然而，面对混乱，敌人的抵抗能力依然超乎想象，显然这里的防备力量很强，必定是重要的所在。里面，琴酒已经下令，“非战斗的医疗人员马上转移，准备启动备用电源！告诉外面的警卫人员，使用红外线夜视装备，不要大意，对方是龙魂使者！”伏特加也心有余悸，“没错，只有龙魂使者使用那把带血光的剑。”警卫们的呼救声此起彼伏，龙魂使者的推进速度超乎了想象，很多人只看到血光一闪，就失去了意识。
备用电源启动，整个实验基地乱成一团，非战斗研究人员手忙脚乱地清理物品，准备打包撤离。琴酒知道这里已经暴露，让手下督促这些人马上转移，物品全部销毁。成群的乌鸦在空中鸣叫，预示着死亡的到来。很多人不明白为什么组织那么多战斗人员却挡不住一个敌人。火光、雷鸣、电流、土石、钢铁物体不断在战斗区域闪现，许多人惨叫着丢了性命。还有许多被莫名的黑暗吞噬，爆炸不断发生，千钧动用了破坏力极大的流星爆炸力量。冲出烟尘后，千钧从地下潜入进来，继续进攻。
组织的战斗人员，渐渐从慌乱中恢复过来，开始动用威力巨大的枪械进行反击。可是千钧的速度太快，又是晚上，很多人连残影都没有看到就丢掉了性命。一些人一起向前投掷手雷，希望能炸死龙魂使者。爆炸过后，龙魂使者从后面出现了，沥血剑划过，这些人一起尸首分离。枪声火光爆炸声不断传来，组织的剩余人员正在拼命阻挡龙魂使者的推进。实验人员已经撤离了大半，剩下的来不及离开，全部被关闭在地下室，伏特加按动了爆炸钮，将那里全部摧毁了。
组织的特战小队出动了，他们是专门负责对付超级战士的。千钧刚刚闯入前面的建筑中，马上察觉到前面的敌人发出强大的气息。一个高个子怪人猛扑过来，迅如猛虎，千钧飞脚出击，将其踢飞。情人枪响，怪人毙命。千钧就地滚出去，对面已经投掷过来许多手雷。千钧也不示弱，向对面扔出了许多高爆手雷。爆炸接连响起，整个建筑都在剧烈的晃动中。千钧从爆炸中脱身出来，要不是生命原力和磁场保护，刚才也非常危险。对面冲过来几条高大的猎犬，千钧准确射击，将陆续接近的猎犬快速击毙。
一条经过特训的红色猎犬从侧面猛扑过来，千钧身体在空中回旋，沥血剑划过，猎犬被剑光粉碎。后面的驯犬人员大惊失色，这些猎犬都是改造后的猛犬，就算是特种兵也很难应付，没想到被龙魂使者轻易消减了。千钧发动了光束攻击，射出的光柱穿透了墙壁，击毙了躲藏在后面的驯犬人员。随后，有个强大的敌人出现，那人速度也非常快，而且力量很强。千钧猜测此人就是这里警卫人员的头目。双方高速移动，互相对射，都没有击中对方。头目从侧面绕过来，射出套索缠住了千钧的脚。千钧也动了，这次使用了金系力量，建筑里面的钢筋类金属夹杂巨石碎屑飞出去，一举将头目砸成了肉泥。千钧确认这个区域没有宫野志保后，继续向前推进。
前来迎战的人员注意到了，“龙魂使者似乎在找什么东西。”千钧好奇一件事情，那就是黑衣组织到底在研究什么，真的是长生不老药吗，还是类似生化危机里的药品？可是抓到的一些战斗人员也不知道具体在做什么研究，显然组织的保密工作非常到位。千钧在前进过程，遭到了各种各样的伏击。但那些战斗人员发现，龙魂使者每次都能提早发现，或者躲开伏击。负责指挥的黑衣人很震惊，“天化组织的超级战士，怎么会这么厉害？”还没等他明白，千钧已经杀到，红光杀过，鲜血四溅。一个黑衣女子从建筑后突然出现，准备开枪。千钧的枪先响了，正中女子头部，一枪毙命。
琴酒知道不妙，“马上将交战处的区域全部引爆。”伏特加大惊，“可是那里还有我们的战斗人员。”琴酒冷笑，“与其被龙魂使者杀死，不如让他们跟龙魂使者同归于尽。”伏特加同意，立即下令。巨大的爆炸声响起，将整片楼房全部炸毁，燃起了熊熊烈火。千钧费了好大力气才脱困而出，继续向前推进。等到千钧杀到琴酒所在的中心区域时，这里早就人去楼空，显然他们已经逃走了。千钧知道不好，马上以风之力量起飞离开。果然，这里随后发生了巨大的爆炸。爆炸过后，地面上一片狼藉，千钧尽力搜索了一遍，没有找到宫野志保，只好选择撤退。
这晚的战斗，持续了大约1个小时，黑暗组织的基地被彻底摧毁，人员死伤无数。早就有远处的居民报警，警视厅的人马接到消息后匆忙赶来。可是由于是新年期间，交通繁忙，大大延误了时间。在千钧离开半个小时后，山本一夫率领秘密调查局的人，赶到了现场。秘密调查局的人非常吃惊，“这里发生了战争！”
山本一夫大为恼火，“到底是哪个组织破坏了我的计划？”原来山本也查到了这个据点，正准备3天后秘密围捕，没想到千钧提前行动，反而让琴酒等人逃过了一劫。山本不是善男信女，马上下令提前启动“捕猫”计划，全力追杀黑暗组织的人。不过这次现场依然留下了不少线索，足够让山本追查。随后的追捕战斗，破坏了黑暗组织大量据点，许多地方在那天夜里燃起大火，组织的不少非战斗人员被迫放弃。
黑衣组织损失巨大，最要命的是，组织的天才科学家宫野志保失踪了