方从哲听完惠世扬对他的弹劾，同样是目瞪口呆。东林党这是要把他往死里整啊。惠世扬总结的十项大罪三条死罪看起来挺唬人的，实际上是经不起推敲的。方从哲在万历四十一年入阁，内阁首辅一直当到现在，在这七年里有很长时间，内阁里只有他一个人。
方从哲入阁时，朝政日非，已非昔比。内有门户之争，外又面临建州女真窥视边防，可谓内外交迫，这些均是当时的新辅臣方从哲要处理的问题。身为内阁首辅，理应握有重权，然而阁权却已大不如浅妓朴腥ㄓ炙莆奕ǎ处境尴尬且艰困，做事动辄得咎，这账遭遇的困境。
打个比方来说，万历四十五年是灾荒之年，七月山西大旱，山东旱蝗。方从哲拟定了以下几点策略：请求皇帝发帑，神宗不允许。开仓放粮，就近配发赈灾。免税停征，以一时之权宜来安抚地方的动荡不安，然而神宗未置可否。地方灾荒，首先面对的是地方官员，而神宗末年缺官严重，故地方赈灾无人。方从哲建议补充官员，以绝乱象，而神宗对此已不予理会。由此可见，责任并不在方从哲身上。惠世扬真正要打倒方从哲的原因是朋党之争。
浙党的第一任领袖是沈一贯。沈一贯本身是浙江人，其集团中浙江人占半数以上，故有浙党之称。神宗末年，门户之争剧烈，就连当时会推阁臣，已牵连到士人派系的利益关系。方从哲也是浙江人，浙党鼎力支持他入内阁当首辅。方从哲入阁后，也意识到当时士人派系林立的政治环境，故透过座主与门生，以及地域关系的建立，巩固首辅之位。
方从哲不光提拔浙党门人，他还拉拢其他朋党。亓诗教为方从哲门生，也是齐党之魁。除了文官之外，方从哲跟后宫的郑贵妃李选侍也建立起深厚的关系，以求保持权势。不过这也变成东林党攻击他最好的理由。现在朝堂之上，诸位大臣都在等待皇帝的答复。
御座上的皇帝缓缓站起，朱由校驱动喉轮，以最威严的口气做出天子的答复：
“惠世扬，你太放肆了。以一些无中生有的理由攻击内阁首辅。你是何居心？”大臣的耳边顿时雷声滚滚，惠世扬甚至害怕地跪下了。
“朕是宫庭三案的亲历者，宫廷里的事不是外臣随意造谣的种子。韩爌韩大学士，朕记得红丸案那一天，李可灼到内阁献红丸时，你与方首辅同时在场，你说一说当时的情况，方首辅接受红丸了吗？”朱由校走到韩爌面前问话。
“回陛下，当时微臣与方大人一起把李可灼赶走了，并未接受他进献的红丸，更没有向皇上汇报。”韩爌马上据实回答。
“那既然是这样，惠世扬诬陷方从哲这件事就坐实了。惠世扬，你说说，朕应该拿你怎么办？”朱由校把话题又转向惠世扬。
“回陛下，臣不敢，方从哲确实与内廷有来往啊！臣只是道听途说了一些消息，但是又觉得这些消息耸人听闻，臣觉得关系重大才禀告给圣上。望圣上明鉴微臣的一片赤胆忠心啊！”惠世扬跪在地上声音都颤抖了。
“方从哲在三案里确实举止有些失措。但是这不是你惠世扬口头判内阁首辅死刑的理由，朕若是听了你的话遂了你的心愿，朕不就冤杀了老臣么？今日朕告诉你们，你惠世扬是朕亲政以来第一次犯这样的错误，这一次朕可以原谅你。下一次不管是谁只要因为只言片语就诬陷其他臣子的，朕一定重罚。你们都听懂了么？”众臣都跪下称“谨遵圣喻”。
方从哲听了皇帝的话以后，心里一惊。明宫三大案里皇帝对他还是有意见的，事到如今，不如急流勇退。方从哲跪下请辞：“启禀陛下，老臣年事已高，体力已衰。对朝中大事小情无能为力。执政多年以来，身无寸功。请皇上准许臣告老还乡。”
皇帝走到方从哲面前将他扶起，安抚说：“老臣切莫心寒，切莫轻言告老还乡。大明社稷还需要你继续操劳呢！”方从哲听见皇上这番话，老泪纵横。
皇帝回到御座上，最后对红丸案做一个总结：“先皇身体虚弱，又遇上丧事劳累哀毁，用药差误没有什么关系。崔文升和李可灼皆是庸医害人，他们虽无弑君之过，但有弑君之实。朕现在下令处死他们二人，今日行刑。好了，就这样吧，今日早朝结束。”
“吾皇圣明，吾皇万岁万岁万万岁。”大臣依次退下。朱由校气呼呼的回到乾清宫。
朱由校生气的原因是朋党之争。在明末的朋党之乱中，士大夫的品格整体堕落，乡愿之fēng_liú行，狂狷之气恨少。朋党政治严重毒化了政治空气，士大夫囿于风会，哪里有精力挽回一个清明的朝廷政局。最终如鱼烂土崩，断送了大明江山。南明政权弘光、隆武、鲁王、永历依然卷入党派之纷争，相继覆亡。
方从哲其实并不是朱由校心里内阁首辅的最佳人选。只要牵扯到党派的人，都不是当内阁首辅的材料。今日朱由校本来想让方从哲离职，但是又考虑到内阁中没有适合当内阁首辅的人选，他不能下抉择。朱由校原来的想法是直接发中旨提拔孙承宗直接为内阁首辅。但是这样提拔官员的速度太快了，有的臣子可能会利用皇帝年幼的理由做文章。孙承宗这个官就当不踏实了。如果有一位德高望重的老臣作推荐会好一些。
“刘时敏，朕问你，当初移宫案里出力的臣子主要是谁？”
“回陛下，在移宫案里，稳定大局的有三