他的话被热烈的掌声打断。
“这是我一生最重要的投资，我很庆幸能和这所大学联系在一起。
仁慈的主赐给我金钱，我怎能不把它用在芝加哥大学呢？”
会后，他在众人的簇拥中，亲手埋下建筑礼堂的奠基石。
第二天，洛克菲勒穿上运动装，在学校行政人员的陪同下，骑着自行车参观校园，一边向路旁欢呼的学生招手致意。一群群学生唱道：“谁是好汉？谁是好汉？啦啦啦！洛克菲勒，他就是好汉，加油干！”
洛克菲勒被深深地打动了，他的心情从来没这样好过，对于两耳灌满了“章鱼”、“蟒蛇”攻击声的人来说，这无疑是最大的安慰了。
1908年，盖茨向洛克菲勒提议说：“你应该和芝加哥大学脱钩了。因为捐赠人的最高理想应当是创立一所能够完全独立于他而生存的学校。假若你脱钩了，这证明你毫无私利可图，不打算给自己树碑立传。”
对于盖茨的这个建议，洛克菲勒起初并不认可。他拒绝说：“这是不可能的，因为我无法割断多年来与它的感情纽带。”
直至1910年，洛克菲勒不得不承认盖茨的建议是对的。在捐赠了1000万美元后，他正式宣布和芝加哥大学脱离关系。可是在那之后，直至1932年以前，他又陆陆续续资助了3500万美元。
组建医学研究所
1897年夏天，盖茨在回纽约乔治湖度假时，认识了一位在医学院求学的年轻人。通过他，盖茨了解到了许多医学知识和医学界的情况，并阅读了 《医学原理与临床实践》，书中讲如何诊断100多种不同的疾病，但是却很少讲到如何治疗这些病，而且几乎没有指出引起病症的细菌是什么。
盖茨意识到，美国的医学水平太落后了，远远赶不上某些欧洲国家，在法国和德国都有著名的医学研究所。因此，建立一个医学研究机构以提高医学水平是迫在眉睫的事。
回来后，盖茨立即写了一份极有说服力的备忘录，向洛克菲勒正式提出建立医学研究机构的建议。
但是当时要建立一家这样的机构，对美国人来说实在太陌生了。
对于建立研究机构，医学界普遍怀疑： 花许多钱请一些人胡思乱想，有什么实际意义呢？
洛克菲勒也毫不例外，起初他对备忘录表示沉默。可是他有对新鲜事物敏感的特殊细胞，盖茨的极富煽动力的游说终于激活了他的冒险精神。
既然这项善举当时在美国无人问津，却是最需要也最有前途的事业，为什么不去试一试呢？ 洛克菲勒最终决定要在纽约建立一所独立医学研究中心，还同意用他的名字命名。
洛克菲勒对盖茨说：“要召集才智出众的人，把他们从琐碎的小事中解脱出来，让他们去异想天开。不要向他们施加压力，也不要横加干涉。我们要做的是：为他们营造一个能够发挥想象力和创造力的环境。这样的话，奇迹也许会发生。”
洛克菲勒答应在10年中拿出20000美元的捐赠，后来又增加到100万美元。小洛克菲勒参与了具体创办工作，他到处奔波，后来成为第一届受托委员会的主席。
1901年，在小洛克菲勒和7位著名医生的共同努力下，在美国成立了第一个医学研究机构------洛克菲勒医学研究所。1904年，成立了新改组的医学研究中心，在弗莱克斯纳的带领下进行医学研究工作。
新组建的研究所确实聚集了众多精英。首席顾问是约翰·霍普金斯医学院院长，病理学教授威廉·韦尔奇，学生们亲切地称他为“宝贝”。他举止笨拙，喜欢诗歌、交际和美食，曾在德国留学，正在把德国高水平的医学引进美国。
研究所首任所长、理事会主席是韦尔奇的得意门生西蒙·弗莱克斯纳。他身材瘦削，脸部轮廓和头脑一样清晰精确；办事严谨公正，很符合洛克菲勒的要求。
有一天，一位记者采访弗莱克斯纳。在他的实验实里的瓶瓶罐罐中，终于逮住了像蜜蜂一样忙碌的弗莱克斯纳，他扶了扶眼镜，郑重地告诉记者：“我们正在执行一个影响深远的计划，它将覆盖疾病起因和治疗的一切领域。”
1906年，医学研究所再度改组，从简单的小研究所扩展成现代化的大型研究所，把研究部门与财务部门分开。由洛克菲勒、盖茨、小洛克菲勒和墨菲等人专门成立了董事会来管理财务及行政，以便让研究所的科学家能够专心从事研究。
洛克菲勒从不干涉研究所的事，很少到那里去。弗莱克斯纳很欣赏捐助人的这种做法，他曾邀请洛克菲勒到研究所看看，这位捐助人谦和地说：“我不能占用大家宝贵的时间。”
“其实，我们这里经常有人参观。”弗莱克斯纳急忙说。
“那就更不该去占用你们宝贵的时间了。”
有一天，洛克菲勒父子出去办事，来到研究所的附近。小洛克菲勒看看父亲的脸色，小心翼翼地说：“爸爸，您还从来没来过这里，我们一起乘出租车去看看吧！”
洛克菲勒答应了，但很勉强。轿车终于停在研究所的大门口。洛克菲勒伸着头从车窗里往外看，却不肯下车。
“爸爸，我们还是进去吧！”儿子在催促着。