礼部：暂含外政司。教育司，民政司。民族司；尚书：陈绍愉；
兵部：未设尚书，暂由下设的参谋总部推吴三桂或皮熊出席内阁会议；兵部下暂含军工司。陆军司，海军司，后勤司，退伍军人安置司；
吏部：暂含人事司，稽考司，书院；尚书：刘佐宸；
户部：暂含审记司，统计司，度支司，海关，银行；尚书：由原王府长史易成简拔担任；
刑部：暂含司法厅，公安司；尚书：张煌言；
工部：更名为农工商部；暂含建设司，交通司，水利司，商务司，邮传司，农业司；尚书为蔡明；
监察部：尚书为周良甫；
国家安全部：尚书为叶虎；
大理寺：正卿为郭之奇。
先以最能让人认同的政府机构进行工作，日后再逐渐细分，这是朱永兴的思路。在他想来，工部、礼部中便可划分出外交部、教育部、农林部、商务部、水利部等独立机构，刑部又可分出司法部、公安部……以后呢，还会设首辅，次辅，使内阁的职能更全，权力更大。
但现在，机构暂时合并，一是精简，二是某些事务还未做大，制度还未完善，还没有单独划出的必要。
其实对于这早朝，朱永兴觉得作用不大，而且很折腾人。据大明会典记载：早朝时，大臣必须午夜起床，凌晨三点，大臣到达午门外等候。当午门城楼上的鼓敲响时，大臣就要排好队伍；到凌晨五点左右钟声响起时，宫门开启。然后，百官依次进入，过金水桥在广场整队。通常，皇帝驾临太和门或者太和殿，百官行一跪三叩头礼。四品以上的官员才有机会与皇上对话，大臣向皇帝报告政务，皇帝则提出问题或者做出答复。
这就好象领导天天召集属下开会一样，有没有事都得浪费时间聚一次，见见面，听听赞颂。可要说当面听到问题，马上便能做出正确决定，朱永兴觉得不太可能。
而早朝时皇帝若是未临百官，便会被视为怠政、倦政，是不负责任的表现。对此，朱永兴却不赞同。看看崇祯，应该算是明朝最勤奋的皇帝了，根据史料记载：崇祯雄心壮志,立志做个中兴之主,每日批改各地奏折到凌晨一两点是常事，而且每日早朝必到，比明朝开国皇帝朱元璋还要勤政。
结果呢，他越勤政，国家越乱，政务越糟。可见勤奋未必正确，事必躬亲未必便会做好事情。
所以，朱永兴登基之后，虽然没有去掉早朝，但却顶着反对之声，把时间推后到早上八点。就算是开会，也得吃了早饭才有精神吧？若是有紧急的事情，朱永兴又不实行宫禁，总理处昼夜有人值守，难道还能耽搁了？不知道凌晨是人困意正浓的时刻吗，脑子反应迟钝，怎么能处理好政事？
“虽说国家目前以农业为重，但农工商并举，亦是治平之道。”朱永兴见众阁臣落座，继续说道：“便如沿海渔民，以驾舟捕捞为主业；苏松织工，以纺纱织布来谋生。难道非要让他们去耕种田亩，才算是务了正业？豁除匠籍，是革除弊政，减轻他们的负担。这一点，诸位要心中清楚。所以呢，工部的奏折，朕不准。”
工部尚书蔡明犹豫了一下，躬身奏道：“启奏陛下，自豁除匠籍后，苏松织工自是感恩戴德，然丝绸行业若是兴盛，家家便会以养蚕为业，从妻络夫织，到积累钱财后又增置绸机，则织者愈多，耕者愈少。”