在准备彻底解决倭国的同时，朱允炆对边镇进行了大调整。
在东北待了两年的开国公常升奉调回京，主持中军都督府坐镇西北的毅国公平安回京述职后，前往北京坐镇，防止蒙古军南下。
朱棣叛乱被平定后，北平改称北京，北平布政使司、北平都司、北平行都司分别改为河北布政使司、河北都司和河北行都司。
平安到任后，朱允炆命其前往热河上营筑城，取名承德，同时河北行都司改名热河都司依然隶属河北都司管辖，这很可能会触动周围蒙古部落的神经，所以需要平安这种大将坐镇。
河北都司郭钥奉调回京，担任军机处行走，河北都司由原近卫第一军指挥使张伦接任。
新任热河都司为张瀚北，他就是盛庸麾下有名的悍将“皂旗张”张悍天，他在平定朝鲜时立下战功，被赐封子爵，但礼部在册封时觉得这个名字有点太那个了，朱允炆知道后也觉得有些不舒服，就将其赐名张瀚北。
原绥远都司宋瑄调任陕西都司，原第五骑兵军指挥使龙凯接任绥远都司。
陕西行都司改名甘肃都司，原近卫第九骑兵军指挥使张辅任甘肃都司，依然隶属陕西都司。
原辽东都司吴升调任朝鲜，任朝鲜都司，海东都司归属其指挥。
辽东都司由第三骑兵军指挥使王忠接任，黑龙江都司由近卫第八骑兵军指挥使熊海担任，吉林都司由安平伯李远担任，辽东都司、黑龙江都司统归吉林都司指挥。
长兴侯耿璇前往东北，接替常升，坐镇长春，辖区包括辽宁、吉林、黑龙江和朝鲜北部。
原湖广都司谭远调任云南，担任云南都司近卫第二步兵军指挥使曹玉书调任广西，担任广西都司。
原贵州都司何福调任总监察部，担任监察侍郎，庄得接任贵州都司。
除此之外，朱允炆还对情报部门进行了改组，其中情报司改称军情局，隶属总参谋部安全司改称安全局，隶属皇帝调查一司、二司改称调查一局和调查二局。
忠贞伯宋承平免去安全局局长职务，调任湖广都司佥事军情局局长铁无尘调任海东，担任海东都指挥佥事
总之，经过这次调整，老将纷纷调入京师，担任闲职近卫军指挥使武学的第一批学员中的佼佼者纷纷晋升为中将，同时晋升为都司，执掌边疆兵权同时，新一代近卫军指挥使也纷纷成长起来，他们都是武学现在的陆军大学培养出来的，文化水平和专业程度上，都有较大的提高。
通过这次调整，朱允炆将军方将领五年调任和士兵七年复员制度化和规范化，最大限度的减少了将领拥兵自重的可能。
征倭虽然很重要，却并不是朱允炆的第一要务，他最看重的是开拓东北，当然如今的东北还包括朝鲜在内。
耿璇前往东北，是为了继续整合东北的军队，同时也是为了从侧翼威胁蒙古。
自瓦剌西撤后，蒙古草原的形势发生了很大变化，如今的蒙古已经分为东西两个部分，和林以西为瓦剌，以东为黄金家族属部，首领为祥元汗地保奴。
瓦剌西归后不久，大首领乌格齐病逝。自统一瓦剌四部后，乌格齐的身体一直不好，在地保奴返回草原后，乌格齐自觉不久于人世，所以放弃了与地保奴争雄的想法，率部西归。
继位为大首领的额色库，采纳了国师王行的建议，于建文八年，向明朝派出使者，请求册封和互市。
综合各方面的考虑后，朱允炆派使者册封额色库为“恭睿王”，互市地点设在哈密，不许进入嘉峪关。
同时朱允炆还对茶马互市政策做了调整，除了茶马司之外，允许商人携带茶叶前往哈密交易马匹，但对出关的茶叶和入关的马匹征收重税，用以补贴边防。
得到敕封的额色库非常感激，上表愿意征讨东部蒙古，却被朱允炆拒绝。相反，朱允炆以对大明使者不恭之名，令其征讨帖木儿汗国，同样的征讨令也发给了东察合台汗国。
而帖木儿汗国也正在发生一些变化，皮尔汗虽然打败了自己的弟弟哈里勒，却对远在赫拉特的叔叔沙哈鲁无计可施，偌大的帖木儿汗国正面临着n的风险。
为此，皮尔不惜派人向明朝称臣，希望获得明国的支持，但明国的态度很暧昧，没有明确的态度。
建文九年三月，平安离开西北，调任河北。
四月，东察合台汗国首先动手，打着恢复故都撒马尔干的旗号，与帖木儿汗国开战五月底，瓦剌骑兵绕过天山，从北面对帖木儿汗国发动进攻。
面对严峻的局面，皮尔接受臣下的建议，与沙哈鲁言和，将防备沙哈鲁的兵力调回，与东察合台汗国和瓦剌军队展开了激战，战况一时陷入了胶着之中。
而东部的地保奴，则是另外一种景象。
瓦剌西撤后，地保奴刚开始的时候倒是励精图治，战战兢兢。一方面他派使者前往明朝，要求互市，同时约束蒙古骑兵不许靠近明国边关另一方面，则派人打探瓦剌的动向，唯恐瓦剌卷土重来。
为了征伐倭国，朱允炆同意了其互市的要求，同时尝试册封他为“顺义王”，地保奴倒是想接受，但大部分蒙古部落却坚决反对，只能不了了之。
乌格齐辞世的消息传到东部蒙古时，地保奴兴奋万分，不顾臣属的反对，下令大庆三天。
之后不久，地保奴收到了萨木尔的信件，信上说额色库得到了明廷的册封，想要东征