到中午十二点左右，“唐高宗”号才完成了出动舰载机的准备工作。
到这个时候，第二印度洋舰队的剩余战舰正在全速撤退，而且战场的气象环境也开始变得对航空作战不利。
突然到来的飓风，拯救了第二印度洋舰队。
十二点不到，第21舰队所在海域的海况就达到了五级，而“唐太宗”级的最高作业海况就是五级。也就是说，如果气象环境继续恶化，“唐高宗”号就算出动了舰载机，也无法回收舰载机。
李向龙犹豫了。
在出动舰载机之前，李向龙首先派出了气象飞机。
在任何一支舰队里，都有数架气象飞机，而且大多是护航战舰上搭载的水上飞机，其主要任务就是搞清楚舰队所在海域的天气情况。一般情况下，舰队在进入交战海域之后，就会出动气象飞机。在与第二印度洋舰队遭遇之前，李向龙确实出动了气象飞机，只是动用的数量并不多。主要就是，当时有很大一部分水上飞机得执行侦察任务，因此也就没有按照规定向所有方向派出气象飞机。
结果就是，李向龙根本不知道这场从马尔代夫群岛西面刮过来的飓风。
突然转变的天气，让李向龙不得不放弃继续攻击的念头。虽然“唐高宗”号能够赶在海况变得更加恶劣之前出动舰载机，但是肯定无法回收舰载机，而且在这种情况下，也很难营救落水飞行员。
更重要的是，第二印度洋舰队的两艘舰队航母已经完蛋了。
显然，为了赶掉两艘快速战列舰，就让飞行员去冒险，太不值得了。
十二点十五分，李向龙下达了撤退命令，只留下两艘轻巡洋舰负责救援落水飞行员，其他战舰全速向东南方向航行。
事实上，当时李向龙还没有打算放过第二印度洋舰队。
当时，第二印度洋舰队在向西南方向撤退。虽然飓风来自西面，因此第二印度洋舰队将率先进入风暴区。问题是，印度洋上的风暴不会持续太久，而且运动速度非常快，第二印度洋舰队不可能一直呆在风暴区里，很有可能在风暴过去之后，从马尔代夫群岛西面北上前往阿拉伯海。李向龙让第21舰队向东南方向航行，一是为了避开飓风，二是为了缩短与第二印度洋舰队的距离。也就是说，在风暴过去之后，第21舰队可以全速向西追击，赶上第二印度洋舰队。
关键就是，这场风暴会持续多久。
舰队转向后不久，李向龙让“河北”号出动了一架气象飞机。
报告让他非常失望，风暴的覆盖范围在五百公里以上，而且风暴中心的风力已经超过十一级，还有继续增强的趋势。
显然，追击第二印度洋舰队很不现实。
就算追上了，能够作战的也只有两艘快速战列舰与两艘防空巡洋舰，包括舰队航母在内的其他战舰都无法抵抗如此强大的风暴。
此外，还有一个因素是李向龙不得不考虑的。
这就是，原本计划用来为第21舰队提供燃油补给的两艘油水补给舰已经被第二印度洋舰队击沉了。虽然在此之后，新加坡海军基地派出了两艘油水补给舰，但是这两艘补给舰刚刚进入安达曼海，离第21舰队还有差不多三千公里。如此一来，如果第21舰队向西追击第二印度洋舰队，将无法及时与补给舰会合。如果追击航程超过一千五百公里，第21舰队就没有足够的燃油返航。
最终，李向龙放弃了追击第21舰队的想法。
这场印度洋上的第一次大规模海战，即“马尔代夫海战”就此宣告结束。
这场海战，基本上确定了印度洋的局面。
虽然第二印度洋舰队在四天后进入了孟买港，而且英国皇家海军与皇家空军也在月底的时候向印度增派了两百多架作战飞机，增强了驻印英军的空中力量，而且这些战机大多部署在孟买附近，让中国舰队难以偷袭孟买港内的第二印度洋舰队。但是自此之后，第二印度洋舰队就很少外出活动，基本上成了一支“港口舰队”，并没有为夺取印度洋的制海权做出太大贡献。
当然，这场海战，对双方都有很大的启示。
八月份，中国海军就颁布了一条新的作战规定，即在战斗中，航母上的航空指挥军官可以决定是否让带伤返航的舰载机降落。如果航空指挥官认为降落有危险、或者会对航母构成威胁，就有权命令飞行员在附近的海面上迫降。当然，如果飞行员也认为降落存在太大的风险，也能自行决定是否在海面上迫降。
当时，中国海军还投资研发专门用来回收受损舰载机的装置。
只是，直到大战结束，这种装置都没有研制成功。此外，随着斜角飞行甲板的大型航母出现，降落的安全问题也有了很大改善。
事实上，这场海战，也正是推动了中国海军开始建造斜角飞行甲板的航母。
在此之前，冯承乾还在犹豫是否需要在“明成祖”级之前建造一种吨位适中，但是作战性能有很大改善的舰队航母。毕竟，“明成祖”级的设计工作已经接近尾声，预计将在一九四三年开始建造，而“唐太宗”级的第二批占用着船台，因此几家主要造船厂已经没有多余的建造能力了。此外，在两批“唐太宗”级服役之后，即便除掉战损的航母，中国海军也有十一艘舰队航母可用，而美国海军的“埃塞克斯”级要到一九四四年才能服役，在一九四五年才有可能超过中国海军。也就是说，