在朱由检记忆中的历史上，自从嘉靖年间戚继光屡次大败倭寇，倭寇就逐渐从东南沿海绝迹了。到了万历朝，中朝联军又大败丰臣秀吉的侵朝日军，打击了日本扩张的野心。自此日本走上了闭关锁国的道路，直到几百年之后的明治维新。
可是在这个时空里，倭寇却是如此嚣张，甚至打到了渤海腹地，这是怎么回事？
听完戚显宗的介绍，朱由检才明白了个大概，也顺带了解了一下日本历史。原来日本在中古时期小国林立，后来由位于本州岛中部的大和国征服了日本的大部分地区，其首领改称“天皇”。
隋炀帝时，当时的日本执政者圣德太子派遣大臣小野妹子觐见炀帝并递交国书，其中有“东天皇敬白西皇帝”之语，惹得隋炀帝勃然大怒。之后隋炀帝之所以固执地三征朝鲜，其中倒有一多半原因是想以朝鲜为跳板，灭了这个不知天高地厚的蕞尔小国。
后来日本聪明地以唐为师，称藩纳贡，并多次派遣唐使来中国学习文化制度，连中国的文字都照搬了过去。这让唐、宋的统治者误以为日本与其他藩属国差不多，而没有看出日本巨大的野心。
再后来蒙元灭宋，日本遂与中国断绝了官方联系。忽必烈曾经发南宋降卒两次渡海攻日，皆因遭遇台风而折戟沉沙，这就是日本人吹嘘的“神风”。日本也因之幸运地避免了覆灭的命运，自此野心逐渐膨胀，不再把中国放在眼里，认为“崖山之后再无中华”，日本反倒是中华文明的正统继承者。
到了明洪武年间，狡诈的日本统治者一方面遣使来“朝贡”，其实就是想多捞点经济利益；另一方面却纵容倭寇袭扰东南沿海，试探明朝的底线。
朱元璋初时也没把日本放在眼里，既然有使臣来朝贡，自然是要接见的。孰料日本使臣答里麻极其狂妄，朱元璋问他“尔国风俗如何”，其实就是和他客套敷衍两句，答里麻却早有准备，以诗作答，大放厥词：“国比中原国，人同上古人。衣冠唐制度，礼乐汉君臣。银瓮储清酒，金刀脍素鳞。年年二三月，桃李自阳春。”
字里行间，竟有标榜日本才是汉唐继承者之意。朱元璋自然大怒，遂拒绝日本朝贡，并在给后代的《祖训》中特意加注：“日本国虽朝实诈，暗通奸臣胡惟庸谋为不轨，故绝之。”
日本与中国的历史联系大抵如此。从其国内而言，这个国家很奇怪，由于国民信奉“神道”，认为天皇不是人而是神，皇室当然也利用这一点维护自己的统治。因此从严格意义上来说，日本曾经是个政教合一的国家。
由于日本是个岛国，独特的地理环境使得它几乎未受过外族的入侵。承平日久之后，天皇一代不如一代，权力逐渐落入贵族手中。其中最典型的就是“将军”，从中国人比较容易理解的角度来说，这个“将军”相当于魏王曹襙一流人物，在京都之外开设幕府，天皇基本上完全被架空。但由于天皇还是“神道”的领袖，仍是出于维护统治的考虑，“将军”并没有废除“天皇”，而是将这个傀儡一直保留下来，这才有了日本吹嘘的所谓“万世一系”。
随着地方封建领主势力的不断膨胀和幕府的不断衰落，到了十五世纪，“将军”又被架空了，各地的“大名”，也就是封建领主，为了争夺地盘大打出手，这就是日本的“战国时代”。但奇葩的是“天皇”和“将军”都被保留了下来，一个国家两个傀儡，遍观各国历史，日本这也算是蝎子粑粑独一份了。
其后织田信长异军突起，逐渐击败各地大名。就在他快要成为新一任“将军”的时候，由于部下叛乱，织田信长举火**，胜利果实被他的部将丰臣秀吉摘得。
日本人还有个毛病，那就是名字可以随便改。就以丰臣秀吉来说，他原名木下藤吉郎，因为幼时贫困营养不良，再加上基因的问题，身材矮小酷似猿猴，常被人称作“猴子”。成为织田信长的家臣之后，他自觉出身卑微面上不好看，就从织田的两大家臣“丹羽”和“柴田”中各取一字，改姓“羽柴”。在中国人看来，这是一种典型的“三姓家奴”行为，但日本人反倒觉得很光荣。
而“秀”这个字，只有有身份、有功绩的人才能用。所以木下藤吉郎就变成了羽柴秀吉，但此人野心极大，在击败各地大名，取得日本实际掌控权后，觉得“羽柴”这个姓又不够拉风了，就强迫天皇赐姓“丰臣”，变成了丰臣秀吉。
丰臣秀吉极其狂妄，统一日本尚不知足，还妄想吞并大明，迁都北京。于是他调遣二十万大军悍然发动侵朝战争，意图以朝鲜为跳板进攻中国。
不过当时明朝国力还不弱，万历皇帝力排众议派军入朝作战，历经数载，屡有胜绩，强有力地遏制了日本的扩张。没过几年，丰臣秀吉病死，在朝日军急着回国内战，匆忙撤退，结果在海上被中朝联军杀得大败，这就是露梁海之战。
丰臣秀吉死后，日本重新进入幕府时代，首任将军是德川家康。此人为人较为谨慎，抛弃了丰臣秀吉的扩张政策，因此日本国内也算消停了一阵。
但日本国小地狭，资源匮乏，又心比天高，总觉得高人一等，因此必然要向外扩张。而且虽然幕府建立，各地的大名却并未消失，仍有很强的实力。有些大名便悄悄地扩充实力，对内阴谋推翻德川幕府，对外则一方面联系西洋人，获取他们的先进武