自从大明击败沙俄帝国以后，就很少再有大规模的战争了，向周围的一些扩张都属于边疆部队的自发行为，他们也没有向大明的户部申请多少军费，仅仅只是在兵部做了备案，大明军队大规模的战争逐渐减少，为了尽可能的减少军费开支，为彻底取消农业税做准备，朱有孝便开始减少军队的规模，而建设更加精锐的常备的军队。
朱有孝按照地域建设了十个军区，其中多数都是建立在边疆地区，人数从五万到十五万不等，实行职业兵役制度。还有就是建立武装警察制度，各个城市都建立了警察局，负责维护地方的安全，这些人都会从军队里挑选出来，剩下的军队则开始安排退出现役。
普通的退役军人把青春献给了大明，朱有孝自然也不会亏待他们，大明现在的家底比较厚实，并不吝啬金山银海，给了退役士兵丰厚的退役金，至于军官们的出路，除了退役金以外，还负责安排一定的职务。但是朱有孝还是小看了这些经过铁血经历的大明军人，这其中的大部分军人并没有回家，他们对于农活或者工厂做工不感兴趣，在一些军官的带领下，他们组织了几十只雇佣兵队伍，利用他们的退役金做资本，奔赴海外帮助大明再次开拓土地。
另朱有孝以外的是，大部分的士兵都去了朱由检的南美，后来才知道这是朱由检早就让他手下的军官联络的，至于什么原因，朱由检也没有说。朱有孝怕朱由检出现意外，就动用了内帑五百万银子，悄悄的拨付给了朱由检，朱有孝也只是回信表示感谢，仍然没有说明原因，朱有孝也没有再问，估计到了时候他自己会解释。
整顿军队以后，大明士兵的装备再次的到了提升，新式的武器继续装备部队，而为了试验这些装备，朱有孝允许各个军区可以自行安排士兵进行训练，甚至可以到各个不同的国家参与实战，从而提高士兵和基层军官的实战经验。
不停地让士兵参加实战的想法，是朱有孝从后世美国的身上学习的，因为自从二战结束以后，世界伊和平发展为主题，但是美国人却是发动了十几次大小不等的战争，让他们的军队的到了实战的经验。相对的是中国军队，经历国内战争以后，二十多年没有经过实战的锻炼，在对安南的自卫反击战中付出了惨重的代价，以至于后来的数年中，都没有结束边境的小规模冲突，其中锻炼队伍是最主要的目的。
边疆地区的士兵可以不断的在附近参与战争，而东部的军区却不太方便，朱有孝不得不再次把目光瞄准了倭国，那里现在仍然是烽烟不断，朱有孝还要再加上一把火，让那里的战争在激烈一点。
《司马法》曰:国虽大，好战必亡;天下虽安，忘战必危。《易》曰:君子以除戎器，戒不。夫兵不可玩，玩则无威;兵不可废，废则召寇。昔吴王夫差好战而亡，徐偃王无武亦灭。故明王之制国也，上不玩兵，下不废武。存不忘亡，是以身安而国家可保也。
中国古代的治国智慧无穷，但是后来从董仲舒“推明孔氏，抑黜百家”的思想出现以后，尤其是宋朝的腐儒曲解了儒家思想真谛以后，华夏的兵家思维被压制，致使后来的国家治理思维都是以稳为主，以和为贵，失去了积极的对外开拓思想。形成了内战内行，外展外行的纯农耕思维。
为了尽可能锻炼军队军官战术思想，同时减少士兵的伤亡，朱有孝采取的方法是在倭国的三个主岛上各自安排一个军区的士兵参战，他们以各个本岛的战争为作战范围，不许参与各岛之间的战争，这就避免了发生互相之间的误伤，还可以不断的让士兵轮训、轮战，比较熟悉自己的战场环境，再就是可以让军区之间在一定的时间周期内交换基地，尽可能适应不同环境的锻炼。
除了倭国的练兵场以外，朱有孝还设置了爪哇练兵场，那里的气候非常适合进行热带丛林战斗，而且那里的生活环境相对其他的地方要好得多，人口也比较多，那些土著的居民对后世的华侨犯下了不可饶恕的罪行，就算是在这个时代，他们也没少帮着殖民者屠杀华人华侨，朱有孝的目的就是尽量减少这些屠杀发生的概率，自己不可能一直活下去，后世的人也不可能限制先觉的防止这些时间的发生，那么最好的方法就是先让这些华人华侨强大起来，让土著们不敢心生歹念，一直老实下去。
派往爪哇练兵场的都是南部的军区，朱有孝让他们也在那里占据两个资源比较丰富的岛屿，划分开作战的区域，避免发生自伤。同时让这两个岛屿可以搞一定的基础建设，形成安全的生活区，只是向外岛发动战争，到了以后，这里就是正常的热带丛林战争学校，可以培养出无数的作战专家。
做了这些为大明后世打基础的工作还不算完，朱有孝还得建立起完备的民兵后备役制度，所有大明境域内的青年男子必须每年参加为期一个月的军事训练，既可以一次训练完毕，也可以分两次训练，在每个县都有武装部，由他们负责组织训练和考核，无论是务农、经商、做工，所有年龄在十化的文盲，以后是没有出席的。
大明军队军官的配置也很有意思，每一级别的军官都是一正两副，但是平时只有一正一副军官在职，另一个人则是带队到各个练兵的战区参加实战，参加实战的队伍规模不大，但是相对来说军官数量明显比例相当高，每次轮休回来的副