“恭亲王著毋庸在军机处议政，革去一切差使，不准干预公事，方是朕保全之至意”。这哪里是裁减事权，分明是一撸到底。大臣们面色惶然，不知所措。他们不知道反复无常、性情乖戾的铁女人慈禧的真意何在，不敢贸然行事，天怒难犯啊！
大学士周祖培感到朱谕太片面了，又不敢多说，只是建议加上“议政之初，尚属勤慎”八个字。慈禧想了想，觉得加上八个字无关宏旨，便勉强同意了。
然后马上厉声说道：“此诏即由内阁速行之，不必由军机!”她深悉军机处是奕的班底，因而绕开军机处，直接交由内阁办理。由此可见盛怒之下的慈禧在处理同她合作多年的奕上，态度之决绝，行动之专断。
慈禧的手书朱谕，经周祖培略加润色、dian染，便交由内阁明发下来。除上述内容外，关于军机处，交代“著责成该大臣等共矢公忠，尽心筹办”；关于总理衙门，则“责令文祥等和衷共济，妥协办理”；至于“以后召见、引见等事项，著派惇亲王、醇郡王、锺郡王、孚郡王四人轮流带领”。这就是说，慈禧把罢免奕后形成的政治真空，都作了相应的弥补。
朱谕发下去了，一场风波似乎就这样平息了。
不料，上谕发下的第二天，即三月初八日，却又起波澜。惇亲王即上一疏，表示了同两宫太后不同的意见：
自古帝王举措一秉至公，进一人而用之无二，退一人而亦必有确据，方行摈斥。今恭亲王自议政以来办理事务，未闻有昭著劣迹，惟召对时语言词气之间，诸多不检，究非臣民所共见共闻；而被参各款，查办又无实据，若遽行罢斥，窃恐传闻中外，议论纷然，于用人行政，似有关系，殊非浅鲜。臣愚昧之见，请皇太后皇上恩施格外，饬下王公、大臣集议请旨施行。
惇亲王是道光帝第五子，在现存的几位皇子中，他排行第一，地位较崇。他性情豪爽，直言敢谏，平时不大过问政事。但在黜陟奕的这个重大问题上，他却上了一疏，明确表示不同意两宫，尤其是慈禧的处治，慈禧对他的上疏不能不格外重视。
当天，两宫太后便召见了道光帝第九子孚郡王及军机大臣文祥等，令他们传谕王公、大臣、翰、詹、科、道，于明日到内阁开会。将惇亲王的疏和蔡寿祺的折都发到会议上，让他们讨论。并谕令文祥等，到内阁去传达今天两宫太后新的懿旨。这个懿旨说了一些对奕有利的话。
因此，当天都城内盛传两宫太后“天怒已回，眷顾未替，宫中且多言恭王将复辅政矣”。看起来，事情似乎往有利于奕的方面转化。
但是问题不那么简单。三月初九日，两宫太后又变卦了。她们召见了倭仁、周祖培、瑞常、朱凤标、万青黎、基溥、吴廷栋、王发桂等八大臣。
慈禧对八大臣怒道：“恭王狂肆已甚，必不可复用。”对奕在用人方面百般挑剔：“即如载龄人材，岂任尚书者乎？而王必予之。”同时，对惇亲王上疏为奕说情，也极为不满，挖苦地说：“惇王今为疏争，前年在热河言恭王欲反者非惇王耶？汝曹为我平治之。”这里明确地表示出，对奕的处分是不可更改的了。