对于周世奇、唐镇、孙和斗等人来说，也都倾向于继续保持这项耕战结合的制度，既使是为了以后的征战，也只用保留五千左右的专职士兵就够了，其他人还是该解散回家一边务农一边操练。这样既能保证军队的数量，也能兼顾农业生产。
但商毅知道，现在留给自己的时间并不多，一年以后大明就完了，而清军也将正式入关，那时的局势困难比以前会更有过而不及，因此必须建立一支职业军队，在辅之以一定民兵军队才行。于是力主一定要建立一支人数在一万五千到二万左右的专职军队，其余的人可以按民兵编组，半农半兵。
当然这个理甴商毅是没法说出来，但他对众人强调的是，现在清军虽然退了，但流寇的活动依然十分频繁，而且以经席卷中原，说不定什么时候就打到山东来，而且自己也有可能会被朝廷调遣，去平定流寇，因此也有必要保留相当专职军队数量才行。
甚于士兵家里的土地无人耕种的问题，商毅也早以经想出了一套规定：
一、在穆陵军重新整编之后，毎一名正式士兵的服役期为六年，在服役期內，除了能够拿到军饷之外，毎名士兵的家庭可以分配到一百亩免税土地。等服役期满之后，土地的所有权就属于士兵个人所有，并享受免役减税的待遇。
二、如果士兵在服役期內战死，或是因受伤残疾而不能完成服役期，那么土地也归他或是他的家庭所有，同样享受免役减税的待遇。但如果士兵非战死，或是残疾而不能完成服役期，那么官府将收回一半的土地，并且不能享受免役减税的待遇。
三、士兵分配到的土地可以由家人自种，也可以在服役期内，将土地的使用权租赁给官府，毎年从官府收到一笔租赁费用，费用数额由双方协商而定。而土地租赁之后，官府如何使用，产出收入均与士兵家庭无关。等租赁期满之后，可以双方协定，继续租赁，或是回收使用权。
四、如果不原当兵的人，也分给五十亩土地进行耕种，第一年免税，第二、三年只交一成，以后视局势和收成而定，最多不超过二成，六年以后才能拥有土地的完全所有权，并要承担相应的差役任务，而且必须参加民兵，农闲时接受训练，必要时也随军出战，否则官府将收回土地。如果因为战死，或是受伤残疾，则可以享受免役减税的待遇。
而租赁到土地过来，由官府招集其他流民,组织进行耕种，所得的收获按一定比例进行分配。因为现在中原大乱，淸军又劫掠山东，一定会产生大量无业的流民，招募人手应该不难。这样一来耕田当兵两不耽误，而且士兵除了能得到一笔土地租赁费之外，在军队里还能拿到军饷，服役期满之后，还将对土地拥有所有权，对参军也有一定的吸引力。当然最终的决歨还是以士兵的自愿为主。不做强救。
其他几人听了，也觉得商毅的这个办法不错，可以推行下去。于是商毅命令唐镇和孙和斗首先去统计士兵的俱体人数，然后再详细向士兵们解释，成为正式士兵之后所享受的福利待遇。并且按照士兵的自愿原则，统计出愿意成为正式士兵的人数，然后将对军制进行一次全新的编制改革。另外就是统计在与淸军的历次作战中战死的士兵，按照统一的标准，给予抚恤。
这些事情都处理完之后，其他人都各自散去，就是孙和鼎的工建工作。