长背疮的马胆怯，有弊病的人心虚。
——蒙古族谚语
1402年7月17日，朱棣废除了建文年号，将建文4年改称洪武35年，自己正式登上了大明王朝的皇位，成为永乐皇帝，执掌国家的最高权力。从年号来看，他不是继承侄儿朱允炆的帝位，而是继承了父皇明太祖朱元璋。
朱棣听从了得力的干将巩家禄的建议，在政治管理上实行了“五个一律”：一律恢复由建文年间改动的太祖皇帝制定的成法和官制一律恢复建文年间贬斥的官员职务；一律取消建文年间的各项改革；一律废除建文年间制定的与太祖相悖的各项法律规定。他想以此来表明自己起兵的目的在于恢复祖训，在法律上具有正当性和法统性。
也许是结怨太深，也许是压力的爆发，朱棣推行的残酷诛戮、妄引株连的做法，有如瓜蔓一样伸延，因此被人们称作瓜蔓抄。
旧臣元老史景清对朱棣抢夺大位心怀不满，在上朝的时候企图行刺朱棣，被眼疾手快的马和冲上去制服了。
朱棣大为震怒，下令灭杀史景清的九族，铲平了他的祖坟，又追查到他的原籍，互相攀扯，致使全村的人都被株连杀害。村庄也化为了废墟。
朱棣为了巩固自己的权力，加强社会管理和经济建设，采取了一系列政治和经济措施。
他下令马和带人搜查建文帝的旧朝大臣齐泰、黄子澄等50余人，实行彻头彻尾的改朝换代；重建被朱允炆焚毁的奉天殿；重刻玉玺；封自己最喜爱的王妃徐氏为皇后；重视监察机构的作用，设立分遣御史巡行天下的制度，鼓励官吏互相告密；利用宦官出使、专征、监军、分镇等刺探大臣和老百姓的秘密；设置镇守内臣和东厂衙门，恢复朱元璋废除的锦衣卫；完善文官制度，选拔资历较浅的官僚入阁参与机务，解决了废除中书省后行政机构的空缺，逐渐形成了内阁制度的雏形；利用科举制和编修书籍等笼络地主、士人，宣扬儒家的思想，改变了大明初期过分抬高佛教和道教做法，选择官吏力求因才而用；注意恢复与发展社会经济，认为“家给人足”、“斯民小康”是天下治平的根本；大力发展和完善军事屯田制度和盐商开中则例，保证军粮和边饷的供给；治水江南，疏浚吴淞；在中原各地鼓励垦种荒闲田土，实行迁民宽乡、督民耕作等方法促进生产；注意蠲（juan）免赈济等措施，防止农民破产，保证了赋役征派，为当时的政治、经济、军事、文化等方面发展奠定了思想和组织基础。
通过这些举措，永乐时期国家的财政收入达到了大明的最高峰。
朱棣对威胁到自己地位的皇家子弟用权威严。永乐初年，他先后恢复了周王、齐王、代王和岷王的旧封。当自己的皇位比较巩固了，他又将诸王废为庶人，或者发配到边疆地区。
他把建文帝的3个弟弟降为郡王，还将其中的2人废为庶人，禁锢在凤阳，只留下一个给朱标奉祀。
1403年8月，朱棣下令解缙、姚广孝、王景和邹辑等人修纂大型类书，编成了《文献大成》，即后世称为《永乐大典》。《永乐大典》是中国古代编纂的一部大型类书，收录入的图书均未删改，是中华民族珍贵的文化遗产，是中国古代最大的百科全书，也是当时世界上最大的百科全书，比18世纪中叶出版的《大英百科全书》和《法国百科全书》要早300多年。
随着国家大局的基本稳定，朱棣高悬的心稍稍放了下来。1404年正月初一，朱棣以赐姓授职的方式表达了他对有功之臣的封赏与恩宠。
他赐予最得力的干将马和为郑姓，同时，将郑和升迁为内官监太监，相当于正四品官员，史称三宝太监。
他还将巩家禄升为管理国防事务的大将，为自己的帝业保驾护航。
朱棣虽然为建文帝朱允炆举行了规模宏大的国葬，但是，民间却一直传说建文帝的下落不明。有人说建文帝从皇宫的地道逃出了应天府，在云南和贵州一带化为僧侣隐藏。有的人说建文帝乘船逃到了西洋海外。
朱棣因为是夺取建文帝的皇位上位的，心里总是罩着一片不合法的阴云，生怕建文帝伙同旧的势力卷土重来。为了消除心头这个重大的疑点，他专门派出了一路人马密访江浙、云贵一带，但是，没有打探到建文帝的下落。
他和巩家禄一起思考了很久，终于想出了一个好办法。他对外宣称派遣郑和出访西洋各国，实际上是去搜寻建文帝的踪迹。
当时，大明王朝以婆罗洲（今天的文莱）为界线，婆罗以东称为东洋，婆罗以西称为西洋。
朱棣之所以选择郑和率领船队下西洋，是因为郑和懂得兵法，又有谋略，而且英勇善战，具有军事指挥才能。郑和的少年时代就在军队中服役，后来转入燕王府侍候朱棣。郑和成年以后经受了战火的考验，跟着朱棣参加靖难之役，转战南北，出生入死，经历过数次重大的战役，具有丰富的实战经验。
朱棣授予郑和钦差总兵太监军衔，将20000多名官兵交给他全权指挥。
巩家禄为了锻炼刚刚年满15岁的儿子巩成祥，把他送到郑和的远洋船队中，希望老朋友能够培养自己的儿子。
郑和看着巩成祥皮肤白净，浓眉大眼，他留在身边做了贴身侍卫。
1405年7月11日，巩成祥跟随大明王朝的正使郑和和副使王景弘，乘坐62艘138米长、56米宽的大船，满载