7时30分，德军夺下大桥。第3营恰巧着陆在新西兰军第22、23营的预设阵地，全营所有军官和23的士兵阵亡，完全丧失战斗力。第2、4营在机场附近伞降，着陆后无法集合成建制单位，情况被动。西部战斗群的指挥官迈恩德尔上校在着陆时身负重伤。由于第3营丧失战斗力，只得改变计划，先攻击机场附近的制高点107高地，然后夺取机场。德军伞兵损失很大，却毫无进展。
第一批空降部队还有在干尼亚附近的加拉图斯地区着陆的中部战斗群的伞兵第3团，由第7空降师师长萨斯曼少将亲自率领。起飞20分钟后，萨斯曼和师部乘坐的滑翔机失事，萨斯曼和师部成员全部丧生。伞兵第3团着陆散布过大，而且降落中遭到密集火力射击，损失颇大。
其中，第3营降落在新西兰军第4旅的防区，几乎被全歼。第1、2营在英军打击下被迫就地构筑工事，转入防御。德军因通信中断，施图登特不知第一攻击波严重受挫，仍按原计划组织第二攻击波，向雷西姆农和伊腊克林实施空降攻击。
运送第一攻击波的运输机陆续返回出发机场，由于降落秩序大乱，几架坠毁的飞机堵塞了跑道，更影响了后续飞机的着陆，在降落中损失的飞机甚至大大多于战斗损失。中午，施图登特才知道马拉马机场还在英军手中，不久又收到干尼亚地区空降部队的报告。中部战斗群因伤亡惨重而停止进攻。施图登特马上组织第二攻击波增援。
德军第二攻击波组织混乱，直到16时，大部分飞机还在机场。零零落落地到达克里特岛上空后，空投断断续续达3个多小时。由于起飞时间延误而没有得到战斗机的空中掩护，损失更为惨重。中部战斗群空降雷西姆农，原计划伞兵第2团的第1、第3营分别在机场的东西两侧着陆，对机场向心攻击。因伞兵着陆散布过大，第1营只有1个连在预定降落地点着陆，团长斯利姆上校和团部及直属的两个连降落在澳大利亚军阵地，死伤过半。直至黄昏。该团也没有夺取机场。
东部战斗群由布劳尔上校指挥，伞兵第1团和第2团第2营组成，共4个营，夺取伊腊克林市区和机场。布劳尔计划各使用1个营攻击市区和机场。另2个营分别在东西两翼进行侧翼掩护。但起飞时间延误。而且还有600人因飞机损失而滞留出发机场。空降持续两个多小时，着陆分散，建制混乱。布劳尔着陆后。看情况不好，于是集中攻击机场，但直至天黑，毫无进展。
在雅典的施图登特意识到战局不利，三个机场无一得手，已着陆部队缺乏统一指挥，伤亡惨重，极有可能全军覆没。当时，德军一直在攻击马拉马机场及其南部制高点107高地。防守机场的新西兰军第22营，辖4个步兵连，兵力平均配置在机场和107高地。营部设在107高地。激战中，机场与高地两处守军失去联系。下午，高地守军撤向山顶，在得不到增援的情况下，指挥官丧失继续坚守的信心，在得到批准后撤离。
此时，德军西部战斗群也非常困难，不得已停止进攻。午夜，不足600人的德军竭尽全力最后一击，从西、南两翼偷袭，没料到摸上高地，英军已撤离。天亮后，德军居高临下一举攻占马拉马机场。107高地的得失直接影响马拉马机场的得失，马拉马机场的得失又决定了克里特岛之战的胜负……
5日清晨，施图登特将滞留机场的600名伞兵空降马拉马机场。16时，第5山地师乘飞机陆续到达，至日落时分，第5山地师已有一个团机降着陆，德军实力明显增强，战局开始向有利于德军的方向转变。
英军通信系统在德军猛烈空袭下遭到严重破坏，弗赖伯格没及时获悉马拉马机场失守，错失夺回机场良机。当他得知马拉马的情况后，命令连夜实施反击。可惜命令没及时传达，22日天亮英军才发起反击。在机场附近公路上遭到德军航空兵猛烈攻击，反击未能奏效。
在雷西姆农和伊腊克林，德军依然没有转机，甚至连在雷西姆农指挥作战的伞兵第2团团长斯利姆上校战斗中被俘。7日天亮后，德空军迫使英海军撤回亚历山大港。德军随即从海上向克里特岛运送重装备和部队，岛上的战局进一步有利于德军。
德军完全占领马拉马地区，并开始向干尼亚发起进攻。第5伞兵师师长林格尔少将抵达岛上，接过了西部战斗群的指挥权。当天，西部战斗群与中部战斗群会师。林格尔指挥第5山地师的一个团和滑翔突击团、第3伞兵团的余部全力进攻干尼亚。
5日，德军突破干尼亚防线。11日，德军攻占干尼亚市区。7日，德军占领苏达湾。同时，意军一个加强团在克里特岛东岸登陆。13日，德军占领雷西姆农，并与伊腊克林附近的空降部队会合。1940年4月15日，德军完全占领克里特岛。
克里特岛空降战役历时7天，以德军占领克里特岛而告终。在战役中，德军阵亡、失踪共计伤亡1.4万人，其中包括第7空降师师长萨斯曼少将，，损失飞机220架，其中运输机179架。德军的空降师，在战役中遭受了巨大损失，阵亡超过15000人，近三个伞兵师的四分之三；参战的空降兵共计伤9500人，占总数的三分之一。
由于德国空降部队在此次战役中的巨大损失，克里特岛因此被称为“德国伞兵的坟墓”。克里特岛上的英联邦军队阵亡1700人，伤1.5万人；海军伤亡约2000人，合计约1.8万人