工程的成果是否失败，如今还没有强有力的论据证明。工程中有些成果也被国际学术界认可，例如张培瑜的研究，但工程内部却是存在争论。有些背景复杂的中国学者认为，此类工程的成果没有必要非得通过世界上各种具有“复杂背景”的学者的检验，只要在中国学术界取得共识就行，中国学者对历史的研究无需外人指三道四，也不能被有各种目的的势力阻挠。
在“东亚历史”期刊eaoy上，发表文章质疑周懿王元年天再旦是公元前899年。文章中对于工程研究方法中的错误提出了具体质疑。文中提到：
“一些最近的研究计划，包括被中国接受的研究计划指夏商周断代工程，依据的是一个在公元前一千纪早期的“天再旦”的记载。这些研究把这个奇特的记载解读成日出时的日偏食。这样的解读看起来似乎合理黎明要开始之际，天色因为日食而暗下来，然后再日出，但却是不确定的。日出时把太阳表面遮住的部分大到可以让天色大幅变暗的日食是很少的。在公元前899年4月21日的确是有一次日出时日食，而这些研究计划把这个日食对应到该奇特的记载指周懿王元年天再旦。”
“计算显示，公元前899年的那次日食把主观亮度人类观察者所感受到的亮度减低的程度小于25。为了证明这样的亮度减少可以给观察者有“确定的天再旦”的感觉，一些研究者对观察了1997年日出时日偏食的观察者进行了调查。然而，所有的观察者所在的位置要不就是位于亮度减低不到10的地方这些地方的观察者没有“天再旦”的感觉，要不就是位于亮度减低超过80的地方这些地方有指天再旦的感觉。从这些数据，研究者作出结论，“主观亮度减少超过10会造成“确定的天再旦”的感觉”。这个结论根本毫无根据。实际上，飘过的云常常可以造成主观亮度减少25”
另外，该文也质疑了对于该次日食的计算的正确性。
此外在这一方面，有人依据日食路线图作了调查，发现在前899年4月21日早晨的日食，日食带西端在山东省，陕西省是根本就不可能看到天再旦的。而在前871年10月6日早晨，在郑地可看到天再旦的天文景象。
好吧，张嘉师不得不表示，用后世的情况来作为这方面的佐证方式就好比是用几千年之后的地貌变化来推算古战场的情况那样，不是闲的蛋疼么
另外：考古杂志2007年3月发表了朱凤瀚的文章尧公簋与唐伯侯于晋，介绍了香港地区私人收藏的西周青铜器尧公簋，其铭文有“唐伯侯于晋唯王廿又八祀”的内容。
铭文如下：“尧公作妻姚簋，遘于王命唐伯侯于晋，唯王廿又八祀。”
从簋的形制与铭文字形特点来看，该器的成器时间似不会晚于西周早期中段eads;。那么，“王命唐伯侯于晋”的“王廿又八祀”显然应该是成王二十八年无疑。
鉴于夏商周断代工程阶段成果中成王22年，康王25年，均少于28年。故此，尧公簋一出，断代工程阶段成果即被否定，成王或康王的在位年数必须修订。
而在这一个前提下，不但是周康王或者是周成王的年份都要改，恐怕在公元前841年的年份记载，都会出现相应的变化，最起码，有一个周成王之后，到公元前841年的周朝王上少在位三年，是必然的了。
至于这方面的历史，张嘉师表示后世的一些人是不是闲了点，因为严格来说，有很多史学家的推论都称不上精确
然而
2013年1月初，芝加哥大学东亚语文系教授夏含夷，在台北举行、刚刚闭幕的“中研院”第四届国际汉学会议上质疑“夏商周断代工程”，并断言该工程“繁本”恐怕将来也不太可能发表。“夏商周断代工程”首席专家、清华大学教授李学勤对此作出回应称有争议很正常，“繁本”正在审订之中，过一段时间会出来。
夏含夷教授撰写的“夏商周断代工程”十年后之批判：以西周诸王在位年代为例证的论文摘要，其内容为：“夏商周断代工程从1996年到2000年是中国古代文化史上的极大的研究项目，据工程的统计一共包括两百多泛学科的研究员，几乎天天都在学术性和普及性的报刊上有所反映。在2000年年底，夏商周断代工程发表了夏商周断代工程19962000年阶段成果报告－简本以下简称简本，答应在不久之后再发表规模大的繁本。现在已经是简本发表以后十年，繁本还没有发表，恐怕将来也不太可能发表。虽然如此，时间已经相当成熟给夏商周断代工程作出一个比较全面的审查。本文就是初步的反思。”
夏含夷称，简本对夏代和商代只概括的框架，对商代后期则绝对年代，但也承认这些年代不一定精确。对西周时代则完全不同，从武王克纣到幽王卒于骊山之下，对西周12个国王在位年代都了绝对年代。
夏含夷认为，“简本所载西周诸王在位年数和任何古代史书都没有统一的方法，能够在古书找到支持就引之，找不到支持就弃之，这和一般史学方法显然不合。除了武王克商年代是根据逸周书世浮解以及另外一些****文件，懿王元年是根据竹书纪年所载天再旦于郑的记载之外，简本所载西周诸王在位年代基本上是根据六十三件当时已经公布的铜器铭文所载年代记载的分期。简本所提出的年代框架和分期不但不能