孙承宗向皇帝推荐人才，皇帝让孙承宗先告退。随后朱由校开始查阅袁可立的档案。
袁可立，字礼卿，号节寰，别号石仙、闲闲居士。明睢阳卫籍，睢州城内人。万历十七年进士，以清廉刚正、断案如神而闻名。
万历年间，袁可立在苏州做推官。时倭寇出没，吴中一带实行“海禁”，一些势家动辄以“通海”罪名兴起大狱，相互倾轧。
秦灯是无锡望族，江西布政使秦梁之子。力大，闲暇之余喜欢听曲唱戏。和太仓王弇州次子王士骕、云间乔一琦三人为伍。“王能文章，秦善谈，乔善书，翰各有时名。”万历二十年癸巳间发生了一场冤案，最终导致了三人遭受灭顶之灾。起因就是关白丰臣秀吉侵朝，三人招募乡兵打算投军报效。钱粮想让江南富户赞助，结果一来二去就会闹出一些矛盾。
有琉毬船崇明岛迷航，被人认为是倭寇来袭。仇家立即举报说他们通倭。其实是三人在酒楼指天划地拜把子，秦灯口称“朕”大逆不道。其实是秦的家丁好说书，曾说一段赵官家当年陈桥兵变黄袍加身的段子引得大家哈哈笑，秦便口无遮拦地学说。福建巡抚许敬庵闻之大惊，通报应天巡抚朱弘谟，朱弘谟本就对江南世家有看法，又好大喜功，因此立刻断定做实，三人被捕入狱。传到京城，三司大惊，兵部尚书石星怕有出入再次派人查实。“又皆吴越人，错愕不知所出，第拟旨抚按会勘。”后经苏州府推官袁可立查实是一场冤案，朱弘谟怕自己官帽不保便提前定调，判秦灯斩、王士骕入监、乔一琦充军南汇所。
人犯等被押赴刑场之上，大声喊冤不止，袁可立觉得疑点重重，抗住巡抚的压力，坚决不同意草率处决人犯。于是以乌纱和性命将人犯保释候审，最终洗清了这三人的冤屈。但此时秦、王已先后死于狱。当人犯从刑场上被解救出来时，天空无云而雷，吴中传为“雷鸣案”。乔一琦活了下来，最终从军为囯报效，后来在剿灭后金叛乱的萨尔浒战役中为国捐躯。
除了理清冤屈，袁可立还曾打击地方恶霸。董份，浙江乌程县人。明嘉靖进士，官终礼部尚书。给事中欧阳一敬劾其党严嵩，诏黜为民。董份为人贪险，在官攀附权贵，居乡广占良田。“富冠三吴，田连苏湖诸邑，殆千百顷。有质舍百余处，各以大商主之，岁得利息数百万。家畜僮仆不下千人，大航三百余艘”。
万历二十二年，董份之孙董嗣成提出惩戒家奴。言行一出，立即引起湖州民众抗议。同时有乌程县祭酒范应期也称霸一方，遮上诉状者千人。右副都御史浙江巡抚王汝训和巡按御史彭应参激于义愤令乌程知县张应望将范应期拘捕。范不堪其辱自缢而死，范妻吴氏赴京诉冤。万历帝怒，命将彭应参、张应望下狱，谪知县张应望戍烟瘴之地，王汝训、彭应参等俱削籍为民，连举荐王汝训、彭应参的吏部尚书孙丕扬和都御史衷贞吉等朝中大佬广受牵连，案件震惊朝野。所涉大小衙门无敢过问，而百姓告状不止，大有酿成更大民变的危险。
在此情形下，上台命苏州府推官袁可立审理这一棘手大案，袁可立走访了因处理此事而刚刚辞职的同乡前湖州知府刘涣，首先“博收讼牒下各县以杀其势”，他通过调查得出的结论是董、范两家田产多以抵债或低价收购、接受投献而来。但董、范两家也势不让人，要求官府严惩所有参与打架斗殴的人。袁可立抗住压力，左右周旋，竭力保护弱势民众一方，除了将少数为首施暴者“徐取一、二倡乱者抵法”，其余均以民事案件分发到各县衙门从轻发落，使这一轰动京城的事件很快得以平息。经过退还，董、范两家田产所剩已十不及其三，而贫民获益颇多。
还有一次，袁可立奉命巡海琉球，一个李姓千总邀袁可立共饮，席间出赠三把倭寇“”，袁可立审视之，见刀面光洁如玉，十分精美，但谢绝了千总将刀退还，袁可立凭经验发现这不是倭刀，而是来源于琉球之物。不数日，海上传来战报，说军队打了胜仗，击毙倭寇数百，擒获二十名俘虏和大量物资及船舰。但在审验时却没有战俘的口供，也没有证据，案件一筹莫展，但急于报功的军方要求草草结案将犯人处死。巡按感到棘手，交给推官袁可立查办。袁可立接手时，有两人已毙死杖下，另外的十八人也被以毒药致哑，即便不哑也因为语言不通而无法辩冤。袁可立据理力争，上奏朝廷将人犯缓死暂系狱中。袁可立仔细地查验了所有缴获的物品，惊讶地发现自己曾经见过的三把“倭刀”竟然也在其中，又被当作“战利品”上报。顿觉案件大有蹊跷，马上找来李姓千总对质，但千总死不承认诬良为盗，并一不做二不休一口咬定说就是在海上俘获的倭寇。
不久，琉球贡使来中国，胸有成竹的袁可立请他们过来指认，贡使辨认出这些全都是琉球良民，是一次在海上运输粮食时因风失舵而漂流海上才不幸被官兵捕来冒充倭寇的。后来这十八个琉球国民被无罪释放回到家中。
后来，袁可立因政绩卓著升任山西道监察御史，巡视北京西城，有皇帝宠臣太监胡思孝杀死平民，百官不敢问，袁可立顶着天大的压力，抗旨将杀人者绳之以法，重捶抵罪，万民呼“袁青天”。
袁可立上疏批评万历皇帝，触帝怒，于万历二十四年正月初十袁可立被削职为民，沉冤达二十六年之