杨玄感挺近关中后，攻打弘农行宫，被弘农太守、宗室大臣杨智积使计牵制，后又在宇文述、屈突通、来护儿和卫文升的联合打击下自杀身亡，其弟杨玄纵、杨选奖、杨万硕、杨民行、杨积善等人在兵败后被俘虏，杨广还都洛阳后下令斩首示众，改其姓氏为枭氏。李密韩式噁等附逆世家子弟在兵败后都不知所踪。杨广在收到这次打击后更是大怒，命御史大夫裴蕴、刑部侍郎骨仪、大理寺卿郑善果与洛阳留守樊子盖一起追查杨玄感的余党，光禄大夫赵元淑、兵部侍郎斛斯政、宗室大臣观王杨雄之子杨恭道皆因为被举报与杨玄感暗通或杀或逃。弄得朝廷百官宗室大臣人人自危。杨广觉得还不满意，一心想惩治那些参与杨玄感兵变的老百姓。
“各位爱卿，杨玄感一呼而从者十几万，从这件事情上看，这天下乱民实在是太多了，看来不杀是不行了，所以你们在审理的时候宁可错杀一万，绝对不可以放过一个。”樊子盖一听，心中明白这次兵变的主要原因是天灾不断，再加上辽东战况不好，战争没有带来多少好处，就上前劝说道：
“皇上，反叛固然可恶，但如今赋税徭役沉重，很多地方天地荒芜，人口短缺，如今辽东战事吃紧，运河未通，而且他们大部分都是从者，还望陛下不要旺增杀戮，就把他们都罚为苦役去修运河吧！一面显示圣上的宽仁，另外一面可以加快修河进度。”樊子盖边说边看着杨广的脸色。杨广静静地看着樊子盖，在樊子盖说出要赦免那些与杨玄感叛乱的百姓时，杨广的心里很不舒服，可看在樊子盖忠心耿耿的份上，再加上他是杨侗的老师，如果惩处了他，会伤了一些人的心，如今大乱刚平，一切以稳定为主。
“各位还有其他的意思吗？”裴蕴抢先出班奏道：
“皇上，臣以为樊老尚书说的没有错，可自古以来都是以严刑峻法治理天下，约束人心，那些叛乱者也许有很少部分人确实是为人所迫，但天下多有浑水摸鱼之辈，接这次叛乱谋求私利者不少，要知道当年秦始皇建立起来的华夏第一个统一的庞大帝国，后来就是因为二世皇帝对民间反叛之人充耳不闻，以普通盗贼任之，终为大患，因此，臣以为应该对他们明正典刑，以还天下太平。”裴蕴的话说到了杨广的心坎里。杨广一生中最崇拜的就是秦始皇，一心要超过秦始皇的功业，而不管是在汉时还是后世的官方历史读物中，总把秦王朝的覆灭历史归咎为滥用民力，其实根据历史学家的考究，当年秦王朝灭亡有两点原因：第一是以赵佗为首的安南兵团不承认胡亥的帝国继承人的身份，在秦王朝快要覆灭的时候没有及时的回到中原救援
，第二个也是最主要的原因是秦二世胡亥对民变的纵容，在地方官吏向他禀报民变的时候，他总是以几个盗贼为名，没有马上进行镇压，使得民变越来越大，终于成为燎原之势，使得中国第一个统一的王朝覆灭。
“裴就劳烦裴爱卿了。记住，对首恶之人要严惩不贷，对胁从吗！就从轻处理吧！”话是这样说，裴蕴领旨后，以严刑逼供，株连等手段，杀人数万，流放过十几万，抄家所得金银百万先给杨广，杨广特别高兴，赐予裴蕴美貌婢女十数人。
太原河东宣抚使署官衙，李渊一直关注着杨玄感的一切消息，自从杨广一征高句丽失败后，李建成在他的面前露出了一点心思，李渊害怕引起杨广的猜疑，让李建成验收口风，不要再暴露自己的心思。杨玄感起兵以后，他马上向留守洛阳
，并以防止叛乱为名训练乡勇，打造兵器，对在辽东的杨广也送去了书信，解释一切，但杨广和留守的王子都没有对他有什么表示，让李渊有些如坐针毡。如今，长安、洛阳因为杨玄感兵变受到牵连的官宦世家不计其数，被发配到岭南和辽东的人络绎不绝，李渊也不敢太过表示，只好静静地等待。
虽然杨玄感叛乱平息，但由于随军主力撤退，夺得的高句丽的徒弟又被高句丽重新占领，杨广的心里总是不是滋味，感觉有块石头压在心头。睡到半夜，突然满身冷汗的惊醒。
“救命啊！救命！”睡在杨广身旁的萧皇后马上向杨广问道：
“皇上，您怎么了？”
“皇后，我做了一个梦，我梦见走在京城的城楼上，城楼上突然长出一棵杨树，枝繁叶茂，上头开满了花，还停留着一只火龙，哪里知道突然龙飞走了，四面八方汹涌而来的洪水把朕包围了。杨树的花也开始凋谢了，京城也被洪水淹没了。这时洪水突然退却了，又有一棵李子树长了起来，上面好像结出了很大的李子。所以朕就大喊了出来。这是不是上天给朕的什么预兆。”萧皇后听了后，也不好说什么，只好轻轻地安慰着杨广。
“皇上，请恕臣妾直言，从梦来看似乎有两个预兆。。。。。。。”
“皇后请直言！”
“皇上，从这梦中来看，可能有这几个意思，那杨树上面停着的火龙飞走，意思是指杨玄感叛乱平息，他做不成皇帝。而李子树长了出来，意思可能是李家出了叛逆之臣而且未死，可能会动摇杨家社稷。所以请皇上赶快下旨，严令地方官员捉拿李密，以绝后患。”杨广听了萧皇后的解释，心里的疑虑还是未消。
“这李密虽然说可以说成是李树无疑，但着洪水恐怕。。。。。。”萧皇后看到杨广的脸色还是没有好转，只好再