除了民屯外，明初还有军屯和商屯。军屯由卫所管理，官府提供耕牛和农具。明军士屯守比例是：边地军队三分守城，七分屯田；内地军队二分守城，八分屯田。军粮基本上自给自足。商屯是指商人在边境雇人屯田，就地交粮，省去了贩运费用，获利更丰。商屯的实行，解决了军粮问题，同时也开发了边疆。
为了恢复和发展生产，明皇十分重视兴修水利和赈济灾荒。在即位之初，明皇就下令，凡是百姓提出有关水利的建议，地方官吏须及时奏报，否则加以处罚。到1395年，全国共开塘堰大约40987处，疏通河流大约4162道，成绩卓然。明皇出身农民，深知灾荒给农民造成的痛苦，在他即位后，常常减免受灾和受战争影响的地区的农民的赋税，或给以救济。 明皇还十分爱惜民力，提倡节俭。他即位后，在应天修建宫室，只求坚固耐用，不求奇巧华丽，还让人在墙上画了许多历史故事，以提醒自己。按惯例，明皇使用的车舆、器具等物，应该用黄金装饰，明皇下令全部以铜代替。主管的官员报告说用不了很多黄金，明皇却说，他不是吝惜这点黄金，而是提倡节俭，自己应作为典范。在明皇积极措施的推动下，农民生产热忱高涨。明初农业发展迅速，元末农村的残破景象得以改观。农业生产的恢复发展，促进明代手工业和商业的发展。明皇的休养生息政策巩固了新王朝的统治，稳定了农民生活，促进了生产的发展。
《明太祖实录》第92卷写道，洪武七年农历八月，明皇给南京的官员下了一道圣旨，让他们找一块空闲土地，盖260间瓦房，供没有住房的南京人居住。一个月后，他又给上海(当时叫华亭县)的官员下了一道圣旨，让他们对宋朝留下来的居养院进行翻修，修好后让没有住房的上海人居住。
这两道旨意下发之后，南京和上海的地方官很快地执行了，明皇很高兴，认为试点成功，在当年年底，又给中央的官员下了一道旨意:“令天下郡县访穷民，无告者，月给以衣食，无依者，给以屋舍。”(《明太祖实录》卷93)没饭吃的，国家给饭食；没衣服穿的，国家给衣服；没房子住的，国家给房子。清除权臣 明初，官僚机构基本上沿袭了元朝，明皇逐渐认识到其中的弊病，于是进行了改革。首先是废除行省制。1376年，明皇宣布废除行中书省，设立承宣布政使司、都指挥使司和提刑按察使司，分别担负 行中书省的职责，三者分立又互相牵制，防止了地方权力过重。
明皇出身贫苦，从小饱受元朝贪官污吏的敲诈勒索，他的父母及长兄就是死于残酷剥削和瘟疫，自己被逼迫从小出家当和尚。所以，在他参加起义队伍后就发誓：一旦自己当上皇帝，先杀尽天下贪官。
后来他登基皇位不食言，果然在全国掀起轰轰烈烈的“反贪官”运动，矛头直指中央到地方的各级贪官污吏。他的办法很特别：
首先，明皇对贪污六十两银子以上的官员格杀勿论。当他发现御史宇文桂身藏十余封拉关系拍马屁私托求进的信件后，立即派人对中央各部和地方官府进行调查。结果显示从上到下贪污腐败现象极其严重，他龙颜大怒，立即诏令天下：“奉天承运，为惜民命，犯官吏贪赃满六十两者，一律处死，决不宽贷。”并称：从地方县、府到中央六部和中书省，只要是贪污，不管涉及到谁，决不心慈手软，一查到底。
其次，明皇敢于从自己身边“高干”开刀。明初的中书省下属吏、户、礼、兵、刑、工六部。由于大量留用元朝的旧官吏，以及一些造反起家的功臣。他们有恃无恐贪赃枉法。明皇大胆对这些官员进行惩处。
洪武十五年，户部官员与地方官府勾结，采取预先空白报表盖印后私自填充虚假支出数额营私肥己贪污财物。明皇发现后，立即将各地衙门管印的长官全部处死；副长官打百棍边疆充军。三年后，又查出户部侍郎（相当今天的副部长）郭桓和各司郎中（司长）、员外郎（副司长）与各地到中央缴纳课税的官员结成贪污团伙，采取多收少纳、捏报侵欺手段贪污国库物资折合粮食达两千四百万石的犯罪事实。他将这些贪官统统处死，各省、府、县牵连人员无一幸免，一时几万贪官人头落地，受到不同处理的人就更多了。洪武二十五年，户部尚书赵勉伙同老婆内外受贿十几万银两东窗事发，结果夫妻二人双双成了刀下鬼。
洪武十六年，刑部尚书开济接受一死囚家贿银万两，用另一死囚做替死鬼。他还勒索其他罪囚家人钱物，并导致一家20口人全部自杀的悲剧。洪武十九年，刑部郎中、员外郎受贿虚报死亡并私放两死囚。这些大贪官都被明皇斩首。
洪武十八年，工部许多官员借营建宫廷之机，采取虚报工匠工役人数天数多领工银，发放时克扣工匠银两私吞。明皇在一次突击检查中就查处侍郎韩铎、李桢贪污受贿案，并且带出中央专门派去监督工部的工科给事中。
洪武十八年，兵部侍郎王志把征兵之机当作生财之道，接受逃避服兵役的世袭军户所送贿银达23万两。明皇把他也送上断头台。
明皇发明“剥皮揎草”