法蒂玛王朝继承和发展了阿拉伯东方伊斯兰文化，奖励科学研究，发展教育事业，文化发达，学术繁荣。公元972年在开罗创建爱资哈尔清真寺，并发展成宗教大学，世界各地学生来此求学，人才辈出，成为伊斯兰教什叶派宗教及学术文化中心。哈里发阿齐兹在开罗建立了皇家图书馆，藏书达20万册，收藏有大量各种文字珍本，仅用金泥书写的《古兰经》就达2400册。
公元1005年哈里发哈基姆为传授和宣传什叶派教义，弘扬伊斯兰学术文化，创办了科学馆(daal－ah)，延聘各地著名学者进行学术研究，其领域包括宗教、哲学和自然科学的各学科。并附设学校、图书馆和天文台，其附设的学校专门培养什叶派宗教学者和官吏，除宗教各学科外，还设有医学、天文学等。天文学家伊本·优努斯、光学家伊本·海赛姆等皆在此取得科学成就。王朝文化名城开罗、凯鲁万、非斯与巴格达齐名。
在宗教上，伊斯兰教得到进一步传播和发展。王朝在各地修建了大量清真寺，均附设宗教学校，派出传教师和法官到各地传播什叶派教义、教法，主持宗教事务，哈里发下令在各地清真寺聚礼日为阿里和哈里发祝福，并严禁饮酒、音乐和娱乐，在经、训研究上，强调其隐义，并按什叶派观点阐释教义和教法，形成巴颓尼叶派(内学派)，在王朝末期从伊斯玛仪派中分化出阿萨辛派。对基督教及其他异教徒多采取宽容政策。
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