朱由检这个引发轩然大波的决定，说起来也很简单：让德妃包玉怜协理太医院，督导全国开展灭鼠运动。
可是朱由检刚在早朝上宣布这个决定，大臣们立即炸了锅。除了三位内阁大臣装傻充愣以外，其余官员无一例外地齐声反对。就连平时对朱由检的各种新政较为支持的孙承宗、王在晋、袁可立这三位重臣，也立场鲜明地表态：此举万万不可！
朱由检这次倒没着急，更没生气，而是平心静气地发问道：“诸臣既云不可，请陈述一下不可的理由。”
不少大臣目视礼部右侍郎李标，因为除了被皇帝差去监军西南的成基命外，李标就是朝臣中入阁呼声最高的官员了。而且李标学识渊博、性情耿直，前一阵朱由检罢黜数十名官员，他为此事还一直耿耿于怀，现在皇帝再一次“离经叛道”，李标非猛烈开火不可。
果不其然，李标当仁不让地出班奏道：“陛下，太医院与刚刚被裁撤的二十四监不同，虽也是为皇室服务，但属于朝廷的正式官署。太医院院使统领其事，为正三品；其下设御药局、御药房、东宫典药局，兼管各藩王府良医所，所用医官皆称御医，亦各有品级。虽然职责单一，但规制与六部五寺相若，同为朝廷机构，属员为外臣，而非内侍。德妃娘娘何等尊贵，岂可自降身份，与外臣相处？”
这番话乍一听似乎很客气，其实却是颇为不留情面。那言下之意无非是：德妃是后宫嫔妃，太医院里可全是男人。难道皇帝就不要男女之大防了么？
孙承宗和袁可立他们与朱由检打交道较多，深知这位皇帝年轻气盛。他们不禁为李标暗中捏着把汗，生怕皇帝盛怒之下，把李标的乌纱帽也摘了。
孰料朱由检一点也没生气，反而笑呵呵地道：“李大人可能有所不知，德妃之父包建严，就曾出任太医院院使。德妃深得其父真传，医术出神入化，当年朕还是藩王之时，曾被魏忠贤下毒陷害，幸得德妃诊治，朕才转危为安。”
这段秘事朱由检从未对外人说起过，大臣们自然是头一次听说，不禁惊叹不已。当然，包玉怜如何金针过穴这些细节，朱由检是不会告诉他们的，只是借此事让众人知道包玉怜精通医术。
“你们可知先帝为何封玉怜为‘德妃’？”朱由检神情肃穆地道，“医者悬壶济世，视病患如同自己的儿女，故有‘医者父母心’之说。德妃就是这样一个有‘父母心’之人，她不单为朕治病，朕在藩邸之时，她也为普通百姓诊治，泾阳百姓深感其德，所以先帝才封她为‘德妃’。今朕让德妃协理太医院，一是为了舒展其志，不浪费她的高明医术；二也是她愿以此种方式，感念先帝册封之恩。医者最重德行，朕相信德妃不会视御医为仆役，御医亦会敬重德妃，李大人不必过虑。”
朱由检这番话同样绵里藏针，一方面是把熹宗抬出来压李标，先帝都认可德妃行医，你若反对，不是连先帝一起反对了么？另一方面则是强调德妃和御医都是医德高洁之士，绝不会涉及到男女瓜葛。谁若是怀疑这一点，反倒说明他自己德行不佳。
李标果然被朱由检说得张口结舌，面红耳赤，一时有些接不上话。另一位东林党干将、詹事府左谕德刘鸿训立即出班奏道：“德妃娘娘虽然医德高洁，臣仍以为不可。太医院乃是官署，德妃娘娘乃陛下后宫之人，无论身份如何尊贵，毕竟是女流之辈。若干预其事，是女子干政也。自古女子干政，必为取乱之道，陛下不可不察！”
刘鸿训这人也不简单，不但一眼就看透了朱由检的真正目的，而且就这么直截了当地说出来了。
朱由检的脸上闪过一丝阴沉，却又很快转为温和的微笑，尽量耐着性子解释道：“刘大人多虑了。太医院虽为官署，毕竟职责与六部五寺大不相同，和政事没有半点关碍。此次全国多处爆发鼠疫，危害甚大，朕本欲亲自处置，奈何扩建京师又牵扯了朕太多精力，只好让德妃帮着朕料理一些。德妃亦只是暂时协理太医院，并非取代院使。鼠疫过后，如无大事，德妃仍要返回宫中。”
这番话也算是朱由检难得地向大臣们做出妥协了，一是申明德妃除了医疗卫生这些“本职工作”以外，绝不干预政事；二是即使在太医院也是临时的，忙完这一阵就撤。
朱由检原以为自己态度如此诚恳，给足了大臣面子，又做出了一些让步，就不会有人再刁难自己了。但让他没想到的是，见皇帝态度似乎有些动摇，反而有更多的官员跳出来反对。而且也没什么新意，翻来覆去就是那两条理由：男女大防，女子不得干政。
争论了将近一个时辰，朱由检的耐性终于耗尽了。他猛地把脸一沉道：“令妃曾任三品参将，现在正在四川抗击永宁土司奢崇明叛乱的秦良玉，更是出任宣抚使，先帝亲赐二品朝服冠冕。若说干政，她们乃是领军武将，可比医者干政得更厉害吧，难道先帝这么做都错了？你们不**子干政，很好，那你们来做！谁懂如何防治鼠疫？谁又能领兵力保成都不失？给朕站出来，朕马上任命你去做！”
这一通咆哮果然把大臣们镇住了。一方面，朱由检又搬出“先帝”这个屡试不爽的法宝。大臣们可以反对现任皇帝，但就是不能反对先帝，否则他们的种种论点就站不住脚了，这个软肋被朱由检准确地抓住了。
另一方面，这些大臣们在