鸣人在暗部遇到的第一件事就是身体检查，不是测量身高体重的那种，而是检查九尾封印，更重要的是，团藏居然亲自上阵，一双糙手在鸣人肚子上摸来摸去的，着实把鸣人给恶心坏了，虽然团藏摸了半天也没摸出个所以然来。
水门的封印术毕竟是从玖辛奈那里学的，整个忍界单论封印术，没有任何家族能和漩涡一族比，团藏这点封印术的造诣真没法对水门留下的封印术起什么作用。
虽然水门的封印术让团藏无从下手，但为了鸣人能成为一个完美的兵器，同时也为了便于操控，团藏还是在鸣人舌头上留下了一个封印，鸣人对此是敢怒不敢言。
白天在忍校学习的时候，鸣人也尝试过破解，但由于封印术的造诣不够高，完全没办法撼动分毫。
有次在暗部鸣人遇见了止水，想让他帮忙，控制团藏解开自己的舌头封印。
然而止水告诉他，自己的别天神一次只能下一个命令，当初只下了不让团藏迫害宇智波的指令，下次再用得等到十年之后了，鼬的月读因为被团藏的别天神伤到了，暂时失去了能力，也没法帮鸣人，气得鸣人直跳脚。
止水在一旁看得直乐，“大名鼎鼎的灵狐不总是运筹帷幄之中，决胜千里之外吗？稳的一匹，算无遗策，原来还是个毛毛，也会气得跳脚啊(?w?)。”
止水这番玩笑把鸣人臊得脸都红了，这之后好几个月，鸣人没搭理过止水，见到就当不认识。
在暗部，鸣人主要的任务就是学习和做检查，有专门的老师负责教他，人体结构是怎样的，哪些地方是要害，怎样攻击可以致盲，怎样攻击可以使人昏厥，毒药配置，暗号解读，作战手语练习等等，查出鸣人的查克拉属性之后，还安排了风遁和土遁的教学。
虽然对团藏很不爽，但是暗部这些干货满满的知识鸣人还是很乐意接收的。
就这样，鸣人在暗部过了四年，一直到鸣人忍校毕业，三代才终于把鸣人从暗部里捞了出来。
毕业季那天，水木指使另外一个小孩去偷取封印之书，被鸣人逮到之后狠狠地教训了一顿，然后扔给了三代，剩下的事情鸣人就没管了。
分班的时候鸣人果然和佐助小樱分到了一起，全班都大呼黑幕。因为鸣人是全班第一，佐助是全班第二，这两人分在一个组里，对其他组太不公平了，然而伊鲁卡老师一句“这个分组是抽签决定的。”就把所有人的话都给堵上了。
然后就是上忍老师一波一波地把人带走，就剩第七班还留在教室，小樱有些按耐不住了，开始和佐助套近乎，嘴上和佐助抱怨老师迟到，心里却乐开了花，毕竟可以和佐助多相处一段时间。
鸣人则在手上拿着个气球盘丸子，一会儿弄爆一个，一会儿弄爆一个，爆得满地橡胶，佐助小樱已经是见怪不怪了，鸣人以前经常在学校里这么干，当然，最后负责打扫的也是鸣人。
鸣人两年前就开始进行第三阶段控制的修炼，但到现在为止，还没有突破第三阶段，这让鸣人很无语。
从自己开始修炼螺旋丸到现在，六年了，自己螺旋丸也没练成，瀑布也没切开。自己也用了影分身修炼了啊，花的时间更是原著鸣人的好几倍。怎么回事？难不成自己比原著鸣人笨多了？
可原著鸣人明明是靠身体记忆的啊。自己拥有同样的身体，咋就不行了呢？