雅克最初还竭力为妻子辩护，可他已无回天之力，不久便离开了人间。接下来雅克前妻的两个女婿与玛格蕾塔展开了遗产争夺战，苏珊娜不曾爱过的丈夫却借此机会攫取了大部分钱款溜之大吉。从此，可怜的玛格蕾塔开始了她漫长的艰难的日子：家庭里不断的内讧。身为寡妇处处被人指戳的境遇。加上人们对她家产的妒忌。内外交困的她，终于在1599年2月19日被4位弗赖堡市民告发为“女巫”，同日便被捕入狱。同时入狱的还有卡塔琳娜和安娜。而在她们之前，作为“女巫嫌疑犯”在押的还有6个女人。
开始玛格蕾塔并不承认她是“女巫”和犯有叛逆上帝的罪行。但在不断升级的严刑拷打之下。玛格蕾塔不得不对强加于她的所有罪名全部招认。
本来按照常规，女巫也要像异教徒一样，被活活烧死。不过在她之前的2月13日，市政府委员会就另外3个“女巫”处死方式进行表决时，以绝对多数通过了“先斩首，后焚烧”的决定。因而她与其他两位“女巫”不致再受活焚之刑，但被斩首后，尸段还是要被投到柴垛上焚毁，以保证“巫体”的彻底灭除。
弗赖堡1599年3月24日。那个阴冷的早春之日，就在当时马丁门外不远的河堤上，玛格蕾塔等3个被指控为女巫的人将在这里被砍头。堤岸下、河对面，站满了前来观望的市民。他们眼见着刀光之下头血飞溅，又跟随着装上尸首的推车前往设在城南2公里外的焚尸场。
那里是重要的商贸交通要道。在事先备好的柴垛周围，早有更多的人围起观看，在那里烧尸是能起到杀一儆百功效的最佳地方。
玛格蕾塔、卡塔琳娜和安娜正是在欧洲中世纪后期“迫害女巫”恶潮的最疯狂期（1590～1630年）成为宗教邪恶势力的殉葬品的。这场从1480年前后开始延续到1780年的迫害恶潮，席卷欧洲差不多300年，玛格蕾塔这样的良家妇女，呜呼之间祸从天降，无辜葬身火海的人实在难以统计。
专家估计的受害人数差距很大，从十万到几百万不等。数据不详的原因，一方面是由于法庭记录年久失传，另一方面就很多案例来说，人们已很难断定，对被害者是根据巫术还是针对异端信仰定罪的。不过在德国，还是有两个比较可信的数字可以说明当时迫害恶潮的猖獗。
一是在巴伐利亚州小城班贝克，当时这个6000人口的古堡，5年内就有600人被判为女巫葬身火海：而在同时期的维尔茨堡（人口也约为6000），有近900人冤死，相当于每两天里就有一个“女巫”被处死。
要讲清“女巫”一词的由来，就不能不追溯到人类的早期文明史。其实，人类社会中关于存在超自然力的妖术、巫法和魔鬼的想象由来已久。远古时代，生产力十分低下，生活多由自然因素决定，当生存困境如饥荒、贫困、流行舶天灾**出现，人们需要对其进行解释的时候，就很容易将一切归咎于一种非自然力或超自然力的作用——妖魔、巫师、神怪于是应运而生。即使是在科技高度发展的当今，在不甚开化的社会中仍残存对巫术魔法的信仰。
在对早期欧洲文化影响重大的古希腊、古罗马文学中，人们可以找到许多有关巫术、妖魔的描述。古希腊的赫卡忒就是一个神通广大要人们用狗来祭祀她的女妖。每当夜幕降临，她会在地狱众犬的陪同下来到人间，驱吓如美狄亚（edea）一类的女巫。她们应该算作最古老的女巫了。
公元前450年时的古罗马，也有女巫可以毁坏收成的传说。在当时的拉丁语文字中，女巫的形象可谓千奇百怪。她们有的能在夜间变成猫头鹰，有的能吸人血，有的能诱拐儿童，有的会制作毒剂，还有的能呼风唤雨、兴风作浪。
可在公元100年左右读到的古罗马作家笔下的女巫雏形，是被帝神遗弃了的女人。她们对众神俯首帖耳、低声下气，死人的墓穴是她们的住所，她们知道地狱里的所有秘密，会用死尸和粪便制作巫膏。她们都是由人变成的妖魔，她们残忍凶狠、刁泼疯癫，还会占卜前程。
在不断的战乱、瘟疫和饥荒常常造成人口骤减的古代欧洲，朝不保夕的生活使人们不安的恐惧心理加剧，他们必须找出一些替罪羔羊来发泄自己的愤怒和憎恶。比如犹太人便首当其冲，人们指控他们在井里下毒，在门把和墙壁上涂油膏加速疾病传播。
此外。《圣经》中对撒旦魔鬼国的描述。也是人们“炮制”巫妖的根源。上帝的敌人撒旦。是魔鬼和地狱之王，是上帝主要的竞争者、诽谤者。撒旦还被说成是因他嫉妒和傲慢的卑劣品性而被上帝贬到尘世来的凶残斗士。
拒如此，一直到中世纪中期，虽然也有人提出过巫师应被处死的主张。但对巫术存在的说法仍然形成不了气候。在德国加洛林王朝（751～987年），相信有鬼怪巫术的人反而要受到指控。当时（公元900年）出版的一本