康熙十五年二月，平南王尚可喜之子尚之信叛于广州。
四月，郡王勒尔锦同吴三桂军在太平街一战又败，退守荆州，具疏请罪。玄烨虽然斥其守土三年，未获寸功，却仍旧希望他立功自赎。
七月，耿精忠部中都尉徐光武看到郑经军威日盛，耿军人心惶惶，于是，他秘密派人携书，驰赴衢州守将马九玉，令速请清军入闽。逾月，马九玉遣心腹向奉命大将军、康亲王杰书纳款。十六日，马九玉率军绕道常山、玉山，由河口分水关进入福建。杰书命宁海将军喇哈达、都统赖塔等将士尾随其后。二十日，清军进入福建关隘仙霞关，耿部守将献城迎降。二十一日，清军收复浦城。
八月，清军进入了福建关隘仙霞关，连克浦城、建阳、建宁等府县。郑经也在夺得漳、泉、彤府后，复取兴化，兵锋直指耿精忠所据省城福州。是时，耿部守潮州、海澄等地官兵纷纷降郑，而白显忠一部在江西又被清军大败，连失建昌、饶州、广信等府县，曾养性部则在浙江被清军所阻。福州势危。
九月，赖塔等部清军克建阳、建宁等府城。同月，杰书统兵至延平，耿部守将耿继美等开城降清。同时，耿精忠遣子献印请降。
奉命大将军、康亲王杰书以军帖形式劝耿精忠归降，其书称：“郑经与尔有仇，尔当助大兵进剿立功，何久事仇人为叛逆？”许以为他保题，仍为王爵，镇守福建。耿精忠知势不可为，乃生降意。同月十九日，耿精忠剃发易服，遣子耿显祚等向杰书献印请降，兼迎清军入城。逾月，杰书率师至福州，耿精忠领文武官员出城迎降，献上所属官兵印册。清军入城安民，传檄所属郡县。耿精忠向杰书请求立功赎罪。玄烨命耿精忠保留靖南王爵，统所部征讨郑经以自赎。耿部兵丁照额留用，余者另行安排。复命其弟耿昭忠为镇平将军，驻福州，统辖靖南王藩下留守官兵、家口。
十月，杰书率师至福州，耿精忠出城迎接，清军入城安民，传檄各府县。复连取郑经所据兴化、泉州、漳州等府。
次年二月，除郑经尚据厦门外，清军收复了福建全省。
次年三月，耿精忠会同其他清军，率部攻潮州，郑部刘进忠降。
八月，玄烨命耿精忠仍驻潮州。十八年十月，因福州满洲兵即将撤离，玄烨虑耿精忠又生他变，谕杰书促其来京陛见。二十一年正月，玄烨待耿精忠旗下人员全部由福建撤至京城后，传旨：革去耿精忠王爵，即凌迟处死，其子耿显祚革职处斩，党羽白显忠、曾养性、刘进忠等八人凌迟处死，黄国瑞等十五人处斩，耿精忠、刘进忠首级悬挂示众。
康熙十五年九月，耿精忠降清，尚之信势益孤。耿仍留靖南王爵，证实了玄烨曾有所言，“如输诚悔罪，仍许自新。”
十二月，尚之信命人携密疏来到扬威大将军、简亲王喇布军前，请予准降。喇布立即代奏。
九月，玄烨谕尚之信，将其已往之罪并其属下官兵全部赦免，准立功自赎。十六年五月，尚之信率广东省城文武官兵民等剃发归降，并派其弟尚之瑛往韶州，迎接镇南将军莽依图所统清军。六月初三日，玄烨命尚之信袭其父尚可喜平南亲王爵，出兵往征湖南。然而，自此之后，尚之信以各种借口，拒绝出兵，驻兵不离省城。
十七年正月，清军接连败与吴三桂军，广西危机。玄烨即命尚之信火速进兵广西。尚之信则已沿海有警，兵力有限，难以分兵回奏。复以高、雷、廉三州府初定，人心不稳，仍请留驻广州。十八年七月，尚之信疏称所患敛加重，擅自将横州等地前线兵撤至广州。其间，永兴危机，他坐视不救；从征之师，又密嘱勿进。尚之信本性残暴，酗酒伤人，视为常事。对藩下投清官员，他非辱即杀，引起极大民愤。十九年三月，尚之信偶赴广西武宣。护卫张永祥等赶至京城，首告尚之信诸多罪状。玄烨即命刑部侍郎宜昌阿、郎中宋俄托等以巡视海疆为名赴广东查实，如罪证确凿，可令都统王国栋将他逮捕。五月二日，宜昌阿与王国栋传檄正在武昌的总督金光祖。金随即兵围武昌，逮捕尚之信并将其押回广州处死。两广局势渐趋稳定。
战事连续两年间纷杂反复，玄烨无暇顾及后宫，康熙十五年十六年间，只在康熙十五年六月，诊出庶妃章佳氏有孕，章佳氏又与康熙十六年二月，生下十一阿哥胤祉。
康熙十六年正月，玄烨调陕西和河南兵，进群中兵增补荆州，令勒尔锦乘机渡江，收复湖南，不准延误战机。
二月，叛军官兵相继投诚。三月，朝廷下旨抚恤殉难官员及家属。
七月二十九日，玄烨召大学士噶布喇、李蔚等大臣，论及朋党之害，谕示：人臣服官，惟当一意奉公。如若分立门户，私植党羽，始则蠹国害政，终必祸及身家。历观前代，莫不皆然。他明确指出：那些暗结党羽者，形迹诡密，然其背公营私，人必知之。因为他们凡论人议事之间，必以异同为是非，爱憎为毁誉，公论难容，国法莫逭。百尔臣工，理宜痛戒！若夫汲引善类，不矜己长，同寅协恭，共襄国家。诚如宋代欧阳修所云，君子同道为朋者，是又不可以朋党论之。
前朝如此繁忙，后宫也并未闲着，玄烨于百忙之中制定了后宫嫔妃的等级，完善了自顺治朝以来后宫嫔妃制度的不完整，而后，就下了一道册封后宫诸人的明旨，之后