二十五日，蔡元培一行到达北京。袁世凯用极高的礼节，打开正阳门，举行隆重欢迎仪式。下午，蔡元培一见袁世凯，就递交出孙.中.山请其就职的手书及参议院的选其为临时大总统的选举状。恳请其尽速南下就职。
当晚，袁世凯委派外务部首领胡惟德举行盛大宴会招待。
二十七日，袁世凯邀请蔡元培一行人举行坐谈会，在谈到去南京就职一事时，他表示，现在他正在处理手头上的一些事，等这些事有了眉目后，他将尽快去南京。态度很好，不在坚持不离开北京了。
蔡元陪等人对袁世凯的态度，很满意，也给予了称赞和肯定。
事情已经到了这一步，袁世凯不能再坚称不离开北京了。中.山先生说了，袁世凯一天不到南京就职，他就一天不交出中华民国临时大总统的职务。任命袁世凯为总统大参议院也在南京，如果参议院因袁世凯迟迟不去南京就职，做出新的任命，不是很麻烦吗？人家这么多人，兴师动众的来接你，你有再多的理由，也不能一口回绝呀！
按照北京行政当局的安排，为庆祝结束帝制，中华民国的诞生，也为了欢迎迎接使团，北京要连续三天举行庆祝活动，晚上还要提灯游行。
但是，就在庆祝活动进行的第二天，北京响起了枪炮声。
开始，人们误以为是庆祝礼炮，但很快发现是兵变。
一九一二年二月二十九日（阴历正月十二日）晚六时，第三镇兵一部炮、淄两营因扣饷事溃变。变乱先由驻扎朝阳门（也叫齐化门）的第九标之炮队引起，随后驻于禄米仓的辎重队、帅府原煤炸胡同东城土地庙驻军纷纷与之呼应，起兵作乱。
炮队先在朝阳门外为乱，而后炮击强行进入朝阳门，辎重队在城内与之配合，打开城门，两队汇合后向西行进，一路毁坏民居，劫掠无数。
当晚亥时初（21：00多）乱军至专使团居处，直言只索要财物，蔡元培等立即避去，衣物行李尽 。下半夜西城、北城也发生骚乱，土匪和部分巡警加入抢劫。
当晚兵变的结果是商民遭抢劫者四千余家，京奉、京汉铁路局，大.清、交通、直隶三银行以及制币厂亦遭劫掠，损失白银九百多万两。专使住所被洗劫一空。蔡元培等人避入东交民巷内的六国饭店，仅以身免。
这场兵变，发生的时间节点太过蹊跷，很容易使人想到是有人刻意组织、安排，目的就是阻止袁世凯离开北京。因为兵变的士兵高喊的口号就是“宫保走了，没人管我们了”。用这样伤天害礼的无耻，卑鄙的手段，实现袁世凯不去南京就任的目的，可谓骇人听闻。
大多数人说，这场兵变是袁世凯一手策划的。因为，举行兵变的是袁世凯专门调到京城保护他的曹锟的北洋三镇。
兵变发生后，有人曾见，曹锟到袁世凯这里报功。也没管有没有外人在，见面就叫嚷：“报告大总统，昨晚奉大总统的密令，兵变之事，已办到矣。”
袁世凯气得大骂曹锟：“胡说，滚出去。”
兵变把北京破坏成那个样子，给老百姓带来那样的浩劫，兵变后没追究任何人的责任，也没处罚过任何人。管理社会治安的警察部队都躲了起来，陆建章的军法执行处也没有任何作为。人们怀疑是袁世凯策划，当然理由充分。
也有人认为，这是袁世凯的长子袁克定，背着袁世凯，打着袁世凯的旗号，串通曹锟所为。
持这种观点的人，主要理由是：蔡元培来北京后，耳闻目睹了很多情况后，经过他们的从中斡旋，南京方面已经不再坚持，一定要把临时首都放在南京了。
已经让步到，袁世凯只要去一次南京，在参议院宣誓就职就可以了。去南京一次，不是再容易不过的事，袁世凯没有必要搞什么兵变。
他们的另一个理由是，袁世凯不至于那样的道德败坏、丧心病狂。
无论是袁世凯还是袁克定，或是别的人的自作聪明帮自己的主子，这次兵变有人事先策划的可能性极大。但是，事情搞得这么大，造成如此大的破坏，肯定不是任何人想要的的。
这很正常，很多运动和事变，一旦启动了，就不是策动者所能够掌控的了。
当然，也有另一种说法，是单纯的士兵因长期欠饷而闹事，打着阻止袁世凯南下的幌子。不管这是不是袁世凯一手策划，他不去南京就职的目的是达成了。
三月一日，兵变又抢了北京西城，通州、保定，天津等地也发生了类似的事情。应了那句话，兵匪一家。
英、俄、德、日等国随即采取行动，首先派驻京的部队在通衢的大道上巡逻，又借口保护使馆，把外地的部队调入京城。完全证实了袁世凯的那句话：“内讧外患，递引互牵，若因凯一走，一切变端立见”。
北洋军的大小头目纷纷通电，临时政.府必须留在北京，袁大总统不能离开北京，向接袁世凯的南下专使示威。
梁士诒反复对蔡元培等人说：“现在全国倡行革命，人心动荡，北方的秩序很难维持。像目前的这种情形，如果不能及时的调度弹压，确保地方安谧，就很容易引起外国对我国用兵的祸事，这一点是切实需要注意的。”
蔡元培眼见这一切，思想与来时本就有了很大的变化。加之汪精卫从中大力渲染，更使他认定：袁世凯离开北京，北方肯定出大乱子。
就给南京参议院发电：“北京