主角团艾伦、三笠和阿尔敏等人从第一百零四期训练兵团毕业后，随着艾伦变身进击巨人帮助人类赢得特罗斯特区战役，女巨人阿尼被擒，铠巨人莱纳和超大型巨人贝特霍尔德的暴露，调查兵团离真相越来越近。
王族为了保护初代王的秘密和维护自己的统治权，准备抓住所有的调查兵团。
凯尼借一桩命案将埃尔文团长拘捕，随后又将王族私生女希斯特利亚、艾伦以及全部调查兵团员抓获，并将仅剩七人的成员全部列为通缉对象。
那一晚，凯尼和王族仅剩的成员罗德.雷伊斯联手，将希斯特利亚和艾伦带到家族教堂地下，企图让希斯特利亚吃掉艾伦从而取回被夺走的始祖巨人之力。
然而作为调查兵团成员的希斯特利亚明白即使取回始祖巨人的力量，她也会被初代王的思想支配，不愿屈服的她背摔罗德，打翻药剂。
倒地的罗德明白胜利无望，他舔食了地上的巨人药剂，变成一百二十米的畸形巨人，但最终被希斯特利亚斩杀于城墙之下。
调查兵团扶持希斯特利亚成为女王后，玛利亚之墙夺还计划随即重启。
在希甘希纳区内外，调查兵团与兽之巨人、超大型巨人、铠之巨人与被控制的无脑巨人展开战斗。
最终，调查兵团惨胜，仅剩九人。
随后调查兵团前往了耶格尔家的地下室，获取了墙外世界的真实面貌。
而这一切，随着夏章征服马莱，都将改变……