孙传庭一直追到黑水峪的尽头，看着一小部分农民军踏上平地，远远地逃了，他断定高迎祥不在其中，于是便审问俘虏，这些俘虏很多人都说，看到亲兵们抬着高闯王在他们的后面，没有跟上来。孙传庭明白，高迎祥已负了伤，看来没有逃出谷去，就藏在谷中。
于是他传令，沿着谷中寻找，挖地三尺，也要将高迎祥生擒活捉。
过一天的搜寻，官军们终于发现了高迎祥藏身的山洞，十几个亲兵拼死抵挡，全部被杀，刘哲黄龙都受了伤，与高迎祥一起被擒。
当官军们抬着被俘的高迎祥走出山洞，来到孙传庭面前时，孙传庭这才长长松了口气，他看着担架上几乎要奄奄一息的高迎祥，轻轻地冷笑一声，吩咐手下人：“好好治疗他，不能让他死了。”
沈周在一边道：“大人，看来闯贼已快不行了，这样的人，还用得着心嘛，以我看，当场斩了，传首京师不就成了？”
孙传庭摇头：“绝不能当场斩首，无论如活，我也要将活人送到圣上面前。”
沈周皱了皱眉：“您要献俘，让圣上高兴高兴。”
孙传庭道：“几年以来，流贼气焰冲天，十分嚣张，以闯贼为首，横行天下，杀人无数，甚至还毁了圣上的祖陵，如此深仇大恨，圣上岂会不报一报？传首京师，未免太便宜闯贼了。我要让圣上看到活人，这样圣上定会传旨，在京城之中处死闯贼。这对于官军的士气，是一个极大的振奋。而对于流贼，则是巨大的震慑。”
沈周这才不说什么了。
孙传庭剿灭了高迎祥的大军，立时传令，全军沿来路，退出谷去，以防秦军前来攻打。
他十分清楚，这个时候的官军，已是强弩之末了，不起任何人马的冲击，更何况是凶悍异常的秦军，他所在的地方，离西安已不太远了，秦军一旦得到消息，肯定会派重兵，前来解救高迎祥的，自己能吃掉高迎祥的人马，已是万幸，见好就收吧。至于秦军，只要等着农民军被压下去之后，秦军也便支持不了多久。
于是大队官军，押送高迎祥，向南出谷而去，半路上正遇到范雎，此时他已接应到了苏单，一见孙传庭生擒高迎祥，全歼农民军，不住地向他道贺。
孙传庭倒没有沾沾自喜，他让苏单前去回复子义，说自己已灭了高迎祥，多谢他的这条好计，日后定当重报。
苏单得了些赏，带着自己那些随丛，打马向华阴去了。
这条消息，震惊了天下，孙传庭以前威名不著，官军和农民军中没有多少人知道他，但此一役，孙传庭名扬天下。
崇祯皇帝接到了孙传庭的奏报，一时还不敢相信，他万万没想到，孙传庭以所部两三万人，居然全歼了高迎祥的五万人马，还将高迎祥生擒活捉，要来献俘。他甚至派了太监到孙传庭那里，查看是不是事实。等到有急报回来之后，说确实生擒了高迎祥，崇祯这才相信。
他大喜之下，重赏孙传庭。崇祯封孙传庭为陕西巡抚，握有兵权。因为这个时候，陕西的大部分，都被秦军占据，因此孙传庭这个巡抚有点有名无实，但是也可以看得出来，崇祯对于陕西的重视，而且下一步的计划，就是让孙传庭夺回西安，剿灭秦军。