后因蒙古族起兵南下，孔元措随金政权迁往汴京，曲阜孔庙则由其族兄孔元用主持祀事。蒙古族占领曲阜，以孔元用之子孔元用为衍圣公。这样，宋金元三朝并起，各有一个衍圣公。元太宗五年(公元1233年)，蒙古骑兵攻下金汴都，金封衍圣公孔元措被元政权所得，仍封孔元措为衍圣公，而改封孔之全止充曲阜令。北宗孔元措无子，由其弟孔元綋的孙子孔浈为嗣，孔浈于元宪宗元年(公元1251年)袭封衍圣公。后来，元政权先前所封衍圣公曲阜令孔之全之子孔治率孔氏族人上书皇帝，言孔浈不修祖祀，且非孔氏之宗，而系孔元綋的儿子孔之固侧室所生，且生母早已改嫁驱口李氏，孔浈曾随李氏姓李，不可为孔氏宗。宪宗二年(公元1252年)皇帝下诏免去孔浈衍圣公封号。其后相当一个时期没有任命新的衍圣公。南宋灭亡后，宋所封衍圣公五十二世孙孔洙归元。元朝统一，元世祖忽必烈于至元十九年(公元1282年)访查孔子后裔宗子，曾召孔洙至京师，孔洙让位于曲阜宗子，忽必烈对孔洙大加赏识曰："乃真圣人后也"。于是命孔洙为国子监祭酒、承务郎兼提举浙东学校事，赐护持林庙玺书，免去衍圣公封号。
此时，南北宗的衍圣公均被免职，十余年后，元成宗元贞元年(公元1295年)因孔之全长子孔治权奉祀事三十余年而奉诏袭封衍圣公。结束了长达一百多年的双宗并立。元仁宗延祐二年(公元1315年)，孔氏族人又上书皇帝，说孔治之子孔思诚是庶支。仁宗皇帝派大臣元明善调查，并亲取孔氏族谱查考，确定宗子继承人应该是孔思晦。孔思晦和孔思诚均为四十五代孔宗愿三子孔若愚的七世孙，孔思晦是四十九代孙孔拂长子孔元孝的嫡长孙，孔思诚是孔拂次子孔元用的嫡长孙，因此，元仁宗于延祐三年(公元1316年)罢黜孔思诚而以孔思晦袭封衍圣公，并授阶为中议大夫，列正四品。
清廷承认——清顺治元年(公元1644年)，清世祖承认衍圣公在明代享受的全部特权，六十四代衍圣公孔衍植仍任衍圣公加太子太傅。朝见时衍圣公仍列内阁大臣之上。衍圣公与朝廷的密切关系，到乾隆时期达到巅峰，乾隆皇帝曾多次来曲阜，并颁御书“与天地参”、“时中立极”、“化成悠久”等匾额，重建棂星门，易木为石。对于乾隆与孔府的关系密切，多有猜测，包括七十一代衍圣公孔宪培的一品夫人于氏，与乾隆关系密切，孔府盛传于氏为乾隆之女。据考证，乃乾隆义女。(官臣于敏忠之女)。后于道光年间于孔府东路建有于氏的祭祀专祠沐恩堂。于敏忠被罢官后，其后裔也多寄居孔府。第七十五代衍圣公孔令贻他倍受皇恩。在京为慈禧太后祝寿时，赏戴双眼花翎；宣统二年(1910年)又赏穿带嗉貂褂。民国二年(公元1913年)，袁世凯下令所有衍圣公暨配祀贤哲后裔所受清代的荣典一切照旧，颁给衍圣公孔令贻一等大绶宝光嘉禾章。孔令贻于1919年病逝北京，1920年二月其遗腹子孔德成是最后一代衍圣公四月大总统令孔德成袭封衍圣公。民国二十四年(1935年)，民国政府令孔子嫡系裔孙改任大成至圣先师奉祀官。至此，延续了八百多年的衍圣公封号被废除。
小编写这一章的目的在于讲述孔子和子孙的历史，很多人将衍圣公的封号理解为孔子的封号，其实这是不对的，所以在这里写这一章，解释孔子的封号和孔子子孙的封号。