林丹汗的信函之后，还附有京师诸臣对此事的议论。其中大多数东林系官员认为蒙古与大明是敌对关系，林丹汗过去还数次犯边，现在只是因为势穷力蹙才向朝廷示好，而且语气还颇不恭敬。一旦恢复元气，则会翻脸不认人。因此不应理会，而应任其自生自灭。
也有一小部分官员认为应该联合林丹汗共同对付建虏，为此可以答应林丹汗的请求，封他为顺义俺答，反正朝廷也没什么损失，只是给他个虚名而已。至于互市和姻亲，他们就不敢多说了，只说恭请圣裁。
朱由检沉思片刻，提笔给礼部批示道：“敌之敌即为我之友。林丹汗虽然未必真心归顺，但只要能牵制建虏，亦有其用处。目下正在平叛关键时刻，不宜四面树敌。因此可允察哈尔部互市，但应仅限榆林一地，不可放入关内，并着边军严加监督。
“至于其求封顺义俺答，应明确告知不允。何谓俺答？既然求封，安得与朕平起平坐、兄弟相称？求嫁公主更是断然不可，我堂堂大明热血男儿何其之多，岂可牺牲女子换取苟安？朕亦不娶蒙古公主，和亲之事再也休提，以此永为定例！遣质亦大可不必，以蒙古人天性，若做出背信弃义之事，又何惜一子。简而言之，彼若以诚待我，则我亦以诚待彼；彼若存心欺瞒，亦不过自取灭亡而已。钦此！”
看完有关蒙古的奏折，朱由检又拾起一份奏章，这一份却是从登莱巡抚孙元化处转来的，实是皮岛总兵黄龙所奏。奏折中向朝廷汇报了这大半年来皮岛、辽东和朝鲜方面的动向，尤其是朝鲜，黄龙提到自从接任皮岛总兵，按照朱由检的指示从铁山撤兵后，铁山的控制权很快落入朝鲜手中。自从朝鲜投降后金以后，就开始在铁山集结军队，还把朝鲜水师的一部分调到铁山附近，颇有威胁皮岛之意。
因此，在八旗军入关之时，虽然黄龙极想趁机偷袭辽东腹地，但受到朝鲜军队牵制，只能派出很小规模的部队，也没取得多大战果。更兼孔有德、耿仲明、尚可喜这三个汉奸在渤海上神出鬼没，时常袭扰运输粮草军需的船只，皮岛水师防不胜防。黄龙为人忠厚老实，可没有毛文龙那套把失败吹嘘成大胜的本事，只得上表请罪。
廷臣对此也是议论纷纷。以阁臣钱龙锡为代表的很多东林系官员都认为：朝鲜既然已与建虏沆瀣一气，皮岛孤悬海外两面受敌，已无必要死守，不如裁撤东江镇，把皮岛的数万军民撤回登莱或山海关。也有一小部分官员认为朝鲜军队战斗力远逊于建虏，不如以雷霆之势闪击朝鲜，先剪除建虏一翼。
朱由检默默看完奏章，李贞妍的音容笑貌不禁又浮现在眼前。平心而论，他真想把李倧这个背信弃义、不知天高地厚的家伙狠狠教训一顿；但想到李贞妍生前的愿望，他无论如何也下不了这个决心…
最后朱由检思虑再三，给内阁批复道：“太祖有明训：朝鲜为不征之国。李倧得位之前，彼国一直恪守宗藩礼数，今转投建虏，亦为迫不得已。若大加征伐，不惟违反祖训，且将朝鲜更推往建虏矣。礼部可传书朝鲜，警告李倧勿轻举妄动，勿以国运为儿戏，断送三千里江山和朝鲜百姓性命。若彼执迷不悟，阿敏虽未到汉城，朕半年可到！钦此！”
批完这三份奏折之后，朱由检的心情久久不能平静。之所以是喜忧参半，这“喜”主要是满清短期内没有要再次大举进攻的迹象，给了朱由检一个千载难逢的良机，可以先腾出手来对付叛军和流贼。看来，秋天的一场大战，确实把皇太极打疼了。另外察哈尔部也向朝廷示好，虽然未必可信，总好过四面起火。
而他忧的则是朝鲜的局势。一旦李倧一意孤行，决意进攻皮岛，现在可是黄海的冰冻期，皮岛离铁山不过数十里，军队可以涉冰而过。黄龙虽然是一员勇将，但皮岛的军队却主要是毛文龙的旧部，战斗力远不像吹嘘得那样高。别说皮岛失陷，就是陷入消耗战，对大明来说都是严重的失败。
再有就是大玉儿和李贞妍又刺得他心口发痛，觉得胸闷难当。朱由检索性扔下奏章快步出门，立于福王府的后花园之中，仰望后半夜寂寥的星空。天上两颗明亮的星星正在对他眨眼，那是崇瑶和贞妍么？大玉儿在皇太极那里过得可好？…
狠狠呼吸了几口清新凛冽的空气以后，朱由检强行把这股思绪压了下去，脑子也变得更加清醒了。他信步返回房中，在内阁请他回銮京师的奏折上批示道：“洛阳虽然收复，但逆贼朱常洵逃脱，可谓功亏一篑。不拿住朱常洵，朕绝不回京，各地奏折每日递来御营，朕即行批示，钦此！”
其实朱由检根本就没把朱常洵这个三百多斤的大胖子放在眼里。之所以命令靳统武等人不许攻击朱常洵，真正的目的就是以追击朱常洵为由，可以长期留在宫外，让京师那帮官员抓不着自己。身边少了这些掣肘，他就可以大刀阔斧地进行几项重要的改革了。
沉思片刻，朱由检又在兵部的奏折上写道：“看情形建虏在开春之前，未必敢再来入寇。着即从京师再调五千步军至彰德府，准备对流贼作战。京师防务，不日朕即有安排，陆续从各地卫所军中抽调兵员递补。钦此！”
之后朱由检又批阅了其他奏章，全国事务千头万绪，也无法尽述其详。待批阅完所有奏章，鸡已叫了头遍。朱由检疲倦地伸了个懒腰，刚伸到身体舒