会谈结束后，朱由检请二位使节以传教士的身份访问京师，这两人暂时不用回国了。虽然欧洲的邦交国又增加了两个，但短期内对大明却没什么帮助：中国和欧洲离得太远，书信往来都要好几个月，等两国统治者同意向大明贷款，已经是半年以后的事了。
送走了使节，朱由检立即密诏戚显宗和李允浩觐见。再加上曾与白莲教水军作战的黄得功与翁玉，君臣几人重点讨论的就是如何应对郑芝龙。
戚显宗对郑芝龙可谓恨之入骨，直截了当地道：“陛下，如今郑芝龙虽未明确宣布反叛，但已与反叛无异。朝廷与其等着他承认，不如主动进剿，趁朱由崧等逆党在台湾立足未稳，将其一举剪灭。否则，大海茫茫不比陆地，一旦逆贼向南洋等地逃窜，朝廷就很难再抓到他了。”
朱由检也点点头道：“国丈所见极是。朕所虑者还有一点，那就是台湾现在是三分天下，郑芝龙、荷兰、西班牙三种势力犬牙交错。一旦朱由崧和那个白莲教主与外敌串通，以出卖国家利益换取荷兰或西班牙的支持，那麻烦就更大了。”
“打！坚决打他个狗日的！”黄得功刚兴奋地说了一句，突然想起来这可是君前奏对，类似这样的脏话可是“大不敬”，再说朱由崧好歹也是皇族，吓得一缩脖子，赶紧向朱由检请罪。
朱由检却把桌子一拍，愤然道：“这里并非朝堂之上，你们都是武将，就是要有血性、有脾气，用不着文绉绉的。朱由崧、云子建、郑芝龙，没有一个是好东西，打他个狗日的怎么了？”
除了黄得功之外，众人皆是面面相觑，心想皇帝和黄得功倒是真对脾气。
接下来李允浩和翁玉也表态，希望尽快对郑芝龙开战。因为这只能是海战，而大明现在懂海战的将领，除了郑森滞留于真腊、黄龙驻守皮岛以外，已经全在这里了，所以朱由检也用不着争求其他人的意见了。他略加思索便道：“既然大家都求战心切，朕也早想铲除郑芝龙了，那就准备马上打吧！”
既然要打，所谓“知己知彼，百战不殆”，双方的实力对比必须得摸清楚。官军这方面，地方卫所的战船可以忽略不计，因为他们的战斗力实在太差了，真要打起来反而是累赘。真正能用的，只有北海舰队和皮岛水师了。
北海舰队现有大小船只数十艘，但可以远洋作战的只有二十多艘。其中，旗舰、也是排水量最大、战斗力最强的安娜公主号，现在真腊震慑着安南阮氏军队，一旦张煌言和郑森离开磅逊，真腊恐怕立刻就要亡国。
剩下的战舰中，排水量最大的为定远号战列舰，五百吨，配备主副炮二门，侧舷炮四十八门；其次是这次进长江水战的旗舰威海号护卫舰，二百吨，配备主副炮二门，侧舷炮十二门。接下来就是四艘新入役的“威海”级护卫舰，分别名为山海关号、天津号、宁远号和青岛号，均为一百二十吨，同样配备主副炮二门，侧舷炮十二门。
再后面就是参加了鄱阳湖水战的十九艘小型炮舰，这些战舰都是原登州水师的战船改造的，有的有主炮，有的没有，侧舷炮也只有八门或六门。经过激烈的鄱阳湖大战，这些炮舰有三分之一不同程度受损，必须返回船坞大修，现在能立即参战的炮舰只剩十二艘。
至于皮岛水师，除了旗舰“皮岛号”是二百吨外，其他的战舰都很小，更重要的是舰炮比北海舰队的战舰少得多。君臣几人经过商讨，认为皮岛水师不具备南下作战的条件。除了战舰本身的条件局限外，震慑满清和朝鲜也是皮岛水师的重要任务。比如现在八旗军直接攻打山海关，皮岛水师就可以移至山海关外对其进行炮击。更何况鞑子现在也有尚可喜、耿仲明、孔有德三个汉奸组成的水师，虽然战斗力不强，亦不可不防。
所以，现在北海舰队能够出动的全部战舰，一共也就是战列舰一艘、护卫舰五艘、小型炮舰十二艘，合计十八艘。
而郑芝龙的海盗势力，从去年开始，朱由检就很注意收集这方面的情报。现已基本查明，郑芝龙的旗舰“宝船”是八千料的庞然大物，折成排水量约为一千七八百吨，在这个时代，对任何国家的海军来说，都是巨无霸级别。
而郑芝龙的舰队规模亦十分庞大，据说在千艘以上。不过，这些船大部分都是武装商船，平时主要用来走私货物，上面有的配备了火炮，有的没有，作战时仍以接舷战为主。像几年前郑森乘坐、绑架了朱由检、戚美凤、李贞妍三人的那艘船，就是典型的武装商船。
至于突入长江救走朱由崧等人的舰队，则是郑芝龙赖以维持海上霸主地位的关键所在。这支舰队将近百艘，虽然也都是福船，但全都按照西方海船的样式进行了改装，配备了纵帆，可以逆风航行。这些战舰上的火炮也比较多，都是郑芝龙从葡萄牙人手中买来的，总数量约在五六百门左右。
相较之下，北海舰队的十八艘战舰，舰炮合计也就在二百门左右。如果双方主力舰队堂堂正正地对决，无疑北海舰队处于下风，更何况郑芝龙还有多如牛毛的武装商船。
实力不如人家，这仗可怎么打？朱由检不禁犹豫起来。北海舰队是他一手建立的，倾注了他多少心血，如果一战打光，他非得吐血不可！
戚显宗和李允浩却不是这么想的。他们向朱由检汇报：郑芝龙战舰虽多，也经过了改造，但可能是