡迪安之门后面。
阿斯塔特圣典（idxass）在内战之后，ui军团的基因原体罗堡特.基里曼，基因原体中最擅长治国谋略的一位，领导了战后重建的工作，并撰写了名为阿斯塔特圣典的伟大著作，为人类帝国今后的政治军事体制奠立了根基，其中提出的最重大变革，是星际战士军团的拆分，每个初创军团要被拆分成被称为“战团”的单元，只有一个战团能继承原先军团的名称和徽记，其他的将被重新命名并给予新的涂装，以避免再让过多的星际战士掌握在一人之手，所以现在星际战团的数目，要远多于最初的20个。
帝国卫队（ipigud）由于星际战士军团的实力在内战之中受到了巨大的损伤，帝国巨大的疆域需要一支足够强大的正式常规军队来守护，在帝王沉睡后的日子里，帝国的常规军力得到逐步的完善和扩大，他们被称为帝国卫队，他们驻扎在每个有人类居住的星球，担负起了大部分的战争使命，而星际战士们，则成为一支特别部队，只用来执行那些最为特殊与艰难的任务。
审判庭（iquisi）帝国机构的一个重要部分是审判庭，他们负责着一些特别的使命，他们拥有相当大的权力，可以调动大量的帝国卫队甚至星际战士，审判庭共有五个：负责对抗恶魔的恶魔审判庭，负责对付背叛帝王者的异端审判庭，负责对抗外星生物的异型审判庭，以及管理灵能者和管理刺客的两个最神秘的审判庭，前两个审判庭的军队在游戏中作为单独的势力存在，第三个审判庭是即将发布的，而最后两个，还没有多少资料。
钛星人（tau）这是一个新兴的文明，很晚才被人类所发现，实际上，次元风暴发生之时，他们还是刚学会用火的野人，但只用6000年时间，他们就发展到了星际殖民的时代，他们信奉名为ggd的教条，推行较为温和的政策，与许多星球订立了和平条约，因此他们的军队中有不少异族的雇佣兵存在。tau人的社会分为风，水，火，土和以太五个种姓，其中火是战士，水是文士和外交官，土掌握着科学与技术，风驾驶着飞艇和战舰往来于星际，以太则是执行管理的上层阶级。帝国曾对tau发动过战争，但由于虫族的入侵而以和谈告终。
虫族（tyid）这是最后被设定的种族，它们来自银河之外未知的处所，迄今为止，虫族一共对人类发动过三次大规模的入侵，强度一次远超一次，到第三次入侵时，虫群的力量已经超出了人类所能抵御的水准，虫巢舰队的刀锋逼近地球，人类面临着自何露斯反叛以来最可怕的危机，最后，异型审判庭的审判官kyp想出计策将虫群的攻势引向兽人，两个天生为战争而存的种族互相残杀，使人类获得了宝贵的喘息之机。人类对这些可怕的异兽了解远不够多，目前知道它们受控于一个庞大的统一意志，它们如蝗虫般洗劫所经过的星球，连空气和水都不留下，然后继续朝下一个目标前进，它们能够吸收猎物的基因，有着疯狂的繁殖和变异速度，这使得它们的**一步步变得更完善更恐怖，而最可怕的是，它们并非无智慧的昆虫，它们甚至懂得研究人类的政治，军事和社会体制，现在，这些披甲的节肢类已经成为了继混沌之后人类最大的威胁，无人知道第四次入侵何时会到来，更不知道那时人类的命运将会如何……