锦衣卫各部在十二月底赶到苏州、松江、常州、杭州、嘉兴、湖州六府，‘花’铁干率部进入苏州，在苏州巡抚衙‘门’杀集会的复社士子百姓一百多人，苏州官员士绅噤若寒蝉，全城顿时一片安静，三日后‘花’铁干率部离开后，苏州的两大美人卞‘玉’京和董小宛也失踪了；牛成熊部突入松江城，松江的复社已经转入地下活动，牛成熊还是按名单索人，杀了十八个蹦的很欢的松江士子；覃衍火不没有进入常州城，但是当夜有十一个复社名人，被刺客杀死在自己的府里；嘉兴、湖州分别被蔡大山、游正普不进入，嘉兴、湖州的复社中人也被锦衣卫杀一儆百；楚昭南到达杭州城时，杭州巡抚黄鸣骏亲往楚昭南说情，请楚昭南转送一笔厚礼跟田承嗣，楚昭南只得驻营杭州城外等候田承嗣新的命令，但是杭州城里五个复社的强硬派学子，还是被杀死在自己的宅院里。
这时的田承嗣正在金陵城田府过年，年底发生了很多事情：十一月李自成攻克西安后，据西安，分兵四出。宁夏镇兵迎战，杀李自成军数千，李自成军退；平凉闻李自成军至，韩王遂奔庆阳，官吏皆逃；李自成军至平凉城下，不战而克；李自成军复攻宁夏，总兵官官抚民以城降；李自成军乃进‘逼’庆阳，参议殷复兴集士兵守城久之，力不支城破战死；十二月李自成派遣前锋渡过黄河，进入山西，二十一日，攻陷平阳，杀西河王等三百余人，平阳总兵陈尚智降；于是山西州县先后溃，或望风请降，秦、晋之间皆被义军所占有；李自成军进‘逼’甘州，巡抚佥都御史林日瑞，闻李自成军将至，急结西羌军，严兵以待，而自率副将郭天吉等扼守诸河沿，。时逢冬季，李自成军过河，直抵甘州城下，乘夜攻城，林日瑞等死，二十六日遂克甘州城。
闯贼李自成驰檄山西郡县说：倡义提营首总将军，为奉命征讨事，自古帝王兴废，兆于民心；嗟尔明朝，大数已终；严刑重敛，民不堪命；诞我圣主，体仁好生，义旗一举，海宇归心。渡河南而削平豫、楚，入关西而席卷三秦；安官抚民，设将防边，大业已定；只有晋、燕，久困汤火，不忍坐视。特遣本首于本月二十日自长安领大兵五十万，分路进征为前锋；我主亲提兵百万于后，所过丝毫无犯；为先牌谕文武官等，刻时度势，献城纳印，早图爵禄；如执‘迷’相拒，许尔绅民缚献，不惟倍赏，且保各处生灵；如官兵共抗，兵至城破，‘玉’石不分，悔之何及！
崇祯十六年十二月初二日，张献忠攻克建昌，初七日又攻陷抚州，张献忠攻克吉安、建昌后，广东、南韶各属城官兵皆逃，副使王孙兰请救不应，连城守将先据城叛，后愤而自尽，朝廷命南京兵部‘侍’郎吕大器，代候恂为总督，无兵不能救援，湖广总兵左良‘玉’亦不援。抚州遂为献贼所克。
崇祯十六年十二月二十四日，东阳诸生许都起事，许都，原左都御史许弘纲之孙，有声庠序，任侠喜‘交’游，知县姚孙榘贪虐，借名备‘乱’，横派各户输金，坐许都万金，许都，实中产，勉输数百，自诣告谒，孙榘大怒，摘许都所刊社稿名氏谓造逆反，治以酷刑，时输金者盈庭，然不平，有姚生执孙榘于座，笞打。群拥许都为主起事，巡按御史左光先闻变，调兵行剿。官兵所至屠掠，东阳兰谿人各保乡寨拒敌，官兵大败。绍兴推官陈子龙谓许都不当反，遣诸生蒋若来赍书往谕后，许都得陈子龙书降，浙江巡按左光先不顾陈子龙的请求，违背当初许下的诺言，将许都及部众六十余人杀死。
内阁首辅太师兼太子太师、吏部尚书、中极殿大学士周延儒师驻通州不敢战，被劾而于五月二十六日致仕，十二月初五日逮入京师，崇祯皇帝命人传诏，勒令周延儒自尽，籍没其家；另总督蓟、辽、昌、通等处军务，节制登、津抚镇范志完、赵光忭督蓟辽、永平、山海、通州、天津诸镇军务也伏诛。
崇祯十七年正月初一日，李自成在西安正式登基称帝，国号大顺，改元永昌，改西安为长安，称西京，以秦王殿为宫，增旧殿为九间，以符帝制，同时大修长安城，李自成追尊其曾祖以下均为皇帝，母吕氏为太后，规定其父、祖以及他自己的名讳，不得使用，他还册封高氏为皇后，陈氏为贵妃。
李自成大封手下那班出生入死的弟兄，权将军、制将军封侯，果毅将军、威武将军则封伯、子、男；刘宗敏、田见秀、李过、刘芳亮、张鼐、李双喜、袁宗第、刘国昌等被封侯；刘体纯、吴汝义、马世耀、李友、刘忠等被封伯；降将白广恩、陈永福、王良智(即献西安城的王根子)等也被封侯；其余被封子、男爵的则多达八十人左右。
李自成改动了大顺朝的官制，内阁被称为天祐殿，设大学士平章军国事。此职相当于丞相，由牛金星担任，宋献策则被任命为军师，行政机构虽仍为“六部”，但长官却升了格，原先只有‘侍’郎各一人，现在则增设一个尚书，中央其他机构的名称以及地方机构的名称也作了改动，以示与旧朝有别；李自成分授各级官员，颁发新印，为了招徕读书人，大顺朝还开科取士，他特别关照谋士顾君恩，特意赏了顾君恩一班‘女’乐，以回报其所献入关之策。
李自成仍然坚持三年免征之政策以收拢