王敦非常忌妒陶侃的功劳，陶侃要返回江陵，准备向王敦告辞，皇甫方回和朱伺等人劝谏，认为不能前往。
陶侃不听，王敦果然把他留住，降为广州刺史、平越中郎将，让自己的堂弟王廙任荆州刺史。陶侃在荆州的僚属请求王敦留下陶侃，王敦怒而不许。
陶侃部将郑攀、苏温、马鯭等人不愿南下，就到西边迎接杜曾以抵抗王忰敦认为郑攀这样做是奉陶侃的旨意，于是穿上铠甲手持兵器，想要杀掉陶侃，但往复几次还是拿不定主意。
陶侃严肃地说：“使君雄毅果断，能裁决天下事，今天怎么这样犹豫不决。”便起身入厕。
王敦的谘议参军梅陶、长史陈颁对王敦说：“周访和陶侃为姻亲，如同一左一右两支手，哪有砍他左手而右手不来帮忙的。”王敦这才作罢，设宴为陶侃饯行。
陶侃连夜出发，王敦又留陶瞻为参军。陶侃到达豫章后，见到周访，流着泪说：“如果不是有你作外援，我性命难保。”
陶侃继续前进到达始兴，将入广州，逢杜弢余部杜弘与温劭等占据交州。闻陶侃将至，杜弘企图利用诈降偷袭。陶侃识破他的计谋，布兵设阵，一举将杜弘击溃。
诸将都请求乘胜进攻温劭，陶侃笑着说：“如今我已是威名显赫，何必再动刀兵，只需要一纸布告，就可以解决。”
于是下书告谕，温邵因害怕逃走，追兵在始兴将他抓获。陶侃因功被封为柴桑侯，食邑增至四千户。
太兴元年（318年），陶侃进号平南将军。不久，又加都督交州军事。
永昌元年（322年），王敦之乱爆发。三月，朝廷下诏陶侃以本职领江州刺史，又转任都督、湘州刺史。
王敦攻入建康，把持朝政后，恢复了陶侃的本职，又加散骑常侍。当时交州刺史王谅为叛贼梁硕杀害，陶侃派部将高宝进击，将梁硕击败。
朝廷于是下诏命陶侃领交州刺史，根据陶侃前后的功劳，封其次子陶夏为都亭侯，进号征南大将军、开府仪同三司。
太宁三年（325年），王敦之乱平定后，晋明帝司马绍为避免重蹈覆辙，在一方面重用庾亮、郗鉴等制约王导的权力，同时拔擢江东士族，在侨、吴士族间搞平衡；另一方面改授荆、湘等四州职务，使方镇互相牵制。
同年五月，朝廷任命陶侃为都督荆、湘、雍、梁四州军事、征西大将军、荆州刺史、领护南蛮校尉，其他职务如故。
陶侃治荆州，很重视社会秩序的稳定和发展农业生产。王敦平后，荆州大饥，百姓多饿死。陶侃在秋熟收获之时常买米，等到饥荒时又减价卖出救济，使得官民欢悦，都依靠他救济得以生存。
当初羊祜、刘弘在荆州劝课农耕使生产发展，颇得民心，这对陶侃影响不小。此外，基于自己巩固地盘和发展势力的需要，这也是必须采取的措施。
陶侃务勤稼穑，虽戎阵武士，皆劝励之。有奉馈者，皆问其所由，若力役所致，欢喜慰赐。若他所得，则呵辱还之。是以军民勤于农稼，家给人足。
在陶侃的精心治理下，自南陵迄于白帝数千里中，路不拾遗。此说虽有夸大成份，但当时荆州社会较安定，生产有所发展，确是不争的事实。
荆楚民众为荆州有这么一个廉洁奉公、勤政为民的好官，都互相庆贺。五溪地区的苗瑶人民说：“陶大人虽然不在武冈做官了，他的心仍在武冈。我们及我们的子孙后代会永远记着陶大人的。”
此后陶侃的职务节节高升，如同登攀参天大树而上。他始终保持恭敬有礼、为官勤恳的作风，终成东晋名臣干将……
直到今天，湖南武冈县设立了陶侃路、陶侃小学，以铭记陶侃在荆州（包括武冈）所做的不世之功。