光绪二十九年12月，清政府根据袁世凯的奏谏在北京成立练兵处，王士珍被任命为练兵处军学司正使。袁世凯对王士珍的忠心非常的欣慰，在其手下的众多诸将，能始终受到尊敬信任的也王士珍一个人。凡重要军事问题，袁必咨询士珍而后行，说：“聘卿核否？”他的奏折，奏或下发的稿袁也一定让王圈阅修改，临发前还要让王审阅。因此当时不少人称王为“龙目”，即袁的“眼睛”。当人问及，袁世凯称“聘卿乃北洋第一军事人才也。”
光绪三十年11月，清政府决定以北洋新军为模范，在全国编练三十六镇军队。为此，清政府成立练兵处，以庆亲王奕劻为总办，袁世凯会办，王士珍为军政司正使负责规划。奕劻作为袁世凯的“傀儡”，对军事一窍不通，只知道贪污捞钱，所有的训练计划、厘订饷章、军屯要厄，都是王士珍与段祺瑞、冯国璋商量主持，奕劻只是点头同意而已。由于王士珍为袁世凯立了汗马功劳，他为此向慈禧保荐说：“王士珍随臣当差多年，军务知之最悉，对朝廷切实可靠。”于是，王士珍很快便兼任了第六镇统制官，授正黄旗蒙古副都统，赏头顶带。
光绪三十二年10月，清政府为了检阅新军的编练效果，展示其新的军事力量，决定在河南彰德举行军事演习，即会操。王士珍以军令司正使负责会操。彰德会操引起外国列强的极大关注，英、美、俄、日、法、奥、德、荷、等国家纷纷派人来观阅。袁世凯自然知道此事的重要性，吩咐王士珍一定积极准备，确保万无一失。阅兵开始后，当外参观者看到队伍整肃，军容壮盛，无不啧啧称赞，皆曰：“法令之严明，战术之娴习，国前此未有也。”慈禧太后、光绪皇帝得知彰德会操成功，极为高兴，亲自召见王士珍，予以奖赏。 这时王士珍的声望远在段、冯二人之。是年冬天，兵部和练兵处合并为陆军部，王士珍被任命为陆军部右侍郎。
光绪三十三年，王士珍升任江北提督，加陆军部侍郎衔。按清制，武职至提督，皆一，已为极崇，但不能节制地方。而王士珍所任的江北提督，因为是由江淮巡抚改设而来，其前身为漕运总督，所以有统辖地方之权，并且还兼理漕运事务，可见清政府对王士珍的重用。第二年生母去世，给假三个月守孝，在此期间，王士珍在正定城内西门里街购置宅基地，建起相邻二套宅院的寓所，又在正定城南购买土地十余顷。 守孝期满，继续统带第七镇担任江北提督。
光绪三十四年，王士珍率领江北新军参加清政府举办的太湖秋操。出发前，王令士兵抬了很多标有“无铅箭”、“饼饵”的箱子，并亲加封印，吩咐下属：“有军令方能打开。”诸将不解，王士珍告诉大家说：“用无铅箭不伤人，饼饵用来犒军的。”
太湖秋操尚未结束，11月28日，安徽新军炮营队官熊成基，联络秋操革命志士率马炮营新军千余人在安庆起义。清政府十分恐慌，令王士珍出兵镇压。当时带兵的将官既无子弹又无兵饷，仓皇失措。王士珍命打开标有“无铅箭”和“饼饵”的箱子，原来里面装的全部是银元和子弹，稳固了军心。由于王率兵堵截、追击，致使安庆马炮营起义失败。同年，光绪、慈禧相继去世，溥仪继位，生父醇亲王载沣摄政，勒令袁世凯回家养病，袁世凯失宠后，王士珍也申请开缺，一则为避免嫌疑，二则为报袁世凯知遇之恩。所以一辞再辞，直到宣统二年才获准。
宣统三年，武昌起义爆发，袁世凯复出，第一个奏请是让王士珍襄办湖北军务，袁世凯当总理后，王士珍成为陆军大臣。他反对段祺瑞的共和宣言，宣统四年二月十二日，溥仪退位。王士珍为清室优待条件竭力争取，最后为表示忠于清廷，不愿副署退位诏，辞官退居家乡正定城内。
面对王世珍这一身的功勋，段芝贵是不了的，因此有些紧张，总是担心做不好会怎么样。至于王世珍提到的办法，段芝贵之前也是想了一些的，当然没能像王世珍说的这么具体，只是打算让九爷必要时候给人一下。但是王世珍说话更霸道一些，“……让小九给你打下手，给你帮忙……”这种话可能个屁也是王世珍能说的出口。如今奉天的形式不乐观，李铭九的势力有多么打你们知道么？
不过王世珍说道也很对，既然李铭九还在帮袁世凯，那么他能帮助第一次能帮助第二次……这便是王世珍给出的“妙计”，段芝贵着实有些无语了。回想王世珍的种种，段芝贵心里越发明白了一件事，要是 想要坐高位，得狠，对敌人狠对自己也要很。王世珍这帮人的狠劲儿绝对不是装出来的，也不是控制不住的时候表现的，而是一种可用的武器，必要时直接拿出来使用即可。像王世珍多少透露的一点儿，那绝对也是对付敌人的杀气，得学的东西不少。段芝贵心里暗想着，然而事实情况是段芝贵今天想要学袁世凯命