卢晓航攻占了娘宫屿之后立刻将岛上的主要头领抓了起来，然后便在娘宫屿上面升起了大明的旗帜，并派人对澎湖屿所有的海盗喊话。
“前些天，郑森公子已经投靠大明朝廷，现在在去往京师的路上，如今郑芝龙大帅也愿意归降朝廷，愿意归顺的立刻放下武器赤手站在海滩之上，午时过后，没有归顺的岛屿，鸡犬不留！”
这个时候大明水师的小船已经将澎湖屿外围围住了，想要跑是不太可能了，而且所有的海盗都有些灰心丧气，大明朝廷的人说自己的大帅已经归顺了，甚至连小公子身死之事都是大帅在演戏，他们不免有些寒心。
不怪他们相信，如果不是早就商量好的，大明水师怎么可能长驱直入，用了一个喝茶的功夫就把娘宫屿攻陷了？岛上一炮都没有开，若说不是归顺了谁也不相信。况且郑芝龙以前又不是没有干过这种事情，明着抗击到底，暗中出卖弟兄归顺朝廷。所以许多人已经相信了大明朝廷的话。
而且最重要的是郑芝龙掌握了他们的粮草和全部底细，甚至每个岛上都有郑芝龙的人，自己要把这些人都杀了容易，但是杀了之后呢？守又守不住，跑又跑不了，回头郑芝龙看到自己斩杀了他的心腹，会是什么后果？郑芝虎的前车之鉴就在眼前，自己凡事应当三思而行。
就这样，午时的时候澎湖屿基本上所有的海盗都打起了白旗，只有一两家郑芝龙的心腹，觉得此时有蹊跷，所以想沉一沉再说，谁知道午时一到，四艘大明水师的大船围着这些小岛开始开炮，数轮炮火之后，小岛上面的土地都被炸没了一寸之深，更别说人了。大明水师连后悔的机会都没有给他们，就算他们中途举起白旗也没有停止炮击。
这是卢晓航的命令，做出了选择就要承担选择之后的后果，如果你半路反悔，还被放了一条生路，那么其他的海盗是不是都得试一试，反正打不过再投降便是了，有没有什么损失，卢晓航要做的便是断了他们这种投机的心思。
岛上也有老弱，也有妇孺，但是卢晓航没有办法，这是一群纵横南海多年的海盗，若是震慑不住他们，万一他们发现了异常，拿起手中的武器开始抵抗，到时候死的可就不止这么多人了，而且大明水师也会有损伤，在卢晓航看来大明水师才是自己人，生在乱世，哪有无辜之人，既然进了海盗窝，必然会有这么一天。
一个半时辰连着轰平了两座小岛，整个澎湖屿的海盗全都愣住了，这大明水师可不像往日的朝廷那么仁义，竟然炮轰小岛这种事。卢晓航只得心中苦笑：当年有一部黑社会电影很符合自己现在的心情，上面的人说，我们出来混的，一定要说话算数，说杀你全家，就一定要杀你全家。
两座小岛被轰平之后，本来还有些别的心思的海盗全都收起了心思，反抗？别开玩笑了，人家的大船还在哪里等着呢，就算你把上岛收编的人全都杀了，到时候人家把岛轰平了谁能跑得了？
天色将暗的时候，收编工作已经进行得差不多了，澎湖屿的海盗都被关在大船之上，运回了厦门、泉州等地，至于到了陆地上怎么办那就看袁宗第的本事了，若是他能训出来这些海盗，卢晓航自然很乐意大明水师多了这么多将士，但是若是这些海盗贼心不死，凶性不改，那袁宗第的刽子手也已经磨好了大刀。
运完了海盗之后，大明水师开始收缴郑芝龙的家底了，郑芝龙走得匆忙，这些年积累的家底可都便宜给卢晓航了，大明水师的人查点到天亮都没有查点完到底有多少金银财宝。
最后卢晓航下令先运到陆地上去再说，郑芝龙毕竟是跑了，而且这个地方大明水师总归是不如郑芝龙熟悉，若是被他算计了可不好脱身，虽说他手下的大部分人都被俘虏了，但是狡兔三窟，难保其他地方郑芝龙没有老巢。
收缴金银财宝这种工作自古以来便是最难做的，尤其是天色正暗，若是有人往兜里揣点私货谁都发现不了，况且这金玉之类的东西都不是很大，一个成年男子足以藏好。
为此左良玉亲自上阵，立下军令：“贪墨金银十两以上剁手剁脚逐出军营！”
大明水师有一半的人都是他带出来的部下，许多人都知道老帅这场仗是在赌自己的前程和家族的未来，若是手底下这些弟兄让老帅在皇上面前丢人了，那可就是坏了老帅的前程。左良玉虽然在历史上名声不是很好，但是那是因为他身为一个武将被文官欺辱了太久，所以才会对南明朝廷桀骜不驯，但是对手底下的将士从来没有亏待过，所以即使他和朝廷对着干，手底下的将士也愿意跟着他干。
所以手底下的将士都知道大帅着急了，很少有人下手，而且他们在大明的军营里面日子过得不错，军饷从未拖欠过，为了眼前蝇头小利放弃了长远的营生并不是很好的选择。但是总有人财迷心窍，趁着别人不注意想要发一笔财，周围的人都在盯着防止有人给老帅添麻烦，所以基本上没有成功的，倒是海岸边多了十几个断手断脚的，全是左良玉亲自动的手。
路过的人看着他们一点怜悯的意思都没有，心狠的还会吐上一口唾沫骂上一句：“不争气的东西！”
至于大明水师其他的部分，是和郑和有关的人和巢湖水匪，郑氏后人的目的从来都不是为了发财，否则海上最大的海盗便轮不到郑芝龙来做。巢湖水匪也没有这种