美国政府试图与外星人联络，但毫无反应，总统为此忧心忡忡。在得知电脑专家破译出来的讯息后，总统急忙下令撤离，但为时已晚。外星人的飞船开始对全世界的大城市展开致命的攻击。金门大桥被炸、自由女神倒了、埃菲尔铁塔成了扭曲的铁架……。外星人的飞行器到处肆虐，到处是人类惊惶失措的混乱场景。
战争开始了，美国总统托马斯·普尔曼不顾手下的劝阻，勇敢地在白宫前发表电视演讲，号召世界各国共御外侮，将七月四日就变成地球的独立日。
上好。一小时之内，这里的战机将与世界其他地方的战机联合起来，进行一场人类历史上最大规模的空战。人类，这个词对于今天的我们而言，已有了一个全新的含义。我们不能再因为彼此间微不足道的差异而无谓消耗。我们应该为我们共同的利益而团结起来。
也许是命运使然，今天是7月4日，你们将再一次为我们的自由而战，不是为了摆脱暴政，压迫和残害，而是为了我们继续的生存。今天，如果我们赢得这场战争，7月4日就将不仅仅是人们熟知的一个美国节日，而将成为这样一个日子，全世界用同一个声音宣布“我们不会就此无声无息的步入黑暗，我们不会就此放弃斗争而走向消亡。我们将继续活下去，我们必将继续生存。就在今天，让我们庆祝我们的独立日！’
托马斯的电视演说刚完，忙乱的特工将他架起就跑，冲进了地下通道。美国的象征---白宫，在总统刚走进地下堡垒，就在观众的一片惊呼声中，化成了一片废墟。
随着托马斯的号召，全世界的国家团结起来了，地球人对外星人展开全面反攻，各国各式战机义无反顾地冲向外星人飞行器，却有如以卵击石，毫无作用。
终于英雄出现了，飞行员史蒂文设法诱使一架外星人战斗飞艇坠毁，并把受伤的外星人拖回了基地。
在攻击中幸存的人们开始设法逃生，总统在千钧一发之际和电脑专家戴维等人，乘坐空军一号离开了首都。
就在这个危难之时，国防部长终于说出了一个惊天秘密，五十一区是存在的，而且五十多年前，收集到了一艘坠毁的外星人飞艇。五十多年来，科学家们一直在研究那艘坠毁的飞艇，但由于国防部长的个人政治野心，现任总统却对此一无所知，从而未能及早预防惨剧的发生。
在防守严密而又外观普通的五十一区里，电脑专家戴维想出了利用电脑病毒，使外星人的保护力场失效的方法。
经过科学家们的努力，那架50多年前的飞艇终于修复一新，史蒂文要驾驶飞艇和戴维一起混进外星人的母舰。与此同时，美国也向世界各国的残存军队发出了总反攻的信号。
经过一番苦战，史蒂文和戴维成功地闯入了外星人的母舰并输入病毒，解除了外星人的保护力场。史蒂文和戴维将一颗核弹射入了外星人母舰的中心，并在千钧一发之际，逃出了外星人的母舰。
外星人被打败了，戴维和史蒂文安然归来。人类终于大难不亡，在最后的关头消灭了外星侵略者，在一片废墟上，人类将开始重建家园