巴拉克总督答应下来，告辞走了，自此，由菲律宾战争引发的外交斗争全部结束，在这场斗争中，林飞巧妙地利用无线电通讯设备和窃听器，为华夏帝国带来了极大利益。
转过天来，7月23日，林飞命令部队继续向吕宋岛北部进军，占领吕宋岛大部地区，马尼拉以北虽然有十几座城市，城中也有西班牙守备部队，可是马尼拉都已经丢了，这些守备部队也就毫无战意，纷纷缴械投降。
林飞在派出部队占领城市的同时，还派出大量土地改革工作队进入农村，积极发动当地华人和菲律宾人进行土地改革，各种宣传队也随之行动，控制当地人的思想。
7月26日中午，林飞部队第一旅第一团占领了吕宋岛最北端港口城市布格伊，吕宋岛全境的大城市都被林飞占领。自此，林飞掌握了菲律宾全境，包括了八百万人口，三十万平方公里的国土面积。
林飞占领了整个菲律宾之后便展开了后续工作，政治上，林飞把菲律宾划分为三个省和一个省级自治区，三个省分别是吕宋岛省、米沙鄢群岛省、棉兰老岛省，一个省级自治区就是苏禄群岛自治区。
这样划分出来的省区面积很大，便于省区内部统筹安排经济发展，人事任命上，除了苏禄群岛自治区最高长官是亚古鲁尔苏丹之外，其他三个省的省长都是陈福从清国招募来的儒生，这些人对林飞十分忠诚。
林飞还做出了一个重大决定，那就是把都城迁到马尼拉，同时把马尼拉改名为“大禹城”，之所以迁都，是因为吕宋岛是菲律宾最富庶、最发达的地区，都城设在这里，便于统筹各项资源进行发展建设。迁都之后的炎黄城将作为高技术中心存在。
不过林飞并没有命令立刻迁都，因为华夏帝国接下来要做的事情是进攻台湾，赶走日本侵略者，一起事务都要以这场战争为核心，在这种情况下，迁都显然不合适。
经济上，林飞延续了华夏帝国一贯的经济政策，鼓励资本多多进入工业领域，加强文化产业发展；在巩固提升现有粮食作物种植业之外，加强渔业、经济作物种植业和养殖业的建设。
军事上，林飞此时拥有两个旅的步兵作战兵力，一个团和两个营的炮兵，各专业兵种共计一万余人，为了应对接下来的台湾之战，林飞决定，把步兵扩编到两个师，炮兵等专业兵种也进行扩编，把这两个师和下辖各个专业兵种统编为第一集团军，自己亲自担任集团军总司令，还把军衔制推广到全军。
教育上，由于吕宋岛被西班牙人经营了许久，所以岛上有很多学校，这些学校里有很多教授数学、物理和化学等自然科学科目的教师，林飞一直梦想的推广自然科学教育变成了现实。
有了自然科学的基础教育，自然要有自然科学的高等教育，林飞在马尼拉办起了一座大学，命名为“华夏大学”，当然教授的数量是极少的，林飞打算以后再逐步招募知识丰富的学者。
各项事务走上正轨，这时有人向林飞建议：“陛下，在进攻台湾之前，您是不是应该把后妃的问题解决一下？”
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