石本新六虽非萨长两藩出身，但忠君思想依然非常浓厚，而女婿的背叛对他产生了很大的打击，当天夜里便怒火攻心病倒了，随后在病榻上他代替女儿提交了与藤田俊雄离婚的申请，并且将数度哭昏过去的女儿囚禁在了家中。
此时的京都府虽然已经处于极度混乱的状态，但明治天皇和政府依然拥有绝对的统治，西园寺公望自然不敢大张旗鼓的释放藤田俊雄，于是只好将他秘密带到自己的家中救治，随后在山县有朋的拜访中说出了自己等同于投降的计划。
山县有朋自西园寺公望府邸出来以后便直奔京都御所，不过此时的他已经没有了追究西园寺公望的心思，更多的是要利用自己在军中的威信命令军队掩护皇室离开京都府，而西园寺公望则立即召见了自己的盟友和幕僚，并且派人去正在进攻的执政政府军队商讨投降事宜。