胡惟庸之所以被提拔重用，并不完全是李善长的功劳，朱元璋在用人行政上从来都是不肯假手与人的，何况像宰相这样重要的位置，朱元璋虽然依靠淮西集团起家，但是，一旦大功告成，这个羽翼丰满的政治军事集团就成为朱元璋在背的芒刺，必欲除之而后快。李善长是淮西集团的文臣的头子，经年经营地盘，已经形成了独特的政治势力，所以，朱元璋虽然口头上说善长“功甚大，宜进封大国。”而暗中则指使汪广洋、陈宁弹劾李善长，败坏李善长的政治声誉。胡惟庸不过是朱元璋原来帐下的一个文书，朱元璋正是看中了胡惟庸并无党羽而且又是李善长阵营的力量，才决定把胡惟庸抬起来以制约善长的，然而，他没有想到胡惟庸居然不能体会皇帝的本意不过是想把宰相变成高级秘书、帮办的宏伟战略意图，反而加紧和李善长搞好个人关系，这让朱元璋不能不紧张，不能不恼火，不能不重视了。史称胡惟庸“尝以曲谨当上意，宠遇日盛，独相数岁，生杀黜陟，或不奏径行。内外诸司上封事，必先取阅，害己者，辄匿不以闻。四方躁进之徒及功臣武夫失职者，争走其门，馈遗金帛、名马、玩好，不可胜数。”胡惟庸的所作所为和朱元璋的骨子里的的指导思想“至尊之位，操可致之权，赏罚予夺，得以自专”已经完全南辕北辙了，皇帝不杀他已经不行了，有点时不我待的感觉。
朱元璋的步骤很紧凑，先是杀了他一直觉得不对劲的汪广洋，然后让涂节上表告变，说是胡惟庸联络陈宁等人准备造反，就此杀掉了一大批功臣宿旧，包括依附胡惟庸的官员和六部官属。大小官员被处死者多至一万五千余人，而后在洪武十九年穷治胡党，竟然编造出了胡惟庸通倭的证据，就此又杀了唐胜宗、陆仲亨、费聚、赵庸，最后连李善长也成了胡党最后的党徒。其中，吉安侯陆仲亨十七岁开始追随朱元璋起义，朱元璋说他是“此我初起时腹心股肱也”，而后在所谓的谋反审讯过程中，朱元璋明明知道陆仲亨并不是什么真正意义上的大逆不道，仍然自己编造了一个借口说：“朕每怪其居贵位有忧色”这简直就是莫须有的罪名了。平凉侯费聚连儿子费超的命都给朱元璋赔进去了，反过头来还要被朱元璋说是胡党，朱元璋说费聚是“聚曩使姑苏不称旨，朕尝詈责，遂欲反耶！”陈年的老帐都翻了出来，可见，费聚不死都不行。这点就是《明史》作者都看不过眼去。
在胡惟庸死后，朱元璋毅然废除了丞相制度，暴露出他蓄谋已久的真实想法。
李善长的弟弟李存义虽然和胡惟庸有姻亲的关系，但是，并没有把李善长牵连进来，只是贬斥了李存义而已，但是，李善长不知是什么缘故居然没有谢恩，这让朱元璋老大的不快活，联系到洪武初年李善长的种种骄横的做法，朱元璋准备对李善长动手了。
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对付李善长这样的功臣第一，自然不能向对付胡惟庸那样简单，偏偏李善长因为建造府邸的缘故向汤和借了三百人使用，让汤和给告发了，善长又给丁斌求情，这让朱元璋抓住了把柄，用严酷的刑讯逼供丁斌，得出了李存义奉了胡惟庸的口信请李善长加入谋反同盟的所谓的证据，还有李善长不举报胡惟庸勾结倭寇的旁证，总之，一个家奴居然把主人在密室内说的话都举到了御前。
朱元璋这样才从容的下命令说：善长元勋国戚，知逆谋不发举，狐疑观望怀两端，大逆不道。然而，还是不杀善长，直到有司说星变，需要杀大臣消灾，于是，善长为了朱元璋做了最后一次贡献，全家七十多口人同时被杀，李善长时年已经是七十七岁的人了，赐死给予全尸，算是朱元璋对这位开国辅运推诚守正文臣、特进光禄大夫、左柱国、太师、中书左丞相，封韩国公，岁禄四千石，子孙世袭。予铁券，免二死，子免一死的“与陛下同心，出万死以取天下，勋臣第一，生封公，死封王，男尚公主，亲戚拜官，人臣之分极矣”的多次称之为“赛萧何”的最大的功臣的酬劳。
整个案件看，这一切似乎是因为胡惟庸的谋反案。对于这件案件，《明史》记载，李存义父子是这样供认的：胡惟庸想造反，便使亲家李存义去游说李善长，李善长起初大惊，说这是灭九族的勾当啊。不久胡惟庸又派李善长的老友去劝诱，说事成之后当封其为王，善长“不许，然颇心动”。后来胡惟庸亲自出马，善长“犹不许”。过了一段，胡惟庸又让李存义去劝说兄长，李善长叹了一口气说：“我老了，等我死后，你们想怎么干就怎么干吧。”仅此似乎还不足定案，很快，在李善长家的几个奴仆，也纷纷告发李善长和胡惟庸的阴谋。“大逆不道”的罪名终于成立，有意思的是连老天也示意李善长该死了，《明史》上说，李善长刚刚定罪的时候，星相学家“言星变”，卜了一卦，说上天示意要“移大臣”。须知，因天象的异变杀人，也是中国历史上的老谱，唐末时，一个依附军头的权相，就是以这种理由来清除他不喜欢的二十多位同僚的，结果“朝班为之一空”。现在李丞相既然也到了天厌之的份儿上，还有何说？皇帝当年亲赐的那个可以免二死的“铁券”，也成了一张废纸，……
总体来