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攻破西门以后，后金军并没有立刻向官署进攻，而是沿城墙行进，先后拿下全部城门，紧跟着就转入防守，大部分攻击部队开始就地休息。黄石强装喜悦地祝贺了皇太极，冷兵器时代，城门一旦失守，仗也就意味着到了尾声，怎么应对都是死路一条，顶多是时间长短问题了。
就连时间后金也没有给广宁军留下多少，各个城门都落入掌握后，见到广宁军没有突围企图，后面预备的各队就开入城门，沿着大道向镇江官署进攻。广宁军点燃了大道上堆积的木柴和两侧的房屋，这给后金弓箭手造成了一些麻烦，但是也让守军腾挪的地方越发狭小，更不能利用房屋狙击入侵者。这说明防守方没有多少弓箭了，已经丧失了利用地利狙击敌军的能力，不然本应该是攻击方纵火才是。
镇江的百姓终于丧失了抵抗的勇气，简陋的武器抛得满地都是，人们都跪在地上哀求后金的怜悯。后金士兵也没有为难他们，汉军士兵让他们报告隐藏在民居中的广宁士兵位置，同时收缴了他们所有的菜刀等可能用来抵抗的器具。
到了午时时分，后金军已经完成了对官署的包围，满城的搜捕工作也到了尾声，顽抗的广宁士兵都基本被消灭，城中的火势也统统都被扑灭。只有镇江官署上面还飘荡着孤零零地明军战旗，骑在马上的黄石不敢靠近，只能远远眺望那里的动静，广宁军显然不打算放弃抵抗，后金士兵毫不犹疑地驱赶百姓去填平壕沟，并强迫这些人搬运木柴去堆在官署大门前。
一个个镇江百姓被无情地射倒，但是官署大门前的燃料还是越来越多，等到第一根火把扔过去的时候，黄石在心中叹了一口气。看着遍地横流的汉人鲜血和誓死抵抗的明军，黄石的灵魂也在被拷问，他第一次觉得自己好像做错了些什么。“不，我没有力量的，我只有先活下去再说……”
大约两个时辰左右，后金士兵绑来了一个广宁军官，见到皇太极的时候，这个人犹自昂首不屈，左手的士兵狠狠踢了他左腿腿弯一脚，因为腿紧紧绷住，所以他只是猛地向前踉跄了一步，仍然不肯跪下。后金士兵拉住他，倒转抢柄轮了一个大圈，随着一声刺耳的骨骼断裂声，广宁军官终于被按倒在地。
看着地上人因为痛苦而扭曲的面孔，黄石膝盖也微微颤抖，刚才那一棍子打下去时，他几乎要扭过脸去。黄石暗自调整自己的呼吸，不让自己露出异常的声色。只听皇太极问道：“你叫什么？”
广宁军官听到皇太极熟练的汉语，愣了一下才抬头大喊：“爷爷叫陈忠。”
“毛文龙在哪里？”
“你爷爷叫陈忠！”
“毛文龙什么时候离开的？”
“你爷爷我叫陈忠！”
“回答问题可以让你死得痛快！”
“爷爷叫陈忠，x你奶奶！”
陈忠被拖走的时候仍然骂不绝口，后金士兵又拖上来其他几个广宁官兵，一个个都有着类似的反应。很久以后，终于有人抗不住严刑，招出毛文龙两天前就只身逃脱，城中留下苏其美、张元祉和陈忠三个老资格的千总负责防守。苏其美被城头被万箭穿身，张元祉和陈忠都被凌迟，其余的广宁军官兵随即也都被处死。
听完报告的皇太极随即对几个将领发布了一长串的命令。等身边只剩下黄石的时候，他冷笑了一声：“小看毛文龙这厮了，还以为他也不过是匹夫之勇罢了。”
见黄石没有搭话，皇太极换上了和蔼的面容：“今晚屠城，黄石你也去参加么？”
黄石知道这是后金的习惯，但是脸上还是流露出不忍之色。这点细微的变化随即被皇太极察觉，他按耐住心头的不快，赞赏说：“我果然没有看错，你是个本色之人，你要不是这样的人，我也不会看重你。但是这不是针对你们汉人，而是为了震慑附近百姓而已。这样他们就不会配合明军作战，自然就可以安居乐业。所以屠镇江可以救更多汉人的命，黄石你可明白？”
“小人明白了。”
后金的屠城还是讲究技巧的：为了避免军纪败坏，皇太极禁止私自杀人。等到破城克服抵抗以后，再根据各个部队功劳大小分配区域，其间一些没有出力或者畏缩不前的部队负责警戒城池，防范敌人偷袭也阻止居民逃跑。
三天后，后金军完成了收尾工作，满城男性一个不留。与此同时，朝鲜明确拒绝了后金的要求，不肯将毛文龙和陈良策交出来，黄石知道这样对朝鲜的入侵就势在必行了。朝鲜历史清楚记载了此时朝鲜广宁军的状态，数千手无寸铁的壮丁而已，既无斗志也没有训练，还背着几万流民的大包袱。
镇江之战前，黄石对双方都是抱着利用的目的，他既不打算当汉奸，也不想出力挽救明朝这条破船。但是现在他发现自己的心态有了些微妙的变化，一想到朝鲜即将发生的惨剧就有些难受。因此他找了个借口，向皇太极请求返回广宁继续去。
“好，黄石你打算何时返回广宁？”皇太极竟然连理由都不问，毫不犹豫地表示了同意。
“小人打算明日便启程，因为小人想，如果久久不归，难免王化贞起疑。”黄石还是说了他想好的理由。
“黄石你的考虑总是有道理的，本贝勒完全同意