几乎在袁世凯派人联络的同时，革命党人也在上海召开第一次秘密军事会议。安徽都督柏文蔚、江西都督李烈钧及广东、湖南省代表都参加了会议。会上李、柏两人皆主战，柏文蔚表示：“愿首在皖发难。”
孙中山、黄兴仍争论不决，结果采纳黄兴建议：分电广东、湖南两省，征求胡汉民、谭延的意见，再行决定。电报发出后，两边回电，却是皆主张法律解决。因此，会议的结果仅议定进行全面布置的准备工作，并没有制定出兵讨袁的计划。孙中山又提出联日计划，拟再东渡，争取日本的支持，黄兴以中国内务不使乞援相劝阻----可见还是黄兴比孙中山有骨气的多，孙中山其实是头号亲日分子！
由此，孙、黄二人各自坚持自己的主张，相持不下。在国民党内，也就形成了主张武力解决和主张法律解决的两种不同意见。大体说来，原来的激进派都主张武力解决，原来的稳健派多主张法律解决。新当选的国会议员也多主张法律解决。在国民党掌握的各省中，江西、安徽两省倾向于尽快出兵，湖南因立宪派谭延做都督，广东由于胡汉民和陈炯明内部争权，矛盾重重，都主张争取法律解决，福建都督孙道仁则思得思失、举旗不定。在国民党所控制的南方各军中，中下层军官比较积极，上层则多取观望态度。
国民党内部尽管存在分歧意见，一时做不出全党统一的决策，但在揭露和谴责袁世凯罪行方面，态度是一致的。宋教仁被刺后，国民党人掌握的报纸，都以大量篇幅报道宋被刺的经过和各地的强烈反应。对袁世凯、赵秉钧表示强烈声讨。
4月13日，国民党上海支部在张园举行追悼宋教仁大会。追悼会在上午10时开始，由居正主持。陈其美代表黄兴主祭，徐血儿报告宋教仁地生平，马君武代表孙中山讲话，吴永珊代表北京国民党本部演说。出席追悼会的有万余人，在场外有万余人，乘车前来静安寺参加迫悼会的人，挤满了每辆电车。在会上发言地还有于右任等人。都把矛头直指主凶袁世凯。
人民党南方局也送去了花圈、挽联表示哀悼。但在追查真凶的问题上，强调法律解决。并声称要一并解决陶成章、章太炎的案子，国民党虽然不喜，但也不好开口拒绝，两边面和心不和。至于一般民众，根本弄不清楚到底怎么回事。出于激愤，自然也主张全盘解决一切案子。
军事解决一时难以达成统一意见，法律解决只能依旧推行下去，但纵使这样，袁世凯也不肯答应。老袁对南方革命党人采取拖延的手法，他以司法总长许士英拒绝副署为理由，反对成立特别法庭审理宋案。
为此，黄兴以个人名义，致电袁世凯。指出中国司法不独立。稍有常识者皆知，况宋案牵连政府。国务总理赵秉钧且为暗杀主谋之犯，法院既在政府藩篱之下，宋案呈诉至该院，能否望其加罪，政府无所阻挠，此更为一大疑问。并说：“司法总长侧身国务院中，其总理为案中要犯，于此抗颜，似可不必。”
但黄兴恰恰忘了，正是国民党天天将《临时约法》挂在口中，给了袁世凯可乘之机，袁世凯的逻辑很明确，我这是按照《临时约法》办事，你不是让我尊重约法吗？怎么事到临头，反而又要我破坏约法？无聊的笔战、口水战打了三天，国民党不得不屈服。
由于特别法庭在袁的阻挠下不能成立，宋案只得按常规地法律程序，由上海地方审判厅审理。由于上海审判级别较低，袁世凯方面就可以在法律程序上设置种种障碍。4月21日，上海地方检查厅发出传票，票传赵秉钧到庭受审。但赵秉钧在袁世凯地支持下，声称上海方面违反程序，拒不到案。
上海地方检察厅无奈，只能命令陈英齐预审应桂馨和疑犯武士英，并向京师检察厅发出传票，要求拘捕嫌疑犯洪述祖，但洪本人早就在袁世凯的授意之下，逃到了青岛德租界。上海方面鉴于洪述祖迟迟不能引渡，不得不推迟将宋案移交审判厅开审，并要求外交部向青岛德国当局交涉，从速将洪引渡归案。
结果可想而知，外交部也操纵在袁世凯地手中，对于引渡一事，自然不甚热心。而且洪述祖在德国当局的庇护下，4月26日还从青岛发出通电，为自己和北京政府开脱罪责。声称：“述祖宗旨，不过欲暴（曝）宋劣迹，毁宋名誉，使国民能少受其党派之苦而已。故不得不假托中央名义，以期达此目的。”
与此同时，京师检察厅在上海方面的再三催促下，才在期限的最后一天向赵秉钧发出传票，但赵秉钧根本无视司法独立地尊严，他在给京师检察厅的复文中，除继续一口抵赖自己的罪责外，断然拒绝到案。为此，他还假惺惺的声明：“现在秉钧旧疾复发，曾在北京法国医院调治，当有诊断书可证，已于4月25日呈明总统，资假五日在家，自未便赴护。”京师检察厅也不是真的要传呼赵秉钧，一接到赵秉钧的复文，便立刻转发上海，算是交差。
由于宋案要犯迟迟未能判定，审判一拖再拖，只能再次宣布延期。法律解决似乎也碰壁了。
但袁世凯却不会放过这样的好机会，通过反对派报纸一再乘机夸大其词，纷纷宣传国民党都督准备反抗中央的消息，并有赣、闽、粤、皖、湘组成五都督团的流言。四川共和党报纸甚至登载消息说，国民党“密议拥戴孙、黄发难，以苏、浙、皖、