等张辉瓒部与姚宝来部整编成第四十七混成协，驻扎在经世大学周边确保学校安全无虞，孙元起才彻底安下心，终于有空坐下来思考作为四川总督应尽的义务。既然坐在这个位置上，总得当一天和尚撞一天钟不是？
然而如杨度所言，孙元起在暂署四川总督之前，根本没有执掌一方军政的经历——不仅他没有，而且祖上三代都跟官场不沾边，个个是根正苗红的贫下中农。当年自己在学校做个学习委员，家里人足足在外面显摆了半学期！
孙元起在床上辗转反侧苦思冥想了大半夜，终于想到一个突破口：三农问题。
2000年，时任湖北监利县棋盘乡党委书记的李昌平以公开信形式向总理反应三农问题，总结起来就是一句话：农民真苦，农村真穷，农业真危险。随后又有陈桂棣、吴春桃夫妇的《中国农村调查》，将严酷的三农问题彻底暴露在世人面前，让无数人重新认识到农民遭受的沉重苦难。
在政府和民间双重努力下，三农问题终于出现重大转机，尤其是2006年全面取消农业税，并对农村进行适当贴补，从根本上减轻了农民负担，改善了恶劣的农村社会生态。——这项批评声最少、赞同声最多的善政也被誉为改革开放三十年最重大成果之一！
在清末民初，农民缴纳的各种赋税是国家最重要的经济来源，其痛苦指数与二十一世纪初相比肯定是有过之而无不及。如果能够适当降低农业税负、蠲免部分农业税款，岂不是大有益于三省人民？
第二天一大早，孙元起就急急忙忙找来杨度、章士钊等人，兴冲冲地问道：“行严，你说如果不出意外，我们现在手中经费足以支撑三年，是不是？”
章士钊对孙元起突然关心财政状况有些丈二和尚摸不着头脑，不过还是很干脆地答道：“不错！”
孙元起点点头。又问杨度道：“皙子，现在我们川、陕、甘三省势同割据，是不是以后中央政府要我们缴纳各种赋税时，我们可以置之不理？”
杨度审慎地回答道：“理论上我们可以不缴。单是为了让中央政府面子上过得去，恐怕多少还要缴一点，肯定不会按照以前数目足额缴纳就是。”
孙元起一拍手掌：“那就好！皙子、行严，我昨天想了一夜，觉得我既然有幸主政三省，总要做些实事造福一方百姓才好。自嘉、道、咸、同以来国家多事，外则割地赔款。内则叛乱不休，耗费财帑以巨亿计，然而一点一滴无不自百姓身上盘剥而来。百姓头顶烈日脚踏黄土，耕种收获辛劳终岁，遇丰年而难免饥馑，遇水旱则饿死道边。论及世间苦难，还有谁能比平头百姓更加深重？
“《道德经》有云：‘天之道，损有余而补不足。’我们因缘际会接管川陕两省藩库。又缴获云贵解京的贡银，足支三年之用。如果我们还向百姓征缴田赋，何异于逆天行事？所以我想蠲免川、陕、甘三省的三年赋税。并适当降低田租，聊以纾解百姓倒悬之苦。你们觉得如何？”
章士钊和杨度相互对望了一眼，各自都在对方眼里看出了否决之意。
作为分管财务的幕僚，章士钊首先答话道：“大人宅心仁厚，体恤民情，实是三省千万百姓之福，但蠲免赋税、降低田租之策却大不可取！”
“为什么？”孙元起急忙追问道。
章士钊道：“先说为什么不可以蠲免赋税。我们推算库银足支三年之用，是建立在三省继续缴纳赋税基础之上的。只要百姓继续缴纳赋税，就会每年出售大量粮食以换取银钱缴纳税款，市场上粮食价格自然偏低。一旦不用交纳赋税。百姓也就不着急售卖粮食，粮食价格就会随之上扬。
“我们现在仅军队就有四个协、一万五六千人，每日消耗粮草无数，任何一点价格上涨都会导致费用支出大幅增加。如此一来，库银就根本无法支撑三年！到那时候就会面临两难局面：开征赋税则弃诺背信食言而肥，不征赋税则府库空虚用度不足。”
杨度补充道：“纵观中国古代历史。只有遇到水、旱、蝗、兵等重大灾害才会蠲免百姓钱粮，而且除了帝王故里、招徕垦荒等特殊情况，一般都只蠲免一年。如今川、陕、甘三省未遭大灾，我们一口气蠲免三年赋税，明显有些名不正言不顺。而且随意蠲免赋税，很容易使得百姓产生抗拒之心。举个不恰当的例子，就好比你借一大笔钱给别人，连着三年不去讨要，某天突然上门追索，那人会干脆利落地还款么？”
章士钊大点其头：“皙子兄说的极是！百姓之心如平原纵马，易放难收，最好还是不要轻易开这个头。”
孙元起有些皱眉：“今年川、陕、甘三省都发生战事，难道不能成为蠲免的理由？”
杨度道：“那些遭受兵燹受灾严重的府县倒可以单独蠲免。但是不分是否受灾、受灾轻重，一律享受优惠，未免就有些失之宽泛了，而且也是种大不公。如果真要蠲免，甘肃、陕北缴纳的赋税本来就没多少，不妨多蠲免些府县，以示仁政；而陕南、四川向来是财赋重地，则要少蠲免些地方，以确保有稳定财源。”
孙元起又问：“那为什么降低田租也不可取？”
章士钊道：“在下知道大人降低田租是想改善民生造福百姓，用意极好。只是各省各地田租或高或低本不统一，我们很难加以统一调整。而且这些田租都是地主和佃户在数百年间相互