收复了叶斯穆汗，就占据了大半个西域，按照朱有孝的意图，大明的势力范围拓展到乌拉尔山脉就可以了，以西的小玉兹算是和欧洲之间的缓冲区，今后不但要大力发展西域的经济和人口，还要武装和扶持小玉兹，使其能够成为西侧的屏蔽。南面大明的势力范围已经同莫卧儿帝国和波斯接壤，为了不和他们发生战争和冲突，朱有孝就让小帖木儿汗带领族人全部迁徙到了费尔干纳盆地一带，并且一直扩展到乌兹别克人居住的地域，在哪里建立了省一级的的行政组织，然后就是市、县、乡一系列政权组织，小帖木儿汗就是那里的省长，区域包括现代的中亚的四个国家，让小帖木儿汗凭着一点血缘关系维持着那里的稳定，对此小帖木儿汗非常尽心的干好朱有孝交代的任务，依靠儒、释、道建立的一系列学校，尤其是黄道周的儒学大师并且是改良后的儒学，逐渐使得这一带的人们接受了大明的同化。朱有孝为了更加有效的加强对西域地区的统治，还把大部分的老兵以建设兵团的形式复员到当地，就跟后世的建设兵团的性质类似，让他们和当地女子结婚，一下子就为这里增加了近十万的汉人，如果加上以后他们可以娶到二、三个老婆，二十年后这里将增加到六七十万汉人，大概能占到百分之三十的人口比例，为此朱有孝给了他们非常优厚的福利政策，不用交地租，永远免农业税。
只保留了不到五万人的精锐士兵，这些士兵都是纯火器部队，击发枪和迫击炮是他们的主要武器，并且随着大明工业的不断发展，他们的武器优先配备。现在朱有孝的兵器工厂已经发展到了近现代的程度，水压机、各种车床的应用已经在兵器厂全面使用，再有就是蒸汽机作为原始动力，极大的提高了生产效率，大明中央银行开始发行纸币，节省出来大量的铜金属，这就可以制造带有铜质金属弹壳的子弹，子弹是锥形的铁心包铅，可以保证射击时膛内的压力。金属冶炼的进步，使得枪管的质量也得到了保证。毕懋康、孙元化二人通力合作，制造出了近似的毛瑟步枪，刻画出了膛线，加上了准星和刻度表，射程在六十丈之内基本上可以穿透一般铁制披甲。
火炮的制作进步更快，除了迫击炮的的射程更远，而且定量药包的使用使得射击的准确性更为可靠。另外还制造出了步兵炮，使用的是弹壳式炮弹，方便运输和攻坚，射程在五里左右，里面装填的是雷鸣天制造的*，可以炸开一般的石头城墙。
更让朱有孝高兴的是轮胎，宋应星的弟子们经过无数次试验，耗费了天量的材料，终于制作出了符合朱有孝要求的车胎，并且是内胎，至于外带很简单，无论是西北还是东北，只要是有牧场的地方都有牛皮、马匹，甚至因为朱有孝大力发展肉类饲养，还有大量的猪皮，把这些东西加工一下就可以做成简单的车轮外带，为了保证耐用性，外面在绕上一圈铁丝。最为麻烦的内胎接口问题对于朱有孝来说反倒是最简单的，历史上朱由校是个心灵手巧的木匠，那木匠不是需要胶粘木头吗？那就是用这种胶来粘吧。这种胶叫做鳔，是用鱼皮加水熬出来的，在中国古时候粘东西都是用它，不但可以用来粘内胎，而且可以用来把几层牛皮、马皮、猪皮粘起来，然后在加工成可以装入钢制车圈的车外带。
有了这些内胎、外带、车圈以后，朱有孝的锅驼机就像长了更长的腿，行动就方便快捷多了，原来的一个时辰只能跑六七十里路，现在速度几乎快了三分之一。当然了，朱有孝可不敢在大力推行这种东西，那根本供应不上，不过有一句话叫做“群众的力量是无穷的”，民间自有高人在，那些购买了锅驼机的地主们采用的是用猪皮的内层皮加以鞣质后缝合起来，再用鳔粘起来，似乎也挺好用的，只不过没有橡胶的轻便罢了。
朱有孝就把改良后的锅驼机向西域派送了近一万台，主要供应军队使用，除了平时供应军队运输物资以外，朱有孝也让建设兵团用来耕地拓荒，彻底解决了西域的粮食供应问题。
其次就是人员安排的事情，洪承畴就留在中部，除了西南部归了小帖木儿汗的边疆省，其余的大部分地区成立了西域省，全部由洪承畴负责，洪承畴摇身一变就成了文官，军事上由李鸿基担任军区司令，郝永忠担任副司令，李过回去帮袁崇焕。卢象升的人马减少到一万五千人，但是全部换了新装备，老装备都留给建设兵团，他的几个手下和鄂尔勒克、图鲁拜琥、巴图尔三人各自领兵三千，田见秀、刘芳亮归属了李鸿基，自己和袁崇第带五千兵，这些士兵都是重新打乱编制重组的，为了提高战斗力，卢象升还特地向朱有孝申请了三十多个大明官吏学院军事分院的毕业生来见习，传授士兵文化和军事技能，免得以后和俄罗斯哥萨克骑兵打仗的时候吃亏。
曹文诏的三万士兵除了挑选出来一部分精锐加入重新组建的队伍以外，其余的就地复员，成为建设兵团，在本地结婚生子，他自己则带着亲兵卫队回到孙传庭处，继续协助孙传庭练兵，后来孙传庭怕朱由检人单势孤，就派他去协助朱由检去了。
再说毛文龙带着手下的三员悍将，沿着东萨彦岭一直向前行军，途中遇到了不少当地的土著居民，这些土著居民的语言比较简单，再加上毛文龙队伍里大多数士兵是女真人，竟然和这些土著居