皇帝最后决定还是将债券命名为农业债券。第一期只在京城发行，发行期一年，总量为两百万元，年利息为一成。这已经比银行存款利息高了太多，而且上面盖着户部和农业部的大印，负责发行的银行也明确告知顾客，每张债券十元，一年后收回时可换十一元，因为是不记名的，所以随时可以卖与他人。
民众对这一新鲜事物大多持观望的态度，问询的多，而买的则很少。发行的第一天，只卖出了一万多元。这让毕自严很是有些焦急。第二天当皇家玻璃镜子店里的宫女也开始买这个债券时，京城的人这才知道不是骗人的了，顿时一涌而上，当天便卖出了八十多万元，第三天售罄。
户部官员见竟然如此好卖，心里大喜，见户部资金有些捉襟见肘，便向毕自严建议发行更多的债券，被毕自严拒绝了。他骂道：”借钱一时爽，要还的时候怎么办？农业部的平价粮资金已经有着落了，这次的大清查一定会查出大量的贪官污吏，仅仅是没收家产这一项便可以得到大量收入，我们的日子就好过了。好好看着，自己不要伸手，可别怪我没说在前头，厂卫和廉政公署，经济调查局同时参与，出了事我是不管的。“
现在京城的官员俸禄本来就高，只要安安生生地做上几十年，老了致仕后还有养老金，一起算下来，三十年可以积累二十万元，虽然比不上三年清知府，十年雪花银，但胜在安全，不用担心。想想被揪出来的官员，自己在牢里，家产被没收，子女无法生活，只能去卖力气，还是安稳一些好呀。
全国的仓库大整治很快就铺开了，因为是各地同时清理，使得以前的从一地搬到另一地来充实库房的手段完全无用，而厂卫以前便接到过一些检举的材料，正好现在用上，一时间，各地的库老鼠，粮老鼠的好日子就到了头，仅北直隶一地，九府两直隶州下面的十七散州七十二县八卫，九十七个县级机构，只有九个是没有大问题的。
没有大问题是指账物基本能够对上，只是有些库物粮食质量有些问题的，毕自严之前已经预料到这种情况，所以请旨这样的库房不予惩处，只是勒令将库房清理好，准备进行改制。
而其它州县的库房就惨不忍睹了，有些粮仓里粮食只装了一半，而账面上则是满仓，有些库房里只有老鼠，账面上则有白银若干，青铜若干……，这让清查的官员们先喜后忧，喜的是抓出了大案子，忧的是这些粮食跑哪里去了，如果真的出现灾荒，指望救命的粮仓里却是霉米甚至只是数字，那时可怎么办呀。
各地的法院忙得不可开交，吏部和厂卫不停地将仓使粮书交到法院，并附上了起诉书。这类案件根本没有什么可审理的，事实面前，狡辩是无济于事的，所以审决很是容易。
而毕自严接到下面的报告后，又急又气。按这上面的情况，大明的库房特别是地方粮仓几近于完全无用，九成的粮仓都是摆设。好在朝廷的大仓由朝廷直管，这几年吏员学堂的学生进了许多，厂卫在这方面的巡查极严，倒是没有太大的问题。
躲是躲不过的，朱由校还是看到了毕自严的报告。他气得大叫：”杀了，都给朕杀了，这样的蛀虫活着还有什么意义。“
阁臣们都面露难色，吴仁度鼓起勇气道：”陛下，大明自有法度，有些不够死刑的不能杀。“
朱由校怒道：”现在非常时期，朕觉得应该要加重惩罚，这样才能寒了这些贪官污吏的胆，以后他们想干坏事的时候会想一想前面的尸体。“
吴仁度犹豫半晌道：”陛下，刑罚世轻世重是陛下亲自废除的。“
象一盘冷水突然浇了下来，让朱由校愣了半晌。这时想起来，当时自己反对刑罚世轻世重便是因为知道前世的严打是没有用的，而事到临头，自己便被情绪所左右了，只想着发泄心里的怒火，震慑那些蛀虫，却没有考虑到这个问题。
他有些尴尬，看向下面的大臣们。大臣们都低着头，不敢看皇帝。过了一会儿孙传庭道：”陛下，您恨贪官污吏之心臣等感同身受，只是我们可以从别的方面来加强惩罚，比如没收家产时可以严一点？“
朱由校已经想明白了，笑着摇了摇头道：”既然有法律规定，那就按规定来吧。朕是太过于情绪化了，还是太年轻呀。“
众臣一片”皇上圣明“，坚决不同意他说的自己太年轻的结论。朱由校知道这是安慰，也不在意，挥挥手道：”从这个情况看来，仓库直管之事刻不容缓。朕和阁臣们商量了一下，州县库房均在银行开列户头，每一笔存入和取出的款项都必须经过银行。而至于粮食问题，乃是天下最重要之事，所以朕决定要成立一个粮食储存署，由农业部的陈侍郎来任署长，下面各州县粮仓都由粮食储存署来管理，不与各级官府之间有从属关系。众卿议一议，看看还有什么修改完善的地方。“
这下子只是多了一个署而不是部，但这并没有让大臣们放心。朝廷直管，实际上就是皇帝通过内阁直管，这样下去，内阁的权力将会越来越大，这对于有着明显派别倾向的大臣来说是一件好事，象拥护方从哲的齐党楚党浙党，象拥护叶向高的部分东林党人，他们至少还能争一争。但对于大部分没有党派归属的所谓中间人士，心里就会有些忐忑了。
不过没有人会不开眼到在这里反对皇帝已经决定了的事情，大