2明朝一些人利用书院自由讲学的性质，把书院当成了政治基地，于是乎书院卷进了政治斗争的漩涡，而由于政治的原因书院几经毁灭。
明朝四毁书院：嘉靖时期两次、张居正时期一次、魏忠贤时期一次。
值得注意的是书院是私人性质的，朝廷另有官学，但书院也一样拥有参加乡试的名额。
故而某些书院为了免于卷入政治漩涡，会有‘莫论国事’的规矩，所以别的书生才会害怕受到方祖继的牵连而失去书院和失去乡试名额。
3万历6年（1578）是张居正主政时期，也是明朝经济最好的时期之一，但即使是明朝经济最好的时期之一，一年商税收入才不到50万两。（对比：辽饷每年1029万两）
明朝商业非常发达，甚至出现了资本主义萌芽，这丁点商税收入明显是极为不合理的。
4官绅地主阶级，是包含商人的阶级，但是商人阶级不是单独存在，而是依附于官绅地主存在的。
由于士农工商的排序问题，官绅地主虽然普遍行商，但是他们的身份仍然还是官绅地主阶级；或者说商人发达了，他们又会大量购买地转化自己的阶级。